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分子进化流行病学研究发现新冠感染将离开人类

 新用户7261osYC 2023-09-02 发布于陕西

徐德忠1,熊辉2,栾荣生3#
1军事预防医学系军队防疫与流行病学教研室 陕西 西安710032
2西急诊科   
3 四川大学华西公共卫生学院流行病与卫生统计系 #通讯作者
作者简介:徐德忠(1941-),男,教授,研究方向:分子流行病学
通信作者:挛荣生,E-mail: luan_rs@scu.edu.cn

新冠(SARS-CoV-2)感染在世界范围内的大流行已三年多。WHO报告,截至202325日,全球已有确诊病例超过7.54亿例,超过6.8千万人死亡[1]。显而易见,这是人类历史上罕见的疫情灾难,给全世界人民生命财产和各国政府政治、经济等造成极大伤害。因此,国内外人们都在问:这场浩劫何时能结束?!
我们根据分子进化流行病学研究[2]结果,现在已经有了答案:新冠感染即将离开人类!
最近Shrestha LB等发表一篇论文,题目为奥密克戎变异株BA.1 BA.5的进化:对免疫逃逸和传播的影响(Evolution of the SARS‐CoV‐2 omicron variants BA.1 to BA.5: implications for immune escape and transmission[3]”; 其宗旨是从奥密克戎变异株BA.1 BA.5的演变了解各变异株及其变异过程对新冠感染免疫逃逸和传播有什么影响及其大小之异同。因此,文章的绝大部分详细而系统地论述了免疫逃逸和传播的变化及其应采取的针对性措施。
然而Shrestha LB在描述“BA.1 BA.5的进化时,提供了一张具全球代表性的3 110 个子样本SARS-CoV-2 基因组之时间尺度系统发育树(图1),却给我们细致而可靠地显示了SARS-CoV-2 基因组按时间推移的进化过程。更是奇妙的,按此系统发育树既是科学地又是出于一般人预料之外的:现在全球流行的优势株BA.5已经紧紧靠在甚至可说连接于SARS-CoV-2武汉原始株(hCoV-19/Wuhan/Hu-1/2019)(图1)!由此,在深层次揭示,SARS-CoV-2即将离开人类(见下)。 Shrestha LB显然没有关注这一点,因为他们没有逆向回归这个理论的支撑!而我们研究即是用逆向回归的概念揭示非典(SARS-CoV)是非自然起源,由于不适应于人类,在经逆向回归的过程(约一年多)后不得不离开人类[4,5];犹如人造卫星一般只能围绕地球几年至几十年,而地球的自然卫星如月亮可运转几亿年甚至更长。

1 全球代表性的3 110 个子样本SARS-CoV-2 基因组时间尺度系统发育树(引自Shrestha LB
注:20HBeta):贝塔变异株;20IAlpha):阿尔法变异株;20JGamma):伽玛变异株;21A21I21JDelta):德尔塔变异株;21CEpsilon:厄普西隆变异株;21DEta):埃塔变异株;21FIota):艾欧塔变异株;21Glambda):拉姆达变异株;21HMu:变异株;21K21L21MBA.4BA.5Omicron):奥米克戎变异株
我们在研究非典起源及其消失之谜时, 发现一篇重要文章, Song 2005年发表在权威杂志Proc. Natl Acad. Sci. USA[6]Song等的目的是阐明2003年底至2004年初的广州4例小爆发和大陆200211月至6月底的流行不同,两者之间存在很多差异。我们对此文看过不至5次,对Song构建无根树的图(图2更是无数次的细致琢磨与分析,日思夜想;总感到此图含有什么玄机!经过数月的思考,仍得不到要领。忽然,一天深夜突然悟到这根无根树2002年底至2003年初的病毒株和2003年底至2004年初的广州株相接,却远离2003年初至中期的流行株;凌晨起来一看果然如此。继之经反复推敲与研读相关文献判定,这是典型的逆向回归。根据非典流行过程,结合传染病流行病学的理论与实践以及在人类社会的流行史,可以推测:SARS-CoV经某些方式进入广东,然后再经临时性宿主果子狸和病人[5]传播,流行至2003年中期,不能适应人类社会,故逆向回归2003年底至2004年初的广州小爆发终结!
不言而喻,逆向回归在非典溯源研究时是经过几个月的苦思冥想与分析研究才达到学术理论的境界!但当现在我们见到Shrestha LBSARS-CoV-2 基因组之时间尺度系统发育树时,就自然而然地立刻联想到SARS-CoV-2正在经逆向回归走向终结!
无庸赘述,现在已经到了全世界人民欢呼的时刻,这场浩劫即将过去,蓝天白云的幸福日子即将降临!

2.Song构建的无根树[6]
注:Palm CivetPC: 棕榈果子狸衍生病毒Human PatientHP):人类患者源性病毒D:两个样本组间核苷酸差异的平均数
参考文献
[1]COVID-19 Weekly Epidemiological UpdateEdition 129 published 8 February 2023
[2]徐德忠主编.分子流行病学和分子进化流行病学. 北京:人民卫生出版社, 2020
[3]Shrestha LB, Foster C, Rawlinson W, Tedla N, Bull RA. Evolution of the SARSCoV2 omicron variants BA.1 to BA.5: implications for immune escape and transmission. Rev Med Virol. 2022;32(5):e2381. https://doi. org/10.1002/rmv.2381
[4]徐德忠,张景霞,张 磊,孙慧敏. 逆向进化:SARS-CoV 非自然起源之关键.医学争鸣,20145(1)1-6
[5]徐德忠主编. 非典非自然起源和人制人新种病毒基因武器. 北京: 军事医学科学出版社, 2015
[6]Song, H., Tu, C., Zhang, G., et al.  2005. Cross-hostevolution ofsevere acute respiratory syndrome coronavirus in palmcivet and human. Proc. Natl Acad. Sci. USA 102, 2430–2435.

徐德忠教授简介

徐德忠,男,1941年10月出生,江苏省无锡市人。1965年入伍,1987年入党。1965年毕业于北京医科大学卫生系六年制本科,当年考取流行病学专业研究生,1968年毕业。1981年赴美国疾病控制中心与贝勒医学院进修。1987年晋升为副教授,1989年提前晋升为教授,1989年担任副主任,1993年担任主任至2002年。2015年主编出版了《非典非自然起源和人制人新种病毒基因武器》。原为军事预防医学系军队流行病学教研室专业技术二级教授、博士生导师,享受正军职待遇,2017年退休。培养硕、博、博后研究生90余名,发表论文360余篇;主持国家、军队级课题16项;主编专著7部;获吴阶平医学研究二等奖1项,省部级科技进步一等奖2项、二等奖7项。获全军优秀教师、军队育才“金奖”、全国非典防治工作先进个人、总后优秀党员,立三等功。


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