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大家好，本期小编来分享一篇在 Nature comm unications 期刊上发表了题为：Altered human gut virome in patients undergoing antibiotics therapy for Helicobacter pylori（幽门螺杆菌抗生素治疗患者肠道病毒组的改变）的研究论文。 研究背景 据报道，幽门螺杆菌抗生素治疗后会出现短暂的肠道微生物群改变。然而，根除幽门螺杆菌后肠道病毒组的改变仍不确定。 在这里，我们将宏基因组测序应用于治疗后基线，44周（N = 6）和44个月（N = 6）的33名幽门螺杆菌感染患者的粪便样本。 在根除幽门螺杆菌后，我们发现肠道病毒组多样性收缩，病毒组群落分离，群落差异增加，核心病毒比例更高。 虽然肠道微生物群在 6 周时改变并在 6 个月时恢复，但病毒组群落在 6 周时表现出收缩，直到治疗后 6 个月，噬菌体-细菌相互作用增强。 与初治患者相比，多个疗程的抗生素治疗进一步导致病毒群落多样性降低。 我们的研究结果表明，幽门螺杆菌根除疗法不仅导致肠道微生物群的短暂改变，而且还显着改变了以前鲜为人知的肠道病毒群落。 见图一 幽门螺杆菌根除治疗后核心、常见和独特病毒的改变。  图一 a 箱线图显示三组病毒物种在每个流行水平（核心、普通和独特）的丰富度比较（双侧威尔科克森试验，并通过Benjamini-Hochberg（BH）方法进行调整以进行多重比较;基线，N = 44;6周，N = 44;6个月，N = 33）。 b 堆积图显示了基线（BL，N = 44），6周（6 W，N = 44）和6个月（6 M，N = 33 ）的核心，常见和独特病毒物种的比例。方框表示下部 25% 分位数、上部 75% 分位数和中位数中心线，晶须延伸到 ±1.5 四分位数间距 （IQR） 的限制。 见图二 幽门螺杆菌根除治疗后肠道病毒群落的生物多样性改变。  图二 a–c 三组病毒丰富度（a）、香农指数（b）和辛普森指数（c）的α多样性指数比较（BL：N = 44; 6 W：N = 44; 6 M：N = 33; N，每组患者数）。应用双侧威尔科克森试验，然后进行BH校正。 d 三组肠道病毒组群落的主坐标分析（PCoA）（BL：N = 44;6 W：N = 44;6 M：N = 33）。 通过PERMANOVA检验进行评估，然后进行p值校正（BH方法）。 e 基线、6周和6个月之间病毒组群落水平差异距离的比较（BL：N = 44;6 W：N = 44;6 M：N = 33）。 方框表示下部 25% 分位数、上部 75% 分位数和中位数中心线，晶须延伸到 ±1.5 四分位数间距 （IQR） 的限制。所有试验均采用BH法进行双侧多重比较校正。 见图三 幽门螺杆菌根除治疗后病毒分类群发生显著改变。  图三 a，b与使用MaAsLin6的基线相比，在（a）6周和（b）2个月时显着改变了病毒分类群（根据年龄，性别，治疗方案，药物持续时间和原始读取次数进行调整;基线设置为参考组）。系数从MaAslin2输出中获得，仅呈现那些显着改变的分类群（原始p < 0.05，qval < 0.15）。 正系数值表示在6周或6个月富集的病毒类群，而负系数值表示在基线富集的病毒类群。物种名称后面的数字表明噬菌体的流行。（#qval < 0.15， *pqval < 0.05， **qval < 0.01， ***qval < 0.001， ****qval < 0.0001;所有原始PVAL<0.05）。 见图四 幽门螺杆菌根除治疗后噬菌体和细菌的生物多样性改变。  图四 a 三组（BL：N = 44;6 W：N = 44;6 M：N = 33; N，每组包括的患者数）。 b 基于噬菌体物种水平（PERMANOVA测试后进行BH校正）的噬菌体群落差异（β多样性）在PCoA图中呈现的噬菌体群落差异（β多样性）（BL：N = 44;6 W：N = 44;6 M：N = 33）。 根除治疗后噬菌体距离的比较。 c 处理后细菌丰富度和香农指数的α多样性显著改变（双侧Wilcoxon试验，然后进行BH校正以进行多重比较）（BL：N = 44;6 W：N = 44;6 M：N = 33）。 d PCoA图显示了根除治疗后细菌群落的改变，基于三组细菌种类水平（PERMANOVA测试后进行BH校正）的细菌群落差异距离（BL：N = 44;6 W：N = 44;6 M：N = 33）。 根除治疗后细菌群落差异距离的比较。方框表示下部 25% 分位数、上部 75% 分位数和中位数中心线，晶须延伸到 ±1.5 四分位数间距 （IQR） 的限制。 见图五 幽门螺杆菌根除治疗后病毒-细菌相互作用的改变。  图五 噬菌体和细菌在（a）基线，（b）6周和（c）6个月时α多样性指数（丰富度）的a-c Pearson相关性。 d 根除治疗后6周噬菌体-细菌分类学的斯皮尔曼相关性。行表示细菌属 （n = 49）。列表示噬菌体（n = 60，对感染同一细菌属的噬菌体进行总结。 例如，埃希氏菌噬菌体D6，埃希氏菌噬菌体VEc8和其他感染埃希氏菌属（细菌）的病毒物种被总结为埃希氏菌噬菌体）。 仅显示显著相关性（调整后的p<0.05），详细的p值包含在补充数据3中。色标表示相关强度。所有试验均采用BH法进行双侧多重比较校正。 研究结论 总之，我们已经证明了幽门螺杆菌根除对使用宏基因组方法重塑肠道病毒组、肠道微生物群和病毒-细菌跨王国相互作用的影响。 我们的研究结果强调了与幽门螺杆菌抗生素治疗相关的肠道微环境以前较少探索的部分的变化。 好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！ |
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