汉神爵二年(60年)，汉朝置西域都护，治乌垒城，龟兹国归其统辖，部分官职由汉朝政府设置，龟兹王及下属官员皆佩汉印绶。东汉永元三年(91年)，班超定西域，设都护府于龟兹，治它乾城。魏黄初三年(222年)，在西域置戊己校尉，龟兹受其节制。晋太宁二年(324年)，龟兹受前凉统治。秦建元十九年(383年)，吕光率兵西征，龟兹臣于前。晋太元十一年(386年)，吕光建后凉政权，以其子为西域大都护，龟兹为其管辖。北魏神瑞元年(414年)，柔然大檀继承可汗位，向西域发展，龟兹属于柔然。北魏常泰七年(422年)，北凉主沮渠蒙逊灭西凉，西域36国皆辖属贡献，龟兹受其统治。北魏太平真君十年(449年)，万度归讨龟兹，龟兹等天山南路诸国重新归属北魏。北魏皇兴四年(470年)，柔然收于田，龟兹属柔然。北魏正始四年(507年)，吠哒控制天山南路，龟兹受其统治。北周天和二年(567年)，突厥与波斯联合灭吠哒，龟兹臣于突厥。隋开皇三年(583年)，突厥汗分裂为东西两个汗国，龟兹受西突厥统治。唐贞观十四年(640年)，唐朝置安西都护府于交河城。显庆三年(658年)，治所移至龟兹，龟兹仍为西域政治、经济、文化中心。唐高宗时，设龟兹都督府，以龟兹王为都督。唐开成五年(840年)，漠北回鹘诸部纷纷迁徙，庞特勤率部迁至安西称可汗，为龟兹回鹘可汗之始。宋朝时，回鹘龟兹国依旧维持王权体制。辽保大四年(1124年)，契丹贵族耶律大石西征，建立西辽国，龟兹为其附庸。蒙古成吉思汗十三年(1218年)，成吉思汗破西辽，龟兹归蒙古汗国管辖。成吉思汗二十年(1225年)，库车属察合台汗封地。察合台汗将东起库车，西至费尔干边疆的地方赐给其总管乌儿秃布。元至元五年(1268年)，察合台汗国附属于窝阔台汗之孙海都，库车为海都的势力范围。元大德十年(1306年)，察合台后裔尽收海都生前所占察合台汗国赐地，库车受察合台汗国的统治。秃黑鲁帖木儿为察合台汗时，库车为其总管播鲁只家族的封邑。明成化四年(1468年)，库车受东察合台羽奴思汗统治。明嘉庆十二年(1533年)，叶尔羌国脱离东察合台汗国而独立，库车辖属叶尔羌汗国。清康熙十九年(1680年)，准噶尔部深入南疆，库车受准噶尔汗国控制。乾隆二十三年(1759年)，清朝设库车办事大臣，统管地方军政，并沿袭旧制，续行伯克制，辖理回部事务。光绪九年(1883年)，设库车直隶厅。光绪二十八年(1902年)，改厅为直隶州，析28庄建沙雅县。民国二年(1913年)，库车建县，隶属新疆省第四行政区。民国十一年(1922年)，设托克苏县佐。民国十九年(1930年)，析12庄建托克苏县。1949年10月，中华人民共和国成立后，库车县隶属于阿克苏专员公署。2008年4月16日，正式撤销库车镇，设立热斯坦、萨克萨克、新城、东城4个街道。调整后，全县辖4个街道、8个镇、6个乡。 天山神秘大峡谷位于独库公路旁，距离库车县城约70公里，是天山支脉克孜利亚山中的一条峡谷。克孜尔亚胜景，古称"北山"，史称"赤砂山"。位于库车县依西哈拉乡境内，东南距库车县城10公里。建于西汉年间，是汉代的军事设施。大龙池从库车北行120公里的天山深处，有两个高山湖泊，俗称大龙池、小龙池，景色十分秀丽。库车王府位于库车县城，占地4万平方米，是融合中原地区和伊斯兰风格的宫殿。
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