【推文汇总】基于TCGA数据库的数据挖掘

RNAsesq，miRNA seq，临床数据下载

☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载
☞新版TCGA数据库miRNA数据下载

☞TCGA样本ID号的含义

矩阵合并和矩阵提取

☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据

☞零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据

☞提取TCGA中mRNA或lncRNA表达矩阵

临床信息分析

☞ TCGAbiolinks获取癌症临床信息

☞玩转TCGA临床信息

☞R生成临床信息统计表

☞TCGA获取病例临床信息

☞【R语言】临床特征分组，多分类转换成二分类

☞【R语言】因子在临床分组中的应用

差异表达分析

☞R代码TCGA差异表达分析

☞零代码TCGA差异表达分析

☞【R语言】蜂群图+分位线+显著性或p值

火山图绘制

☞ 火山图怎么看

☞ 手把手教你绘制火山图

☞ 【粉丝作业】火山图展示ChIP-Seq peak结果

热图绘制

☞【R语言】热图绘制-heatmap函数

☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案

☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案

☞【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案

☞ 超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程

☞ 一个R函数搞定风险评估散点图，热图

生存分析

☞ 合并TCGA表达谱数据，生存状态和生存时间

☞R基于TCGA数据画生存曲线

☞如何合并ESTIMATEScore和生存时间

☞生存曲线怎么看，怎么画

☞零代码生存曲线—ENCORI篇

☞零代码生存曲线—GEPIA篇

☞零代码生存曲线-UALCAN篇

免疫浸润分析

☞【R语言】estimate包计算免疫相关分值

☞肿瘤免疫分值数据库—ESTIMATE

☞如何合并ESTIMATEScore和生存时间

体细胞突变数据分析

☞ 如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somatic mutation）

☞【视频讲解】下载TCGA数据库中突变数据

☞ R代码合并TCGA体细胞突变数据

☞ maftools包分析突变数据，绘制瀑布图

☞ 【R实战】使用maftools复现SCI文章中的体细胞突变瀑布图

DNA甲基化数据分析

☞ 如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

☞ R代码合并TCGA数据库中DNA甲基化数据

☞ 如何获取450k甲基化芯片的注释信息

m6A甲基化数据分析

☞ m6A甲基化数据分析流程

☞ corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性

☞ m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值

☞ m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制boxplot并显示p值

拷贝数变异（CNV）数据分析

☞ 如何下载TCGA拷贝数变异（CNV）数据

☞ R语言合并TCGA中CNV矩阵

☞ 【SCI复现】绘制CNV棒棒糖图