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在一般研究论文中，筛选都是第一步，主要是①基因芯片，RNA-seq或单细胞测序等高通量筛选，或②借助基因编辑CRISPR实现筛选，以及③通过推敲现象或表型得出猜想（比如外泌体PD-L1抑制外周免疫那篇）。筛选策略有两种，Gain-of-funtion（①）和Loss-of-funtion（②）。这种逻辑论证，任何时候都经得起推敲，绝不是灌水文章。生信筛选论文，跟纯生信论文完全不一样，属于科研论文。需要会纯网页生信数据分析，要会R语言，还要懂基础科研，具备医学知识，即生信论文新套路的四大要素：①网页数据分析②R语言③基本实验技能④医学背景。 对于生信论文，目前大趋势是生信筛选 生信验证 湿实验验证。芒果今天就分享一篇标准的生信筛选 生信验证 湿实验的论文。严格地说，这样的论文已经不是生信论文，而应该叫科研论文。申请基金时候是可以光明正大地放进个人资料里面的。
文章2021年4月22日发表在Frontier in Oncology，题目为Identification of VWF as a Novel Biomarker in Lung Adenocarcinoma by Comprehensive Analysis。文章生信筛选、验证层次分明，值得借鉴；湿实验验证有理有据。目前，Frontier in Ocology不再接收纯生信论文，但是对于这种生信 实验验证的论文是有好的哟！
文章首先绘制筛选 验证流程图，我们前面说过，流程图可以提炼文章思路，不一定要多复杂，清晰明了地展示文章脉络，让审稿人和读者一目了然即可。
作者生信筛选时，首先用加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)筛选在正常组和肿瘤标本中具有明显差异的基因。WGCNA是用来描述不同样品之间基因关联模式的分析方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集。相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析。
接下来，经典的基因差异表达分析。火山图、热图是经典，这里作者使用了WGCNA分析相同的TCGA和GEO数据（一个数据用两次，做不同的分析），火山图筛选，韦恩图取交集，富集分析、互作分析确定关键基因及其通路（Figure 3、Figure 4）。
最终作者筛选出10个关键的候选基因，到这里，生信筛选部分就结束了。接下来就是生信验证部分的内容了。
生信验证，最重要的就是生存分析，差异表达和生存之间的关系是关键。这里筛选出来，只有SPP1和VWF两个基因表达差异与生存参数密切相关。
湿实验验证，从mRNA（RT-PCR）和蛋白水平（WB、IHC）在细胞系水平验证SPP1和VWF表达的差异。这里展示的是最简单的验证，但是有了这种验证，生信论文的层次就高大上很多。
各种相关分析，进一步验证SPP1差异表达与表型参数之间的关系（性别、肿瘤、吸烟、年龄和病理分期）。属于锦上添花吧。
免疫浸润分析本来可以成为文章的两点，但是作者这里做的相对简陋些。不过，文章结构是非常完整的，生信验证 生信分析 湿实验验证。而从科研思路上看，表型、基因和疾病都有了，分子机制也有较简略的阐释，已经非常好了。
一起成长，共同进步，愿果友们多发论文。 |
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