房山区以境内的大房山（也称房山）得名。西周燕国曾设都于境内。秦为上谷郡。汉为良乡县。金大定二十九年(1189年)建万宁县，明昌二年(1191年)更名奉先县，故治在今房山镇，属中都路大兴府。元成吉思汗十年(1215年)两县属燕京路大兴府。元世祖至元元年(1264年)改属中都路大兴府。二十一年(1284年)改属大都路总管府，至元二十七年(1290年)奉先县改名房山县。抗日战争和解放战争期间，中国共产党于房山、良乡二县与邻县交界处曾设置以下民主政权。因处战争年代，县政府驻地及区划均不固定。中华人民共和国成立，良乡县属河北省通县专区，房山县属河北省通县专区，县政府驻房山城。1958年，原河北省房山、良乡县合并为周口店区。1960年周口店区改名房山县，归属北京市。1980年，城关、周口店部分地区约36平方公里划出成立燕山区。1987年2月，经国务院批准，撤销房山县和燕山区，建立房山区，区政府驻房山，其行政区划为原房山县和燕山区范围。1986年，撤销房山县、燕山区，设立房山区，以燕山区和房山县的行政区域为房山区的行政区域。1997年11月17日，国务院批准将房山区人民政府驻地迁至良乡镇。 在全区302处历史文化古迹中，有世界文化遗址1处、国家级重点文保单位6处、市级15处、区级47处。区内驰名中外的北京猿人遗址(周口店镇)是世界文化遗产之一，享有"北京人之家"的美誉;西周燕都遗址(琉璃河镇)，称为"北京城之源";1300多年历史的佛教圣地云居寺，因藏有14278块石刻大藏经而享誉海内外，被誉为"北京敦煌"、"世界之最";金陵遗址是北京历史上第一座皇家陵寝。
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