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转基因食物的危害有：可能对人体产生某些毒性作用和超敏（过敏）反应，也可能使人体产生抗药性。 转基因食品是根据人类的需要加以升级改造的，具有更高的营养价值与新的特性，但众多对转基因食品安全性的研究实验也证明，转基因食品的确存在对人体健康的隐性的风险，而这些风险大多来自于转基因食品的人造新特性： 1. 潜在毒性：转基因食品能产生毒素杀死目标生物从而增加产量，但这些产生的毒素在随着转基因食品进入人体后会发生怎样的影响还没有得到证实，现今的实验中虽没有发现转基因食品的毒素对人体健康有损害的例子，但长期的、累积的危害很有可能导致风险。 2. 新加入的目标基因可能会成为过敏原，由于转基因食品中含有两种或以上物种的基因片段，因此过敏原也会随着新基因进入转基因产品，造成对人类健康的威胁。 3. 抗药性，长期食用含有抗药性的转基因食品可能会引发人体自身的抗药性，使抗生素类的药物不再对人体起作用，从而增加了疾病治疗的难度，造成人类健康的威胁。
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