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线粒体拷贝数检测-数字化PCR(ddPCR)

 菌心说 2023-02-14 发布于北京
线粒体病一般在婴儿、儿童或成年早期发病,呈进行性或阶段进展性病程,婴幼儿常见的表现主要有死胎或死产、进行性脑病、肌无力、癫痫、生长发育迟滞等,成人常见的表现包括双眼视力下降、年轻人肌阵挛癫痫、肌无力、眼睑下垂和视物成双、糖尿病、胃肠疾病等。mtDNA突变导致的疾病一般母系遗传,即患者只能从母亲获得缺陷mtDNA,男性患者绝不会有患病子女。但由于线粒体病发病受到体内突变mtDNA的比例影响以及新生突变的产生,相当部分患者没有明确的母系家族史。而核基因突变导致的呼吸链缺陷疾病符合常染色体显性、隐性或散发模式。某些神经系统变性病也被证明与呼吸链缺陷有关,如某些帕金森综合征和肌萎缩侧索硬化。
其中线粒体拷贝数变异是一个研究重点,我们主要讲实验:
1、仪器设备:ddPCR(品牌:qiagen
优点:灵敏度高
2、内参选择RnaseP,目的只要是线粒体特有的基因就行(探针特异性好就行,并不是所有探针非得一模一样),我们实验室有现成的探针。大家也可以自行提供(有部分客户自己购买送来的,life原装的保质期5年,然后陆陆续续送小批量样本)
3、样本要求
OD值1.8-2.3之间,体积20-30ul都行,尽量不要太少,沾管壁损耗的多,余下的样本我们都会返还,浓度没有特别高要求(但尽量高一点,因为太低的话,可能出现跟阴性差不多的情况,甚至比阴性还低,这个时候基本就是比下限还低了,属于不准确范围),例如:
如果100ul里只有2个拷贝数,上样1ul,而这1ul里很有可能1个拷贝都没有,但是阴性做出来可能是3个(这就出现了样本比阴性对照还低的情况),也有老师有疑问:阴性里的3个背景值,那在样本里为什么会低于3?样本不是也有背景值么?原因:背景值范围如果是1-3的话,可能阴性样本背景值刚好是3,样本的背景值是1-2(加上浓度过低导致一个拷贝数也没测出来),所以样本测出来就是1-2了,比阴性还低了。所以在浓度不是过低的情况,样本比阴性还低,我们写文章可以基本判定拷贝数为0.

      4、结果

我们会把实验流程以及每个样本的散点图,结果分析(表格汇总),模板没有,因为全是客户的数据,散点图也没法改,不好给大家。

实验室有qiagen、life的仪器,但是life成本太贵,大多数客户反馈要灵敏度高,成本相对低一些的,所以我们买了qiagen的仪器。

近期如果要做,拼团的话,样本足够多的情况,探针可以免费。微信:305631045(琳琳猫)

       其他基因的cnv也是可以的,大多数情况染料法就行(qiagen的数字化仪做染料法,灵敏度也是很高的)。snp那就必须探针法了(主要是探针贵,样本太少就不划算,大家也可以去引物合成公司购买探针)

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