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朱熹作为一位理学大师、教育家和朝廷的官员，并不满足于仅仅为书院建起几间房屋，他还和他的僚属及学生一起，为书院制定了更加长远更加宏伟的修复计划，详细拟定了建礼圣殿和斋舍的规划和学田购置计划，还筹措了一部分购买田地的经费。 
南宋绍熙年间，朱熹遵从父志，回建阳潜心研道治学，后因四方求学者日众，复于居室之东筑新屋，号“竹林精舍”，不久又更名为“沧洲精舍”。朱熹逝世44年之后，因理宗赐额“考亭书院”，“沧洲精舍”就改名为“考亭书院” 
书院既成，朱熹便开始为书院正常的运行做进一步的策划工作，诸如课程的设置、学规的制定(朱熹亲自拟定《白鹿洞书院揭示》)、图书的征集、生徒的招考和教师的延聘等。其中《白鹿洞书院揭示》即《白鹿洞书院学规》的制定，不光对白鹿洞书院，对所有后世的书院乃至后世的教育影响非常之大。朱熹从五个方面对生徒的行为作出了规范。首先是:“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信”，这是“五教之目”，是从社会伦理方面对生徒提出要求;“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之”，这是“为学之序”，是从问学和研究角度对生徒提出要求;“言忠信，行笃敬，惩忿窒欲，迁善改过”，这是“修身之要”，是从个人品德和人格修炼方面提出要求;“正其义不谋其利，明其道不计其功”，这是“处身之要”;“己所不欲，勿施于人，行有不得，反求诸己”，这是“接物之要”。后两项是要求生徒在人际交往和社会诉求中保持中庸。朱熹自为洞主，亲理洞务，亲自讲学，还延聘好友刘清之、学生林用中、黄、王阮等担任主讲，他还在书院首开讲会制度，特邀论敌陆象山来书院讲学。据说当时生徒有十多人。规模虽然不大，影响却是不小。朱熹在白鹿洞书院修复一年后奉命离任。朱熹非常担心书院的前途，离任前，特地向孝宗报告了修复书院的情况，并希望皇上能够像对待岳麓书院那样，赐书赐匾额，但是没有成功。书院大殿内精美繁复的藻井装饰。大殿内供奉朱熹。“大儒世泽”匾额准确地表达了朱熹在学术上的地位之高、贡献之大、影响之广朱熹离任后，依然将白鹿洞书院挂记于心。他与继任的南康知军和书院师生一直保持着书信联系，关心着书院的发展，他为书院推荐山长，为书院拨付修建礼圣殿和两庑的款项并且最终为书院向皇帝求得赐书赐匾额。而白鹿洞书院的洞主们、老师和学生，也并没有因为朱熹的离去而疏远朱熹，他们仍然把朱熹当成书院的灵魂人物，大事小事都尽量征求朱熹的意见，甚至连书院中的行礼这类小事，也要征求他的意见。 独峰书院是朱熹留居讲学的纪念地。当年朱熹在独峰前设帐讲学，诸生趋之若鹜白鹿洞书院虽然只是朱熹亲自修建的众多书院中的一座，而且当时的规模并不大，但是这座书院在朱熹的人生中显然占据着重要的位置，因为它是朱熹一生倾注心血最多的书院，是惟一一座由朱熹亲自筹措经费、亲自修建、亲自制定学规学案、亲任洞主和教席的书院。他通过规范书院的体系和制度，为后来的书院作出了示范，推进了宋代书院的健康发展。独峰书院前临清澈的好溪，背倚苍翠的月镜岩。书院建筑为三进，两厢各十间，还有附属建筑，占地1200平方米
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