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根据财税字〔1995〕48号第10条的规定，不允许扣除土地使用权价款的情况有两种，一是取得土地使用权时未支付地价款；二是不能提供已支付土地价款的凭据。这个规定不宜适用，原因如下：一是与《土地增值税暂行条例实施细则》第14条第5款的规定冲突，该条规定，提供扣除项目金额不实的，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。即纳税人不能提供合法有效的凭据证明所支付的土地价款的，可以通过评估土地价款进行扣除。二是与财税〔2006〕21号文的规定相关冲突。财税〔2006〕21号第2条规定，对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征收管理法》（以下简称《税收征收管理法》）第35条的规定，实行核定征收。根据新法优先于旧法的原则，财税〔2006〕21号文优先于财税字〔1995〕48号文适用，即纳税人不能提供已支付土地价款的凭据的，税务机关可以通过核定征收方式征收土地增值税，而不是完全否定土地成本支出。三是一般情况下，纳税人转让的土地使用权都有成本，很少有完全无偿取得土地使用权的情形。纳税人从政府取得土地使用权主要有两种方式----出让和划拨，通过出让方式取得土地使用权的，需要支付土地出让金；通过划拨方式取得土地使用权的，无需支付土地出让金。划拨土地使用权人将划拨土地转让的，经有批准权的人民政府批准，无论土地用途是否符合《划拨用地目录》，转让方都没有支付土地出让金，因此无土地出让金可以扣除。取得划拨土地虽然无须向政府支付土地出让金，但一般会向原土地使用权人支付拆迁补偿费等。取得土地支付的价款应当包括土地出让金、拆迁补偿费、契税等。也就是说，即使是通过划拨方式取得土地使用权，也可能有“取得土地支付的价款”需要扣除。
另外，对于纳税人通过受赠、继承、离婚财产分割取得房屋，是否属于取得土地使用权时未支付地价款的情况？答案是不属于。根据国家税务总局《关于房地产税收政策执行中几个具体问题的通知》（国税发〔2005〕172号）的规定，个人将通过受赠、继承、离婚财产分割等非购买形式取得的住房对外销售的行为，也适用国家税务总局、财政部、建设部《关于加强房地产税收管理的通知》（国税发〔2005〕89号）的有关规定。其购房时间按发生受赠、继承、离婚财产分割行为前的购房时间确定，其购房价格按发生受赠、继承、离婚财产分割行为前的购房原价确定。四是“不能提供已支付的地价款凭据”的情况是普遍存在的，纳税人购进房屋，无论发票还是购房合同，一般不会把地价款单独列出来或者单独开具发票。假如只评估房屋重置成本，对于没有地价款凭据的不认可土地成本支付，无疑是极不合理的，因此，税务机关不应当以此规定为由拒绝确认合理的土地价款。
忠县建忠发电公司将资产连同2,833,521.00元土地出让金取得的9万余平方米土地使用权转给忠县人民政府，忠县人民政府再将资产统一转给天运公司，天运公司代忠县建忠发电公司偿还银行欠款3300万元。之后，天运公司向忠县县城迁建管理委员会缴纳征地成本430万元，另取得14万余平方米土地使用权，县财政局代天运公司补缴土地出让金850万。在项目建设过程中，因天运公司欠工程款535万元，两块地及地上建筑物、机器设备等被司法拍卖，竞买人为通瑞公司，不动产拍卖价为134,547,136.00元。忠州第一税务所要求天运公司缴纳土地增值税32,125,469.52元，计算方法为：（转让不动产收入134,547,136.00元-取得土地使用权所支付7,133,521.00元-旧房及建筑物评估价格38,961,000.00元-转让不动产缴纳税费7,547,715.67元-房屋评估费431,761.00元）×50%一（取得土地使用权所支付7,133,521.00元+旧房及建筑物评估价格38,961,000.00元+转让不动产缴纳税费7,547,715.67元+房屋评估费431,761.00元）×速算扣除系数15%。天运公司认为，忠州第一税务所计算土地增值税存在漏落项目，具体包括：房屋勘测费及拆迁户安置费890余万，土地出让金欠款96万，征地拆迁费144万，欠财政局土地出让金850万，工程款535万，以及印花税、契税等。忠州第一税务所认为，天运公司主张应扣除的项目，其在诉讼中提供的证据材料虽然有所涉及，但是天运公司并未实际支付，也不能提供已支付的地价款的有效凭据，证据材料证明效力不充分，根据财税字〔1995〕48号文第10条规定的“不能提供已支付的地价款凭据，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额”，不能扣除上述项目金额。忠州第一税务所的上述主张得到一、二审法院的支持。实际上，忠州第一税务所的主张部分是不成立的，比如工程款，欠财政局代垫土地出让金等，都是有证据证明实际发生且与收入有关的费用，即使没有实际支付，根据《企业所得税法实施条例》第9条规定的权责发生制，也应该作为当期的支出进行扣除。
天运公司实际上是从忠县人民政府受让土地使用权，代忠县火电厂偿还银行欠款的3300万实为购买土地使用权及其他资产的对价，虽未明确其中多少金额为土地价款，但忠州第一税务所以无有效凭据证明天运公司实际支付了土地出让金而一概不予认可，不允许扣除土地出让金，仅以忠县火电厂取得土地使用权所支付的金额作为成本扣除，实属与事实不符。
对于土地使用权支付的价格，《土地增值税暂行条例实施细则》第14条规定以取得土地使用权时的基准地价进行评估。基准地价是一个地价体系，而不是一个价格标准，由于是要对转让收入与原取得成本的增值部分征税，应理解为，以取得土地使用权的时间为估价时点，依据当时适用的基准地价体系，采用基准地价系数修正法进行评估的土地使用权的市场价值。对于如何在基准地价的基础上进行评估，土地增值税法规未作规定。因此，有些纳税人认为，取得土地使用权所支付的地价款应当包含土地开发成本及应得利润等，理由是土地《房地产评估规范》规定，测算土地成本和土地重置成本，可采用比较法、成本法、基准地价修正法等方法，并应符合下列规定：1.土地成本和土地重置成本应为在价值评估时点重新购置土地的必要支出，或重新开发土地的必要支出及应得利润。2.重新购置土地的必要支出应包括土地购置价款和相关税费，重新开发土地的必要支出及应得利润应包括待开发土地成本、土地开发成本、管理费用、销售费用、投资利息、销售税费和开发利润。3.除估价对象状况相对于价值评估时点应为历史状况或未来状况外，土地状况应为土地在价值评估时点的状况，土地使用期限应为自价值时点起计算的土地使用权剩余期限。欢迎对土地增值税有兴趣的朋友加微信探讨。
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