噶尔丹幼年曾在西藏班禅和达赖处学习佛法。1670年（康熙九年）,其兄僧格在准噶尔贵族内讧中被杀。噶尔丹击败政敌，夺得准噶尔统治权后，在几次对外扩张当中，以五世达赖为首的西藏喇嘛教廷一直在推波助澜。
17 世纪90年代噶尔丹东侵时，五世达赖已经去世，西藏教廷的实际掌权者第巴桑杰嘉措与和硕特汗国一直在幕后支持噶尔丹。
这些情况，康熙皇帝是清楚的。当然，就算没有桑杰嘉措的怂恿，随着准噶尔汗国版图的扩大，最终也必然会走上与清朝兵戎相见的道路。
噶尔丹
1697年（康熙三十六年），康熙第三次征讨噶尔丹，噶尔丹死于科布多。噶尔丹这个心腹大患一死，康熙皇帝就开始将目光转移到青藏高原，关注着和硕特汗国和西藏喇嘛教廷的一举一动。
1697年，康熙皇帝派遣自己的亲信、漠南蒙古的藏传佛教僧人商南多尔济喇嘛移驻西宁，借着搞宗教活动的便利搜集情报，密折上奏。
和硕特汗国，是青藏高原历史上出现的第二个统一的王朝，由卫拉特蒙古盟主顾实汗在1637年建立。顾实汗统一青藏高原之后就臣服于清朝，接受了顺治皇帝的册封，在名义上确立了双方的隶属关系。
1655年，顾实汗去世，和硕特汗国就分裂为了西藏和青海两部，两者都选择臣服清朝，接受清朝的册封。这时的和硕特汗国汗王，是第一代“持教法王”顾实汗的孙子达赖汗(1671—1701年在位)。
他的祖父在位时是拥有青、藏、康三区最高统治权的“全藏三区之王”，如今汗位到了他达赖汗手里，汗国统治者所能掌控的却只剩下军权了。
自顾实汗去世，继任的和硕特汗王们在权术方面再也不是五世达赖的对手。高寿而终的五世达赖，生前一点一点地从“持教法王”手里夺走权力。
在五世达赖死后，西藏喇嘛教廷实际掌权人第巴桑杰嘉措凭借宗教权威，通过任命藏人贵族担任重要职务的方式，不断架空和硕特汗庭的最高统治权。
第巴桑杰嘉措
1693年，权力欲望极大的桑杰嘉措甚至越过达赖汗，直接借五世达赖的名义上书清朝康熙皇帝，请求清廷册封自己做“土伯特国王”。康熙皇帝给了他“掌管佛法传教之王”的封号，这样一来就令桑杰嘉措身价倍增。
面对这种状况，达赖汗束手无策，因为他需要桑杰嘉措这种干才帮助他管理汗国复杂的行政事务。1701年，达赖汗去世，其长子旺礼勒台吉继位。
1703年，达赖汗的次子拉藏鲁巴勒台吉毒死旺札勒，夺取了汗位，史称拉藏汗。精力充沛的拉藏汗力图恢复曾祖父顾实汗时代的一切权势，因而他首先拿大权在握的桑杰嘉措开刀。
在五世达赖身死的真相被揭露后，1697年，桑杰嘉措认定一位 15岁的门巴族年轻人为达赖刺嘛转世，这位法名仓央嘉措的少年就是著名的六世达赖。
仓央嘉措
六世达赖在历史上一直以擅长创作情诗而闻名，对宗教事务并不热心。他甚至为了过上世俗人士的自在生活，而拒绝老师五世班禅向他授的比丘戒。六世达赖这些违背戒律的行为让拉藏汗找到了整治桑杰嘉措的机会。
拉藏汗上书康熙皇帝，认为六世达赖并非真正的喇嘛达赖转世，要求康熙皇帝派人认证，通过否定六世达喇的合法地位，他就可以追究桑杰嘉措亵渎宗教权威的罪过。
康熙皇帝对拉藏汗这种借题发挥之意自然清楚，于是立即派了一位精于相面者前往拉萨给六世达赖看相，最后得出了结论：“这位大德是否为五世佛祖的转世，我固然不知，但作为圣者的体征则完备无缺。”
拉藏汗将这一结论视为康熙皇帝并没有认同仓央嘉措是五世达赖转世灵童的重要信号，借机向桑杰嘉措发难。桑杰嘉措虽然不是省油的灯，但拉藏汗使出这种手段也让他感到慌乱。
1703年，桑杰嘉措宣布辞去第巴的职位，指定自己的长子阿旺林钦代理第巴一职。桑杰嘉措本人退居幕后从事颠覆拉藏汗的活动。
他先是买通拉藏汗的内侍，在拉藏汗的饭菜中下毒试图毒死他，但这次谋杀行动失败了。1705年正月，桑杰嘉措在拉萨的佛事传召大法会上，向与会喇嘛们提出要展开斩首行动，派人逮捕拉藏汗。
拉藏汗
不过他这个计划因为反对的声浪很大而没有得逞。这次大会成为桑杰嘉措和拉藏汗的矛盾公开化的标志，双方随即爆发武装冲突。
1705年夏，拉藏汗回到青海集结军队，桑杰嘉措也在西藏中部、阿里和康区等地招兵买马，最后是拉藏汗占得先机。1705年七月，拉藏汗的军队在拉萨以北的郭拉山口和桑杰嘉措的武装展开激战，桑杰嘉措被打得惨败。
桑杰嘉措本人在逃亡途中被俘虏，和硕特汗国的贵族们对专权二十余年的桑杰嘉措恨得入骨，皆欲杀之而后快。七月十九日，桑杰嘉措被处死，得年53岁。
处死桑杰嘉措之后，拉藏汗唯恐清朝怪罪，急忙通过商南多尔济上奏康熙皇帝，禀明攻打处死桑杰嘉措的前因后果，声称：“第巴将吾彻底置于绝境，迫不得已方才如此行事。”
康熙皇帝早对桑杰嘉措极为不满，得此奏报顿感欣喜。康熙皇帝随后还要商南多尔济向拉藏汗传达以下话语：“第巴虽系封王之人，然陛下唯以汝征讨第巴，合乎情理，绝不责难。”表明清朝方面对既成事实的默认态度。
由于拉藏汗上台之后一直积极和清朝修好，1706年清朝册封拉藏汗为“翊法恭顺汗”。从此以后，和硕特汗庭不再设立第巴一职，由汗王直接总揽汗国的大小事务。
获取了世俗最高权力的拉藏汗得寸进尺，想插手西藏教廷的内部事务，通过政教合一巩固自己的权威。要做到这一点，最直接的方式就是由拉藏汗自己指定宗教领袖喇嘛达赖的人选。
六世达赖仓央嘉措再次沦为政治斗争的牺牲品。1706年六月，拉藏汗声称六世达赖是假达赖，派遣卫队将六世达赖绑架并押往北京。
世俗与宗教
这一冒进的做法在宗教意识至高无上的西藏引起轩然大波。六世达赖刚被押送到拉萨西郊五公里的哲蚌寺，就被该寺的僧侣强行带进寺内保护起来。
拉藏汗闻讯亲自带兵包围哲蚌寺，六世达赖很清楚手无寸铁的喇嘛对抗武装到牙齿的军队会是什么样的结局。这个年轻人奋发出了此前从未表现过的作为出家人应有的慈悲和献身精神，他主动走出哲蚌寺，落入拉藏汗手中。
1706年12月，六世达赖在被押送到青海西宁时神秘失踪。次年，拉藏汗扶立拉萨甲披日寺的喇嘛阿旺益西嘉措，声称他才是真正的“六世达赖”。
拉藏汗随意废立喇嘛达赖的行为，引起了西藏僧俗各界的强烈反感。青海地区的和硕特贵族也对拉藏汗的做法表示不满。拉藏汗没有达到将政权神权集于一身的目的，反而扩大了自己的对立面。
作为和硕特汗国军队大本营的青海，是顾实汗的八个儿子的后裔们为首的世袭封地，号称“青海八台吉之地”。拉藏汗大权独揽触及了和硕特贵族们的利益，政治成见和宗教狂热使青海台吉们和西藏的僧俗人士联合了起来。
1710年，青海八台吉中实力最强的罗布藏丹津、察罕丹津根据六世达赖生前的一首诗里有“把双翅借给我，不会远走高飞，到理塘转转就回”的句子，派遣喇嘛在康区理塘找到了仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措，将其拥立为七世喇嘛达赖。
转世灵童
虽然拉藏汗手里的六世达赖得到了清朝的正式册封，但却不能服众。在这种混乱的局面下，康熙皇帝开始直接介入和硕特汗国内部的事务。
1710年，康熙皇帝派遣吏部左侍郎赫寿赴拉萨协助拉藏汗管理西藏事务；1715年，康熙皇帝又派遭使臣阿齐图到青海与青海和硕特诸台吉会盟，要求他们交出格桑嘉措；1716年，察罕丹津等被迫将格桑嘉措送到塔尔寺居住。
清朝对拉藏汗的大力支持没能改变拉藏汗日益孤立的处境。1714年，拉藏汗为转嫁矛盾，发动攻打不丹的战争，结果以失败告终，使和硕特汗国的内部矛盾更加尖锐。这时，已经在和硕特汗国北方虎视眈眈十年之久的准噶尔，终于亮出了自己尖尖的獠牙。
噶尔丹死后，策旺阿拉布坦成为准噶尔唯一的统治者。此前出于对付噶尔丹的需要，策旺阿拉布坦和清朝的关系一度十分紧密。康熙皇帝与策旺阿拉布坦通信遣使，往来甚是频繁，策旺阿拉布坦也一直遵循康熙皇帝的意志行事。
为了避免树大招风，策旺阿拉布坦放弃了汗号，恢复“珲台吉”的旧称，颇得康熙皇帝好感。不过，这并不代表准噶尔臣服于清朝。策旺阿拉布坦需要时间整合噶尔丹留下的残局，重振准噶尔的声威。
1700—1716年间，策旺阿拉布坦对内积聚人口畜群，强行把叶尼塞河流域的吉尔吉斯人和巴尔喀什湖以南的布鲁特人迁入伊犁河流域。
准噶尔人
他还将从土尔扈特汗国叛逃到准噶尔的阿玉奇汗之子桑扎布的一万户属民兼并，从而把噶尔丹时代12个鄂托克、5个集赛的社会基层组织增加到24个鄂托克和9个集赛。
噶尔丹时期，对被征服的天山南路地区采取“执其酋，收其赋”的做法，缺乏一套系统而严格的制度。策旺阿拉布坦对此加以完善，他派遣官员常驻于天山南路各城邦，监督登记户籍，按户收税，强化了对这些被征服地区的管理。
为了给新增的人丁和牲畜扩展牧地，策旺阿拉布坦多次和自己远在伏尔加河的岳丈土尔扈特阿玉奇汗联兵，攻入哈萨克草原，原本完整的哈萨克汗国腹背受敌、实力大损，陷入大、中、小三玉兹割据的局面。
准噶尔汗国的势力重新越过额尔齐斯河，向西延伸到了锡尔河的下游。就连枪炮犀利的俄国人也在策旺阿拉布坦手里栽了跟头。
1715年年底，沙俄步兵团上校布赫戈尔茨率领两千九百多名俄军，侵入准噶尔在额尔齐斯河上游的亚梅什盐湖领地修建要塞。
策旺阿拉布坦当即派遣九千精锐将侵略者团团围住，经过半年的围困，俄军弹尽粮绝，只剩七百多人逃出。这是准噶尔在它和俄国百余年的武装斗争中取得的最大胜利……
一系列的文治武功使准噶尔又恢复了噶尔丹时代的声势，这让策旺阿拉布坦很快就做出了和叔叔噶尔丹生前一样的选择——叫板清王朝。
但是，策旺阿拉布坦没有出兵攻略已经成为清朝大军屯集地的漠北，而是于1715年三月出兵两千袭扰了清军兵力薄弱的哈密地区。清军在哈密回人的配合下据城反击，使准噶尔的这次军事行动以失败告终。
清军
康熙皇帝火速派出吏部尚书富宁安出镇甘州，募兵屯田，这迫使策旺阿拉布坦做出了新的战略调整。
噶尔丹与清朝为敌，固然有其实力增强带来的野心滋长这一主观因素，更多的还是客观上西藏喇嘛教廷的不断唆使。策旺阿拉布坦却是完全自发地要挑战清朝的强权。
有鉴于噶尔丹对西藏喇嘛教廷偏听偏信，最终导致战败身死的血泪教训，策旺阿拉布坦不愿意听任西藏喇嘛教廷的摆布。
他要通过控制西藏喇嘛教廷来增强自己的威信，号令蒙古各部，这样才能让自己有足够的力量和清朝对抗。和硕特汗国的内部矛盾正给了策旺阿拉布坦机会。
策旺阿拉布坦对青藏的关注丝毫不亚于康熙皇帝。1701年七月，策旺阿拉布坦曾上书康熙皇帝，表面上摆出一副殷勤的态度，为康熙皇帝对付桑杰嘉措出谋划策，但一句“亲为助力”就暴露了他企图借机出兵西藏的真实想法。
当时，康熙皇帝是绝不可能给策旺阿拉布坦这个机会的，是以清朝极力支持拉藏汗。只是形势的发展已经超出了清朝所能控制的范围了。
策旺阿拉布坦对原属卫拉特联盟的各个汗国、部落都采取联姻手段以增强互相之间的联系，他先后迎娶和硕特汗国达赖汗和土尔扈特汗国阿玉奇汗的女儿为妻。
所以，算起来策旺阿拉布坦还是拉藏汗的姐夫(或妹夫)。1715年，策旺阿拉布坦代自己的女儿向拉藏汗的长子、和硕特汗位继承人噶登丹衷提亲，请求拉藏汗把噶登丹衷送到准噶尔完婚，待他们完婚后再送他们回和硕特。
拉藏汗显然明白策旺阿拉布坦是想以和硕特未来的汗王为质，所以不肯答应。没想到噶登丹衷对这桩婚事很有兴趣，坚持要去完婚，无奈的拉藏汗只好将噶登丹衷送去准噶尔。
当时大清帝国的实际控制区域
噶登丹衷到了准噶尔后确实如愿以偿地抱得美人归，但其人身自由也被限制起来。一年后，这一桩充满阴谋的婚事就为策旺阿拉布坦出兵西藏提供了契机。
1716年十月，策旺阿拉布坦经过周密的准备后，挑选出精锐部队6000人，以护送噶登丹衷夫妇回国的名义向西藏进发。这支部队的统帅是策旺阿拉布坦的堂弟大策零敦多布。
此人虽然在中国历史上名声不显，却堪称当时准噶尔汗国头号战将。考虑到策旺阿拉布坦此时已经是52岁的中老年人，大策零敦多布想必也不是什么少年将军。
由于史料缺乏，对大策零敦多布早年的军事生涯我们并不清楚。迄今为止，我们只知道他曾经以泽仁顿珠的名字在西藏日喀则学习过。在远征西藏前，他在和俄国人进行的亚梅什湖要塞一战中担任准噶尔军的总指挥。
面对依托要塞和火力优势负隅顽抗的俄军，大策零敦多布采取了围点打援的战术，凭借自身的兵力优势，以主力部队将亚梅什湖要塞团团包围的同时，抽出部分兵力重创从其他据点前来支援的俄军。
这场半年多的围困战可谓准噶尔军和俄国人的武装冲突史上绝无仅有的一役。从这一点上也能看出，大策零敦多布身上确实具备一个优秀的军事统帅所应有的钢铁意志。只有这样的指挥官，才能率领部队对气候条件极其严酷的青藏高原发起远征。
大策零敦多布所部6000人，从天山北路的伊犁出发，经阿克苏、叶尔羌、和田等地补充了足够的给养后，翻过昆仑山，踏上了青藏高原。
准噶尔军离开天山南路没多久，和硕特汗国驻守在阿里地区的噶伦(藏语：地方行政官)康济鼐，从过往的回部商人口中得到了准噶尔军即将进攻西藏的情报。康济鼐急忙一边集结麾下部队待命，一边请示拉藏汗。
准噶尔人
拉藏汗此刻却正在拉萨以北的当雄草原休养。当康济鼐的急报送到拉萨后，并没有引起重视，和硕特汗国就这样放弃了把敌人拒于国门之外的最后机会。
1717年六月，大策零敦多布的人马忽然出现在当雄西北的纳木错湖附近。没有人知道大策零敦多布是如何把他的军队建制完整地带到这里的。
大敌当前，拉藏汗手足无措，赶忙集结部队抵抗。在接下来的几个月里，和硕特军和准噶尔军几番交战，互有胜负。
大策零敦多布明白打拉锯战准噶尔军没有优势可言，于是他派出信使散布谣言说，准噶尔军此次远征西藏的目的并不是要消灭拉藏汗，而是为了顺应西藏僧俗人士的要求，把在青海塔尔寺的灵童格桑嘉措接回拉萨。
虽然派去劫持格桑嘉措的准噶尔军300人小分队很快被清军全歼，但大策零敦多布的策略依然奏效了，西藏的僧俗人士成群结队地投效准噶尔军。
在骗取了民心之后，1717年10月，大策零敦多布才向拉藏汗发起进攻，两军在当雄草原展开决战。拉藏汗手下的藏族士兵无心恋战，致使拉藏汗败退回拉萨。
11月21日，准噶尔军和被他们煽动起来的藏族民间武装将拉萨团团围住，走投无路的拉藏汗向清朝发出奏报，请求派兵支援。但奏报发出没多久，11月30日，拉萨城就被攻破。
退守布达拉官的拉藏汗也于12月3日突围时战死，其妻室子女都被大策零敦多布押往伊犁；因一己之私招致国破家亡的拉藏汗长子噶登丹衷被准噶尔人关进了大牢，后来以烹刑处死。和硕特汗国对西藏维持了近八十年的统治就这样终结了。
布达拉宫
青海的罗布藏丹津和察罕丹津等贵族本就和拉藏汗不和，加上清朝方面一直没有下达明确的指示，是以拉藏汗兵败时，青海的和硕特贵族没有及时支援。等到拉藏汗被杀的消息传出时，已经为时太晚。
大策零敦多布是一位优秀的军事统帅，却缺乏必要的政治才能。披着护法外衣攻进“圣城”拉萨的准噶尔人，立即暴露出强盗嘴脸，布达拉宫和众多寺庙遭到准噶尔军的洗劫。
西藏的贵族和喇嘛们终于发现，所谓的“护送格桑嘉措回藏”只是一个谎言而已，但在大策零敦多布的铁骑和马刀下，藏族民众还是得服服帖帖地承担繁重的赋税和徭役。由藏族民兵组成的仆从军，即将在大策零敦多布的指挥下，投入到和清军厮杀的战场。
大策零敦多布进军西藏时，清朝还在谋划攻取准噶尔的属地吐鲁番、乌鲁木齐等城。等到1717年9月，康熙皇帝才从驻守巴里坤的靖逆将军富宁安的奏折里，得悉大策零敦多布进军西藏的消息。
但对于准噶尔人此番出兵的目的究竟是“征取拉藏，收取西边地方”，还是“帮助拉藏侵犯青海”，清朝方面刚开始时并不清楚。可见清朝对极力笼络的拉藏汗也并不完全信任，这也导致清朝方面的备战工作进行得缓慢而拖沓。
1717年11月底，罗布藏丹津在给康熙皇帝的奏报中报告了准噶尔军和拉藏汗交战的情况，康熙皇帝才搞清楚事情的真相。
康熙帝
清廷朝野震动，谁都明白，青藏高原一旦全部落入准噶尔人的手中，清朝的西部边陲将陷入怎样的被动局面。于是，1715年策旺阿拉布坦袭击哈密之后，清朝方面便开始再次向西北集结重兵，组建了北路军、西路军两大野战兵团。
北路军以振武将军傅尔丹为主帅，作战兵员12000人，后勤部队13000余人，驻兵于阿尔泰；西路军以清逆将军富宁安为主帅，总兵员33500人，驻兵于哈密巴里坤。在毗邻青海的甘肃西宁镇，清军驻有绿营兵7个营3600人。
1717年十月，康熙皇帝令内大臣策旺诺尔布、西安将军额伦特和侍卫色楞率满洲八旗兵进驻西宁；四川方面，提督康泰等也增派3000兵力入驻松潘、打箭炉等处加强守备。
1718年正月初二，清军驻守青海的侍卫阿齐图在柴达木带队巡逻时，遇到了侥幸从拉萨逃出的拉藏汗次子苏尔扎的妻子一行，确认了拉藏汗兵败被杀、西藏已落入准噶尔手中的结局。
事态的严重，迫使清朝方面仓促地做出了武力解决西藏问题的决策。1718年三月，康熙皇帝命色楞与额伦特等“统率军兵征剿西藏”。
入藏作战并不是一件简单的事情，大策零敦多布是一个可怕的对手，但比他更可怕的是雪域高原那令人难以忍受的极端气候。从内陆通往青藏高原的艰险道路，给清军的后勤运输带来了巨大的压力。
清军作战图
大体上，从清朝统治区入藏的路线有两条：北线从西宁出发，经日月山、木鲁乌苏河、唐古拉山口、藏北那曲等地到拉萨，总路程3700里。
南线由四川成都出发，经打箭炉、理塘、巴塘等地入藏到拉萨，总路程5645里，道路漫长而崎岖。是以清朝方面的文武大臣对入藏用兵多有异议。
1718年三月，驻守阿尔泰的振武将军傅尔丹即上奏朝廷，建议由自己和富宁安分别统领北路军和西路军出阿尔泰山、巴里坤，直揭乌鲁木齐，威胁准噶尔在伊犁的大本营，迫使大策零敦多布从西藏回师，以收围魏救赵之功。
康熙皇帝认为此举过分冒进，而且动用北路军和西路军的数万大军所需的粮草军械，比从青海方向入藏的数千清军所需花费更加巨大。
几番权衡之下，康熙皇帝认为，还是遣兵从青海讨伐西藏的准喝尔军更保险。此时，额伦特的部队尚在由西安到西宁的途中，但是先到达青海边境的色楞却已迫不及待了。
色愣带领满洲八旗、绿营等官兵共2400名组成先头部队，于1718年三月下旬出发，五月十三日到达木鲁乌苏河(今通天河)以北。进军途中，他们遭遇大雪，损失了一些运输用的驮马。
额伦特此时又派斥候送来书信，建议色楞到达木鲁乌苏河之后，“往察罕丹津处令伊遣人将准噶尔之兵诱来，俟所遣之人回信，然后进兵”。
但色楞仍旧固执地率部继续孤军深入，他的理由冠冕堂皇：“准噶尔残害西藏，彼处人民悬望我师如望云霓，岂能刻缓？”
大策零敦多布手上那支百战精锐，在色楞笔下成了一群“散处无纪”的乌合之众。他认为准噶尔军的战术“不过暮夜袭营、偷盗马匹而已”。
他根本就没把额伦特的建议放在心上，反而担心额伦特抢了自己的头功。所以色楞所部抵达木鲁乌苏河后，一路沿河岸向西行进，最后在木鲁乌苏河上游的拜图渡河，出唐古拉山口，继续朝藏北那曲的喀喇乌苏(那曲河)方向挺进。
途中，他又吸收了当地和硕特贵族卓里克图台吉博音马松等人率领的马队，兵员的增多令清军粮秣供应紧张，进军的脚步也慢了下来。
蒙古台吉
1718年七月二十日，色楞在抵达喀喇乌苏河中游的那曲后，便停止前进。他一边指挥部下就地修筑石墙、壕沟等防御工事；一边派人侦探额伦特的动向，等候额伦特军赶到再合兵进取当雄草原。
额伦特所部此时也正在寻找色楞的部队。1718年六月十八日，额伦特率领清军后续部队四千余人从集结地木鲁乌苏河上游出发。
七月十六日，清军抵达喀喇乌苏河源一带，开始和准噶尔军小股部队发生交火。额伦特从俘虏口中得悉，正有四千多准噶尔军从拉萨往喀喇乌苏河开来。
他一面遣人送信给驻兵于青海的内大臣策旺诺尔布，请其出师接应；一面率军渡过喀喇乌苏河后自西向东绕道，向唐古拉山口方向行进，以图和色楞会合。
七月二十八日，额伦特终于在那曲营地和色楞所部会合。但是会师后的额伦特和色楞二人并没有精诚合作的气氛，反而为了该在何处设营拒敌争吵起来。
喀喇乌苏之战的主战场，位于今天的西藏自治区那曲地区那曲县那玛切乡北的年扎村。此地所在的尼热山平均海拔4580米，由南北两座山丘组成，南山高、北山低，相对高度差约为50米。蜿蜒曲折的喀喇乌苏河就从两座山丘中穿过。
尼热山东面为那曲河及河滩草地，南面为开阔的山间草地，西边沿山体有一条季节性小河流，四周开阔。色楞扎营的位置就处于较低的北山。
额伦特见色楞部近河设营处仅据小山，四面受敌，提出不如还军渡喀喇乌苏河，营于对面山上；但额伦特的合理建议并没有被采纳。
而侦知清军具体动向的大策零敦多布已经率准噶尔军主力悄然逼近。1718年七月二十九日，四千准噶尔军与万余藏族士兵进至喀喇乌苏河南岸。
准噶尔军队
大策零敦多布深知，清军虽然拥有子母炮等野战武器，但远道而来，粮林供应不足。所以他并不急于强攻，只是派兵在喀喇乌苏河南岸那座高出清军营地约五十米的南山筑起炮台，白天发枪炮射击，夜间则遣军偷袭清军营地，盗取马匹，借此削弱清军的进攻力量。
两军隔河对峙月余之久，清军多次击退准噶尔军的袭扰，但士卒伤亡甚重，粮弹也消耗殆尽。
坐镇清军后方的内大臣策旺诺尔布，在额伦特、色楞两支部队行进之时，本应做好侦察和后勤运输工作，但他却待在西宁无所事事。
直到1718年八月，他才派出清军洮州土司杨如松部，押运粮草弹药前去寻找额伦特等人。这支运粮队伍在行进途中，被负责截断清军粮道的准噶尔骑兵击溃。
与此同时，本应策应额伦特部行动的松潘方面清军却因四川提督康泰统兵不力而发生哗变……就这样，额伦特等人翘首以盼的援军和后勤物资再也无法到达。
1718年闰八月初一到初七，准噶尔军与藏族武装大举渡河。根据额伦特最后的奏报，“贼众大至，筑垒放枪以犯我军，我军粮乏，与贼固守，事在危急”，缺粮少弹的清军陷入准噶尔军重围中，被迫杀马充饥，大批清军死于饥寒和疾病。
就这样双方又对峙了月余。额伦特劝说色楞举兵向北突围出去，但色楞却固执地选择坐守死地待援。无奈之下，额伦特只好亲率数百兵士于九月二十八日突围北撤。
二十九日中午，这支残军被准喝尔军追上，额伦特战死，幸存的清军士兵抬着他的尸首逃回那曲营地。随后大策零教多布假意停战议和，将包括色楞在内的清军指挥官诱骗到准噶尔军大营里扣了下来，迫使群龙无首的清军士兵投降。
战场场景
这时那曲营地里的残余清军仅剩下不到千名而已，他们全部沦为战俘。这些战俘除了集中关押的428人在班禅的斡旋下，被遣返回清朝外，其余包括色楞在内的大多数人都因冻饿致死。
与之形成鲜明对比的是，准噶尔军在此过程中付出的伤亡代价不过区区数百人。另一方面，四川提督康泰在进军过程中被投诚准噶尔人的藏族喇嘛诱杀，全军尽溃。清朝第一次入藏作战，就这样以失败告终。
不得不说，第一次入藏作战失败，康熙皇帝实在难辞其咎。按说早年有过带兵经历的康熙皇帝，应该明白领军作战号令统一的重要性，然而入藏作战这么大的军事行动，他竟然没有明确指定统兵主帅人选。
康熙皇帝部署失误的恶果很快就在整个第一次入藏作战的过程中显示了出来：清军前线部队和后勤保障部队的行动完全脱节；前线将领额伦特、色楞失和。
从北京“空降”到前线的色楞毫无作战经验，却又贪图战功，无视后勤运输难以跟进的现实一味深入冒进；颇有作战经验的额伦特几次极有可能改变战局的战术调整，都因为色楞拒不配合而没有得到实施，致使入藏清军惨败。
清军兵败那曲营地的消息传回北京时，已是1718年十月初左右。败报令清朝内部反战派更加甚嚣尘上，但是康熙皇帝并不打算就此善罢甘休，这位65岁的老人坚持要把入藏征讨准噶尔的战事进行到底。
有鉴于第一次入藏作战失败的教训，这一次入藏作战决不能再以偏师孤军深入了，军力规模必然要和二十多年前征讨噶尔丹时等量齐观，而且要指定军事主帅，统一指挥、协调各路参战清军的行动。
按照康熙皇帝年轻时的作风，这样的对外战事他是必然要御驾亲征的，但年老体衰的他已经不可能再跨上战马了，他那些久经沙场的兄弟，如福全、常宁、杰书等亲王们也早已去世。那么谁又能替他率军远征呢？答案很快就揭晓。
皇十四子胤祯
1718年十月十二日，康熙皇帝任命自己的儿子胤祯为“抚远大将军王”，领兵出征西藏。爱新觉罗·胤祯生于16883年2月10日(康熙二十七年正月初九)，是康熙皇帝第十四子，与四阿哥、后来的雍正皇帝均为德纪吴雅氏所生。
如同康熙皇帝的其他儿子一样，胤祯自幼就受到严格而系统的皇家贵胄式教育，文武双全，才华出众。在康熙皇帝的众多皇子中，备受荣宠而又年富力强的胤祯显然是“代父出征”的最佳人选。
1718年十二月十二日，胤祯率领京师八旗兵一万余人从北京正式启程西行。为了提高胤祯在军中的威信，康熙皇帝特许他用正黄旗的军旗仪仗，这就意味着胤祯所到之处，如同皇帝亲临。
可能是担心年轻的胤祯压制不了以罗布藏丹津为首的青海和硕特贵族们，康熙又降旨给罗布藏丹津等人：尔等或军务，或巨细事项，均应谨遵大将军王指示，如能诚意奋勉，既与我当面训示无异。
胤祯引军出发后，沿途经过直隶、山西、陕西、宁夏、甘肃等地，一路上抚慰地方官民。1719年三月十一日，到达西宁。
根据康熙皇帝的指示，他将在这里坐镇，展开为期一年的备战工作。除了筹措粮饷、调拨各路军队，剩下的就是对青海的和硕特贵族们和边区的藏民进行笼络。
五月十四日，胤祯赴青海会见罗布藏丹津等举行会盟，商议出兵的具体事宜。他语气严厉地要求他们必须认真做好粮草、军械、马匹等物资的筹备工作，消极怠慢者将以军法严惩。
之后，他又重申了康熙此前在谕旨中对青海和硕特贵族们做出的承诺：“清除逆贼，恢复尔等祖父顾实汗所立之黄教。”这一番软硬兼施之后，罗布藏丹津等人开始改变清军第一次入藏时那种迟疑观望的态度。
清平定西藏示意图
七月，胤祯派出使者瑚毕图等前往西藏，借和大策零敦多布会晤的机会，刺探西藏地区准噶尔军的情报。九月，瑚毕图返回西宁，报称受准部控制的藏族僧俗人士虽然迫于高压政策屡屡参与大策零敦多布对清军展开的军事行动，但他们本身并没有与清为敌的意愿。
瑚毕图的报告被送到北京，康熙皇帝认识到：“令土伯特(按：藏人)之众诚心归向，则策零敦多卜自畏势逃遁。”
在青海塔尔寺被长期监禁的转世灵童格桑嘉措，终于被再次推到历史的舞台上。1720年二月，颇受藏人期许、拥护的格桑嘉措被清朝正式册封为喇嘛达赖，择日由官兵护送入藏。
这实在是一步好棋，当初大策零敦多布就是打着迎奉格桑嘉措的旗号进军西藏的，现在清朝这一举动使得无论是准噶尔人还是藏人都失去了抗拒清朝大军的理由。
同月，清朝制定了青海、川滇两路大军入藏进击的计划。青海方面的北路军12000人由胤祯和平逆将军延信统率，川滇方面南路清军7000人由护军统领噶尔弼、都统法喇统率，两路出兵，齐头并进。在他们的后方是数量将近五万的预备队和后勤保障人员。
三月，为策应入藏清军作战，西北的傅尔丹、富宁安两部也有所行动。富宁安部西路军自哈密出击，频繁攻击乌鲁木齐等地，吐鲁番地区的回部头目额敏和卓率众脱离准噶尔控制，投降清朝。
傅尔丹所部北路军更从布尔干翻越阿尔泰山，在额敏河上游的格尔额尔格、乌兰呼济尔等处大破准噶尔军，焚毁准噶尔军大批粮草物资。
他们成功吸引了策旺阿拉布坦的注意力，使准噶尔汗国不能出兵支援西藏的大策零敦多布。同时，川滇方面的南路清军在噶尔弼的率领下，离开松潘西进，意图和北路清军会师于拉萨城下。
四月二十二日，胤祯率领北路清军大本营从西宁出发，六月二十日抵达木鲁乌苏河。这期间，清朝册封格桑嘉措的效果开始体现出来。
七世达赖
六月初六日，胤祯在行军途中遇到前来投奔的西藏贵族阿尔布巴和从昌都、洛隆宗等西藏前来投诚的四名藏族头人。这几位藏人头目不仅提供了关于西藏的准确情报，还自告奋勇充当清军南下的向导。
尽管如此，1720年六月十三日，清军翻越巴颜喀拉山时，还是因为高原反应、大雪降温等因素损失了一千多名士兵和数千头牲畜。
七月初九日，延信率领护送喇嘛达赖的青海蒙古兵赶到木鲁乌苏河与胤祯会合。七月二十四日，全军所需的军需物资送至木鲁乌苏河后，胤祯没有再随军前进，而是自率护卫部队返回西宁，继续为大军组织后勤供应；北路入藏清军的后续行军和作战事宜，由平逆将军延信全权负责。
八月初，进入西藏境内的延信和大策零敦多布亲自率领的准噶尔军接上了火。延信出身并不简单，他是清太宗皇太极的曾孙、肃亲王豪格的孙子。从他后来指挥清军部队入藏途中的表现来看，似可判断他也是久历军伍的老手。
为防止大策零敦多布施展诡计劫走喇嘛达赖，肩负护送喇嘛达赖入藏重任的延信，行军作战极其谨慎，根本不理会准噶尔军的死缠烂打，每日扎营都精心选择易守难攻之处，分营护卫作为指挥中枢的中军大帐和喇嘛达赖的穹庐，表现十分机警。
清军
惯于用袭扰战术消耗清军再乘机施以围困的大策零敦多布，遇到了真正的对手。八月十五日至二十二日，清军从博克河行进到绰玛拉途中，准噶尔军三次对清军发动袭击，企图将喇嘛达赖抢到手，但清军只是固守营盘，击退敌军，并不恋战。如此步步为营，令大策零敦多布屡遭挫折不能得手。
北路清军顺利推进的同时，川滇方面的南路清军也是一路凯歌。噶尔弼在副将岳钟琪的倡议下，以政治诱降为主、军事打击为辅的方针，对付西藏东部的藏族武装，顺利地打开了进入西藏的大门。
大策零敦多布在西藏三年的残酷统治，使他不可能得到藏人的忠诚。1718年大策零敦多布进攻那曲营地的清军时，被裹挟的藏族士兵在和清军作战时常常朝天放空枪。
清军战败后，相当部分被俘虏的士兵都受到过藏人暗地里或公开的照料。所以一旦清军入藏，本不愿与清军为敌的藏族武装临阵倒戈是很自然的事情。
1720年八月初七，噶尔弼军进入拉萨城东北的墨竹工卡，招降了藏人贵族达尔扎所部三千人。北路清军进抵当雄草原以北时，噶尔弼已分兵进至拉萨城郊。
八月二十三日，噶尔弼在没有遇到抵抗的情况下即顺利进驻拉萨，这是中央政权的军队第二次进入这座日光城。九月十四日，喇嘛达赖在北路军六千精锐的护送下回到拉萨，举行了盛大的坐床仪式。
大势已去的大策零敦多布明白自己已经没有力量和清军决战，只好遣散了手下的藏族士兵，率剩余的本部人马沿来道撤离西藏。他一路上不断遭到藏族民众的攻击，等他于1721年回到准噶尔时，几年前出发时的六千精锐部队，只剩下两千多名残兵。
平定西藏后的清帝国
清军第二次入藏作战终于取得圆满的胜利，清军各部吸取了第一次入藏时偏师孤军深入的教训，即使在兵力占据优势的情况下也没有急于求胜，而是采取稳扎稳打的方针。
作为前线指挥的延信、噶尔弼、岳钟琪等一干将佐自然功不可没，但坐镇后方的抚远大将军王胤祯、四川提督年羹尧等，能放手让部下将领全权指挥并不复杂的行军作战，自己在后方全力组织后勤保障工作，也是这次入藏作战取得胜利不可忽视的一个重要因素。
清军在留下策旺诺尔布的3000兵马分驻拉萨、日喀则各处后，班师回朝。这次远征西藏成为康熙皇帝生平最后一件开疆拓土的武功。
之后，清朝对西藏管理体制的改组，结束了蒙古诸部在西藏地方的统治，标志着清朝正式开始在西藏地区实行行政管辖，使得西藏正式纳入到了清朝的版图。
1722年十一月十三日，在位61年的康熙皇帝病逝，享年69岁，他的继任者雍正皇帝将继续和准噶尔人在中国西北展开新一轮的角逐。
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