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如何选择遗传诊断技术

 休斯敦馆 2022-12-08 发布于河南

表1 检测前、后的咨询建议

咨询

内容建议

检测前

1 询问个人或夫妇的遗传筛查和/或诊断性遗传检测目标

2 尽可能让受过产前遗传学培训的专业人员参与

3 讨论没有一种检查能检测出所有疾病;检测可以产生积极、不确定或负面结果;检测结果的解读可能随时间或另外的表型信息而改变;通过一些检测可能会发现一些次要或意外结果

4了解接受不确定信息的意愿

5 如果确诊,可能会面临心理压力风险

讨论结果对健康、生命或残疾、保险的潜在影响

6 遗传检测结果可能会对其他家庭成员的健康或需要进一步检测产生影响

7 讨论准备施行的遗传筛查和/或诊断方法的优、缺点,以及预期结果周转时间

检测后

1 尽可能让受过产前遗传学培训的专业人员参与

2 审查遗传检测结果及其临床相关性(包括外显率低或表现变异的可能性,如适用)

3 讨论胎儿、孕妇或其他家庭成员可能需要的进一步检查

4 关于VUS的咨询必须考虑临床情况、变异不确定性的原因(即遗传水平数据、变异水平数据、不完全表型)和适当的谨慎提示

5 说明随着时间的推移、更多数据的公布,遗传检测的任何发现都可能被重新分类,这些重新分类可能会升级或降级,进而影响特定发现可能导致遗传疾病的关注程度

6 以后存在遗传数据的自动再分析可能,这取决于各实验室政策,实验室可能会联系个人,告知这些再分析结果

7 讨论结果对未来生殖决策的影响

8 考虑结果对患者的心理影响

表2 遗传检测的适应症、优点和缺点

检测方法

指征

优势

缺点

核型

1 亲代平衡易位导致子代不平衡易位风险增加

2 cfDNA或其他筛查提示非整倍体阳性

3 影像学发现提示常染色体三体或X单体,特别是结合非整倍体筛查阳性

4 CMA检测到一条完整的染色体,以区分三体和不平衡易位,后者可能从具有平衡易位父母遗传而来,从而增加未来妊娠的复发风险

5 也可以对没有结构异常的胎儿提供核型检查

1 降低VUS的风险

2 可以检测出非整倍体、通常超过5-10 Mb的较大缺失或重复、平衡和不平衡易位、倒位、嵌合、标记染色体和染色体环

3 可明确CNV的遗传位置(如21三体或罗伯逊易位)

1 一般检测不到< 5-10 Mb 的CNV

2 无法检测序列突变,如错义突变、纯合区域或异常甲基化

3 需要活性分裂细胞

4 可能无法检测到低水平嵌合

FISH

1 怀疑有特定的诊断

2 检测常见的微缺失或微重复综合征、因CNVs太小不能通过常规核型分析检测

1 比核型分析的周转时间更快,在需要快速获得初步结果时很有用

2 探针检测特定染色体物质

1 需要核型分析以确认发现和明确异常染色体物质的结构位置

2 必须怀疑特定诊断是由特定染色体区域的变化导致

微阵列

1 胎儿结构异常和/或死胎的一线检测

2 可以对没有结构异常的胎儿提供检测

1 可以检测< 5 Mb的CNV和嵌合

2 SNP微阵列可以检测纯合区域,并识别单亲二倍体和血缘关系

3 不需要细胞培养,因此可以在无活力、不分裂细胞上进行

4 快速周转时间

1 不能说明CNV的遗传位置(如21三体或罗伯逊易位)

2 无法检测平衡易位或倒位

3 CGH微阵列不能检测纯合区域或三倍体

4 可能无法检测到低水平嵌合

甲基化研究

怀疑由高甲基化或低甲基化引起的遗传病

评估母系或父系染色体特定区域的高甲基化或低甲基化

不能检测疾病的其他机制(如不太常见的导致印迹疾病的序列变异)

靶向检测

1 已知存在导致疾病的遗传变异的遗传病家族史

2 通过携带者筛查确定胎儿有遗传疾病风险

确定是否存在家族变异

不评估其他遗传性疾病

靶向基因panel(测序和缺失/重复分析)

胎儿表型与已知或疑似遗传相关疾病类别相符的病例,如骨骼发育不良或RAS类疾病

评估与表型或遗传疾病已知或疑似相关的众多基因

1 评估仅限于选定的一些遗传基因

2 当鉴别诊断范围更广时价值不大

3 疾病的胎儿表型通常与出生后的表型不一致,可能导致漏诊

外显子测序

1 非诊断性CMA和孤立的胎儿异常病例、提示遗传病因的多器官系统异常的影像学发现

2 非诊断性CMA和影像学发现的复发性孤立的胎儿异常、多器官系统异常,提示有遗传病因学,并在既往妊娠以类似模式发生的畸形

3 先前家族中出现类似畸形模式、有复发死胎病史的

4 表型强烈提示单基因遗传疾病、CMA结果阴性的可考虑

1 评估基因组蛋白质编码区(外显子编码区> 20,000基因)

2 评估除强烈考虑的其他基因,也可在胎儿疾病表型与出生后表型不匹配的情况下考虑检测

1 不常规检测CNV或结构重排

2 周转时间可能比其他检测方法更长

基因组测序

1 可考虑用于标准和临床可用的遗传检测手段不能做出诊断但怀疑存在遗传病因学的病例

2 目前主要用于研究目的

评估整个遗传组,包括遗传编码区和非编码区的序列变异、小的CNVs和结构重排,如倒位和许多其他情况

1 胎儿诊断不明确时增加诊断收益

2 可能会发现不确定临床意义的其他结果

CGH:比较基因组杂交;CNV:拷贝数变异;SNP:单核苷酸多态性。VUS:意义不明变异

图1 基于常见临床场景选择诊断性遗传检测的一般策略

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