北洋水师访问日本长崎港时，清军在当地寻欢作乐和日本警察、民众发生

民众发生大规模冲突，死伤数十人，清军将“镇远”号等军舰的舰炮瞄准长崎市街，迫使日本人缔结和平协议。双方约定肇事者各自处理、支付死伤者抚恤金，但日方支付金额大大高于中方，日本赔付52500元，中方赔付15500元，还有长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付。
在这次冲突中，北洋水师共有1名士官、4名水兵死亡，另有44人受伤；而日本有5名警察死亡，30人受伤，还有多名民众受伤。
在长崎港，北洋水师统领丁汝昌率领的有“定远”“镇远”“济远”“威远”4艘军舰，其中“定远”号和“镇远”号在当时是两艘铁甲巨舰，对日本人的震动很大。此时日本海军的实力和北洋水师还有比较大的差距，不敢贸然和清军开战，觉得自己吃了亏的日本人愤恨地将此事件称为“镇远骚动”，从此日本小孩开始玩“打沉定远、镇远”的游戏，对清政府及其海军的强烈仇恨情绪弥漫于整个日本社会。
1886年，北洋水师统领丁汝昌率领舰队主力从威海出发，在朝鲜的永兴湾一带巡防和操演，然后又前往俄罗斯的海参崴，将当时参加中俄关于吉林东界勘定谈判的官员吴大澄接送到摩阔崴，借以展示清政府强大的海军实力。
经过长途航行后，主力舰“定远”“镇远”需要回港涂油维护，由于旅顺港还没有完工，于是丁汝昌决定率“镇远号”等4舰去日本长崎坞修，北洋水师在8月1日进入了日本长崎港。
在船只维护期间，一些北洋水师官兵陆续放假上岸，13日晚，5名兜里有钱的水兵前往日本九州最大的红灯区——寄合町的一家酒馆寻乐，当天这家酒馆生意很好，招待的陪酒女数量不足，北洋水兵见状质问店主，店主也没有好好回应，双方由此发生争吵，互相推搡。店主眼见北洋水兵人多，于是叫来了附近的日本警察，警察也没好好调解，双方言语不合，冲突继续爆发。多名情绪激动的北洋水兵去日本警署继续闹事，用军刀将一名日本警察刺成重伤，肇事的水兵也受了轻伤并被逮捕。
8月15日，北洋水师全舰队放假一天，又有数百名北洋水兵上街观光，前几日的纠纷引发了日本人的不满，在街上数百名日本警察和民众提前埋伏，等到北洋水兵进去后，日本人将各街道的两头堵塞，警察挥刀砍杀，还有日本民众在煽动下用石头甚至拿刀参与攻击北洋水兵。虽然北洋水师统领丁汝昌明令禁止水兵执军械上岸，但还是有许多水兵手执棍棒刀器，有部分人带有水兵刀（小型折叠刀），有些人拿着从日本古董店购买的日本刀，双方展开大规模的械斗。事后北洋水兵有5人死亡、44人受伤、5人失踪；而日本警察被打死5人，30人受伤，长崎的市民也有多人受伤。
流血事件发生后，日本警察署曾经前往中国驻长崎领事馆通报，有2名外交官到达现场，但他们看到双方械斗规模太大，无法控制局面，只得躲在一旁。等到8月16日凌晨3时，械斗冲突已经停歇，日本警察署将受伤的警察以及抓获的北洋水师受伤官兵都送进长崎医院治疗。
被日本人偷袭后，北洋水师群情激愤，舰队迅速进入临战状态，褪去炮衣，“镇远号”上的12寸巨炮调转炮口，对准了长崎市区。北洋水师的总教习琅威理甚至主张对日开战：“即日行动，置日本海军于不振之地。”，当时如果开战，北洋水师的巨炮可以将弱小的日本海军打得一蹶不振。可是水师统领丁汝昌却没有下令开炮，错过了把日本海军“扼杀在摇篮中”的机会。
丁汝昌在16日向北洋大臣、直隶总督李鸿章发出了电报“至八点余，日巡查多人近前寻衅，日捕数百将街巷堵住，逢人便斫，满街民持刀追杀，致死五名，重伤六，轻伤三十八，无下落五”，汇报事件经过。李鸿章得知消息后，召见了日本驻天津领事波多野，并且言语威胁。面对北洋水师的坚船利炮，日本人没脾气了，只得认怂，而李鸿章也想着息事宁人。于是中日双方进行了长达几个月的谈判，在英、德公使的调停下达成协议，没有追究冲突事件的责任和是非，对双方死伤者各给抚恤，长崎事件就此落下帷幕。
经过这次事件后，日本人意识到了海军和北洋水师的差距，日本人节衣缩食，扩充军备，积极向外购买军舰，拼命努力，积攒实力，直至他们认为可以挑起战端的那一天。而当1891年醇亲王奕譞去世后，北洋海军失去了一位权势大佬的支持，为了给慈禧太后过大寿修园子、给光绪皇帝准备大婚，财政吃紧的户部不顾李鸿章的反对，奏请暂停了海军购舰买炮。自此中日海军的命运悄然发生逆转，在甲午海战爆发前，北洋水师没有添置新军舰和更换新式火炮，而日本海军积极购买了新式军舰和速射炮，追赶上来的日本海军有了向北洋水师挑战的实力。