 泉州海交馆是以反映古代海外交通、海上丝绸之路，以及由此引发的各种经济、文化交流为主题的博物馆。陈列着不少举世闻名的文物瑰宝，一艘迄今国内发现年代最早、体量最大的宋代海船及其大量伴随出土物。 还有数十根木、铁、石古代锚具，数百方宋元伊斯兰教、古基督教、印度教石刻，各个时期的外销陶瓷器，160多艘中国历代各水域的代表性船模，以及数量繁多的反映海外交通民俗文化的器物。 馆内辟有“刺桐——古泉州的故事”、“泉州湾古船陈列馆”、“泉州宗教石刻馆”、“中国舟船世界”、“阿拉伯-波斯人在泉州陈列馆”等固定陈列及1个预约开放展览—“庄亨岱藏品馆”。 “刺桐：古泉州的故事”，主要内容包括序厅和“向海而生”“东方大港”“多元荟萃”“守护遗产”四部分。以16个申遗点沙盘及对应图片联动播放的方式，为观众展示泉州各个申遗点所处的历史时空。
泉州湾古船陈列馆位于泉州开元寺内，主要陈列1974年从泉州湾后渚港发掘的宋代沉船及其伴随出土物，以及泉州水域发现的宋元以来的船属用具：石碇、木碇、铁锚等实物，并详细介绍了古船发掘过程、古船结构等。 泉州宗教石刻陈列馆位于泉州海外交通史博物馆主体楼一楼东展厅，陈列着宋元时期外国侨民在泉州经商、传教及其后代遗留下来的数百方石刻，内容有墓碑、墓盖石、石雕像和各种教寺建筑构件等，属于古基督教、印度教和摩尼教等几大宗教的遗物。 这些石刻混合了中世纪中西方的文化元素，其中多数被定为国家一级藏品。 中国舟船世界陈列馆位于博物馆二楼东西两展厅，内容包括从人类的舟船起源开始，到中国历代各水域的著名舟船模型，以及古代造船航海技术的重大发明等。 展出的140 多种船模，有各种长江船、黄河船、历代战船、古代使节的出国使船、华丽游船；有郑和下西洋庞大船队和郑成功与荷兰殖民者海军作战的舰队；还有从全国各地征集来的各种实船，如台湾雅美船、西藏牛皮船、黄河羊皮筏、摩梭人独木舟、绍兴乌蓬船等。
阿拉伯-波斯人在泉州陈列馆，展出了宋元时期移民到泉州的阿拉伯及波斯人遗留下来的伊斯兰教石刻300多方，石刻的文字以阿拉伯文为主，部分为波斯文和突厥文，有的混刻汉文、波斯文、阿拉伯文于同一碑中。
泉州海交民俗文化陈列馆展出近代以来泉州地区的各种民俗用具，包括生产工具、生活用具、节庆和宗教器物、建筑构件等。 庄亨岱藏品馆位于博物馆伊斯兰文化陈列馆三楼，展出祖籍泉州的原台湾警察总署署长庄亨岱先生毕生收藏的艺术品、纪念品及所获荣誉勋章。 泉州海外交通史博物馆成立以来的近半个世纪，一直是中国惟一的海事博物馆。展示了中华民族的航海交通历程以及世界不同文明在此相互交融的历史情景，在国际上享有声誉。 在中国申报“海上丝绸之路”世界文化遗产项目中，海交馆作为指定的展示中心，扮演重要角色并发挥着重要作用。 泉州海外交通史博物馆，2008年5月被国家文物局认定为“国家一级博物馆”。
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