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今天给大家解析一篇细胞瘤的文章，《LncRNA DSCAM-AS1 interacts with YBX1 to promote cancer progression by forming a positive feedback loop that activates FOXA1 transcription network》期刊，主要想向大家解析的是文章的发现和科研思路，帮助我们去发现有意义的科学问题。
摘要 理据：叉头框蛋白A1 ( FOXA1 )是乳腺癌、肺癌和前列腺癌发生发展过程中的关键转录因子。以往关于FOXA1转录网络的研究主要集中在蛋白编码基因。其长链非编码RNA ( lncRNAs )的调控网络及其在FOXA1致癌活性中的作用尚不清楚。 
图一 见图1鉴定谱系特异性FOXA1调控的lncRNA。 ( A ) FOXA1在癌症基因组图谱正常样本和肿瘤样本中的表达水平。每个点代表一个组织样本。( 2 )肿瘤细胞系百科项目中FOXA1的表达水平。每个点代表一个细胞系。 ( C )筛选FOXA1特异性lncRNA的Venn图。利用TCGA数据库分析BRCA、PRAD和LUAD中异常高表达的lncRNA。在这三种癌症类型( Fold change [ FC ]≥3 , P < 0.05)中共有71个lncRNAs高表达。这些lncRNA与RNA - seq鉴定的T47D细胞系( FC≥2 , P < 0.05)中214个FOXA1诱导的lncRNA重叠。然后使用ENCODE数据集中的ChIP - seq数据，分析了5个lncRNA在启动子区域与FOXA1的潜在关联。(四) DSCAM - AS1在肿瘤组织和正常组织中的表达水平。每个点代表一个组织样本。(五) DSCAM - AS1在癌细胞系百科全书项目的癌细胞系中的表达水平。每个点代表一个细胞系。 ( F-G ) FOXA1之间的相关性 
见图2 DSCAM - AS1受FOXA1驱动的超级增强子正向直接调控。 ( A )肺腺癌和乳腺癌细胞系中超级强化子相关基因代表性位点H3K27ac、FOXA1和ER α的ChIP - seq图谱。预测的SE被描绘成黑色条状。y轴表示ChIP - seq的每百万个读数( rpm )。染色质免疫共沉淀-实时定量PCR引物的位置用短黑线标出。FOXA1与ER α的结合基序显示在底部。(二)利用3D Genome Browser http://promoter.bx./hi-c/index.html.热图下方标出了SE和转录方向。 ( C)生成Hi - C相互作用热图通过RT - qPCR分析不同浓度JQ1处理MCF7细胞后DSCAM - AS1、c - Myc和GAPDH的表达水平。 ( D )用siNC和siFOXA1 pool转染BRCA、LUAD和PRAD细胞系，RT - qPCR检测DSCAM - AS1的表达水平。在MCF7 ( E )和NCI - H1437 ( F )细胞系中，用不同引物对H3K27ac的( E-F )染色质免疫共沉淀-实时定量PCR进行扩增，引物位置见( A )。 ( G-H )染色质免疫共沉淀-实时定量PCR显示MCF7 ( G )和NCI - H1437细胞( H )中FOXA1富集。位置 
图三 见图3 DSCAM - AS1通过调控FOXA1和ER α的表达发挥致癌作用。 ( A、B) MTT ( A )和克隆形成实验( B )显示，分别用3条siRNA单独敲低DSCAM - AS1后，细胞生长显著降低。(三)利用CRISPR / Cas9技术敲除DSCAM - AS1的示意图。 ( D )敲除DSCAM - AS1后MCF7和NCI - H1437细胞克隆形成减少。 ( E-F )沉默DSCAM - AS1后FOXA1的mRNA ( E )和蛋白( F )水平。 ( G ) q PCR检测MCF7和NCI - H1437细胞中敲除DSCAM - AS1后FOXA1的mRNA水平。 ( H-K ) MCF7 ( H )和T47D ( J )细胞中siRNA沉默DSCAM - AS1后ER α的蛋白水平。MCF7 ( I )和T47D ( K )中ER α的mRNA水平也显示。 
图四 见图4 DSCAM - AS1与YBX1存在相互作用。 ( A )利用tRNA scaffold to a链霉亲和素适体( tRSA )系统对RNA pull - down后的DSCAM - AS1相关蛋白进行银染；空tRSA向量作为对照。切取红框所示条带进行质谱分析。 ( B )切除谱带的质谱结果。 ( C )用YBX1抗体对RNA pull - down后的蛋白进行Western blotting检测。 ( D-E ) RIP - qPCR显示MCF7 ( D )和NCI - H1437 ( E )中YBX1免疫沉淀后DSCAM - AS1富集。 ( F ) q PCR检测YBX1 siRNA的敲减效率。 ( G-H ) MTT实验( G )和克隆形成实验( H )显示敲低YBX1后细胞生长的变化。 
图五 见图5 DSCAM - AS1增强YBX1在FOXA1和ER α启动子区域的募集，促进其表达。 ( A ~ C ) Western blotting检测敲低YBX1后MCF7 ( A )、T47D ( B )和NCI - H1437 ( C )中YBX1、FOXA1和ER α的蛋白水平。 ( D-F ) q PCR检测敲低YBX1后MCF7 ( D )、T47D ( E )和NCI - H1437 ( F )中YBX1、FOXA1和ER α的RNA水平。 ( G , I)染色质免疫共沉淀-实时定量PCR在MCF7 ( G )和NCI - H1437 ( I )细胞系中显示FOXA1启动子上YBX1的富集。( H )染色质免疫共沉淀-实时定量PCR在ER α的启动子上富集YBX1。 ( J , L)染色质免疫共沉淀-实时定量PCR结果显示，在MCF7 ( J )和NCI - H1437 ( L )细胞系中沉默DSCAM - AS1后，YBX1在FOXA1启动子的募集发生改变。( K )在NCI - H1437细胞中敲低DSCAM - AS1后，染色质免疫共沉淀-实时定量PCR提示YBX1在ER α启动子的募集发生改变。  图六 见图6 DSCAM - AS1是一个潜在的生物标志物和治疗靶点。 ( A , C) Kaplan - Meier图显示DSCAM - AS1表达水平与ER +乳腺癌( A )和肺腺癌( C )的总生存期相关。 ( B、D) Kaplan - Meier图显示DSCAM - AS1表达水平与ER +乳腺癌( B )和肺腺癌( D )无复发生存期之间的关系。 ( E )接种野生型( KO-NC )或KO - DSCAM - AS1 MCF7细胞的裸鼠生长曲线。 ( F )肿瘤终末期的代表性图像。 ( G )拟工作模型显示DSCAM - AS1可协同YBX1促进FOXA1和ER α的表达。 结论： 我们的研究表明，lncRNA DSCAM - AS1受FOXA1驱动的超级增强子转录激活，并呈现谱系特异性表达模式。DSCAM - AS1可通过与YBX1相互作用并调节FOXA1和ER α的表达促进癌症进展。 |
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