软件:Graphpad prism 9 数据:以qpcr的R2-△△Ct值为例(2组,每组10个生物学重复样本)
方法: 1. 打开Graphpad prism 9,选择Column 2. 复制qpcr的R2-△△Ct数据,粘贴 3. 找到Graphs(图),点击以上数据对应的名称,就会出现图形了 4. 选择图形,图形有Individual values,Box and violin,Mean/median & error,可以选择自己喜欢的图形,这里选择Individual values中的第二个,如下图;plot选择“mean with SEM”(均数加减标准误),SEM为标准误,与SD关系为SEM=SD/Sqrt(n),因此SEM会远小于SD,作图会更好看些
5. 接下来是调整图形的颜值, (1)调整命名,如删除Data1和Xtitle标题,点击Y轴重新命名 (2)通过change版块调整 :更换图表类型; :调整图形的大小 :选择colors,默认选择蓝色和红色 :改变X轴和Y轴的信息 :改变柱子的外观 我们根据以上方法,按照自己喜欢的风格,得到的图形如下:
6. 统计学分析 (1)确定统计方法 (2)需要确定是否符合正态分布: 点击Analysis,选择Column analyses——选择Normality and Lognormality Tests,即正态性检验
3. 看正态分布检测结果,一般认为,P>0.05时,数据符合正态分布。这里有几个检测,都满足了正态分布,可以考虑用参数检验中的t检验(如果不满足,则选择非参数检验) 备注:结果列表中,当几种检验不一致时,小样本以shaprio-wilk test为准,大样本以kolmogorov-smimov test为准。 4. 点击Analysis,选择Column analyses——选择t tests(and nonparametric tests)即T检验或者非参数检验
Paired:同一个对象处理/给药前后的差异 Unpaid:两组比较,例如对照组vs实验组 5. 查看结果,P值>0.05,故满足方差齐性。(注意,如果不符合方差齐性,需要重新进行T检验,choose test选择Wech’s矫正,再重复一次分析) 6. 显著性分析结果 7. 显著性分析结果作图,prism 9以上的版本,可选择自动增加显著性分析作图Draw-Automatically add painwise comparisons,然后保存图片即可,建议保存矢量图格式,如PDF,也方便后续在AI上编辑。 如需获取更多技术资料,可关注华丘生物官网:www. |
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