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【粉丝问题】挑选GO结果绘图,没有报错,也没有出图?

 生信交流平台 2023-03-12 发布于上海


前面小编给大家介绍过
☞ 如何挑选感兴趣的GO条目进行展示
☞ R四种风格展示挑选的GO富集结果
☞ 如何挑选感兴趣的KEGG通路进行展示
☞ 【R】气泡图和柱形图展示挑选的KEGG通路

    最近有个粉丝反馈,按照视频中的方法挑选出感兴趣的GO条目之后,运行R代码绘图,遇到了一个很诡异的问题。读取文件没有报错(error),虽然有一个warning(了解小编的人都知道,小编一向是忽略warning的,因为warning不会终止程序运行),

运行到后面画图的时候就有问题了。粉丝认真检查文件确实没有问题。
小编拿到文件后,看到确实是一个csv文件,

也能用Excel打开,虽然跳出一个对话框。如果你直接叉掉了,可能很难发现问题所在了。这个警告说文件格式和后缀不匹配。

文件打开之后,可以看到还有颜色标注。csv文件虽然能用Excel打开,但本质上是一个纯文本文件,里面是无法设置格式的。即使你在Excel里面设置了,保存成csv文件的时候这部分信息也会丢失。

到这里,基本能断定问题出在文件格式上了。这位粉丝的GO_all_enrich_selected.csv文件,其实是一个披着csv外衣的xlsx文件。可能这位粉丝编辑完Excel文件后,为了保证跟视频里面的后缀一样,直接改了文件后缀名。

这里给出两个解决方法。
  1. 打开这个假的GO_all_enrich_selected.csv文件,另存为真正的csv文件。具体可以参考
    ☞ 如何挑选感兴趣的GO条目进行展示
2.用R来读取xlsx文件
#安装readxlBiocManager::install("readxl")library(readxl)#读取excel文件GO_result=read_excel("GO_all_enrich_selected.csv")GO_result

可以看到数据已经成功的读到GO_result中了

接着再使用☞ R四种风格展示挑选的GO富集结果 画图就没有任何问题了。

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