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明永乐十九年(1421)明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。将兵部官属移往北京。1425年明仁宗时于南京复置。设尚书一人、右侍郎一人。其属司务厅，司务一人，武选、职方、车驾、武库四法吏司，各郎中一人，职方、车驾二司各员外郎一人，车驾司主事二人，其余三司各一人。所辖典牧所、会同馆和大胜关。宣德(1426—1435)后，定以尚书参赞机务，正统六年(1441)始于南京官署前加“南京”二字，称南京兵部。在南京六部中职任最重。 南京所设立六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。 所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。
赵羾 礼部尚书1417年12月29日 至 1424年9月10日南京刑部尚书
张本 刑部右侍郎 1424年9月10日 至 1425年4月16日 刑部尚书
李庆 兵部尚书 1425年11月13日 至 1427年9月30日 死
徐琦 南京兵部右侍郎1449年10月23日 至 1453年4月30日 死
张凤 南京户部尚书1453年4月29日 至 1454年4月30日 户部尚书
张纯 南京都察院右都御史1454年3月26日 至 1457年3月1日 致仕
萧维祯 南京刑部尚书1463年1月4日 至 1465年8月28日 病休
李宾 都察院右都御史1465年8月30日 至 1470年10月4日都察院左都御史
程信 兵部尚书1470年10月7日 至 1475年3月7日 病休
原杰 都察院右都御史1477年5月23日 至 1477年7月10日 死
王恕 南京都察院右都御史1478年4月7日 至 1479年2月6日 兵部尚书1484年5月21日 至 1486年9月28日 吏部尚书
薛远 户部尚书1479年2月6日 至 1480年2月4日 致仕
陈俊 南京户部尚书1480年2月6日 至 1484年5月21日南京吏部尚书
马文升 兵部尚书1486年10月12日 至 1487年11月24日都察院左都御史
耿裕 南京礼部尚书1487年11月24日 至 1488年11月30日礼部尚书
张蓥 刑部尚书1488年12月4日 至 1493年9月7日 死
侯瓒 南京工部尚书1493年10月6日 至 1496年5月11日南京工部尚书
张悦 南京吏部尚书1496年5月19日 至 1499年9月11日致仕
倪岳 南京吏部尚书1499年9月16日 至 1500年7月7日吏部尚书
秦民悦 南京吏部尚书1500年7月13日 至 1501年南京户部尚书
王继 南京刑部尚书1501年12月7日 至 1503年5月24日 死
韩文 吏部 左侍郎1503年6月20日 至 1504年12月22日户部尚书
王轼 南京户部尚书 1504年12月31日 至 1506年5月3日 致仕
林瀚 南京吏部尚书1506年5月10日 至 1507年2月17日浙江 右布政使1510年11月13日 至 1510年11月13日 致仕
何鉴 刑部左侍郎1507年2月27日 至 1511年1月31日刑部尚书
柴升 南京礼部尚书1511年 至 1512年5月11日南京工部尚书
刘机 吏部尚书1512年4月21日 至 1514年4月21日致仕
张澯 南京吏部尚书1514年4月28日 至 1515年5月23日致仕
乔宇 南京礼部尚书1515年6月13日 至 1521年8月23日吏部尚书
王守仁 都察院右副都御史巡抚南贛汀漳1521年8月29日 至 1522年都察院总督两广及江西湖广等处军务
廖纪 南京吏部尚书1522年5月8日 至 1522年12月8日 致仕
陶琰 工部尚书1522年12月14日 至 1523年 致仕
秦金 南京礼部尚书 1523年9月10日 至 1523年12月7日户部尚书 / 工部尚书1535年 至 1536年10月9日致仕
李充嗣 工部尚书1523年12月22日 至 1528年2月11日致仕
王宪 兵部尚书1528年3月5日 至 1529年9月4日都察院左都御史
胡世宁 兵部尚书1529年9月26日 至 1530年2月20日致仕
王廷相 兵部左侍郎1530年2月25日 至 1533年5月9日 都察院左都御史
刘龙 南京吏部尚书1533年6月9日 至 1535年11月7日致仕
王軏 南京户部尚书1536年10月19日 至 1539年5月24日革职
湛若水 南京吏部尚书1539年6月29日 至 1540年7月1日 致仕
熊浃 南京礼部尚书1540年7月18日 至 1543年1月8日 都察院右都御史
王尧封 户部尚书1543年1月26日 至 1543年4月20日致仕
张邦奇 南京吏部尚书1543年4月24日 至 1544年11月21日死
宋景 南京吏部尚书1544年 至 1546年8月16日都察院左都御史
胡训 南京工部尚书1546年9月26日 至 1547年9月9日 致仕
韩邦奇 南京都察院右都御史1547年10月11日 至 1550年1月2日 致仕
王学夔 南京吏部尚书1550年1月14日 至 1550年3月7日 致仕
韩士英 南京户部尚书1550年3月26日 至 1552年6月2日 户部尚书
屠楷 南京吏部尚书1552年6月8日 至 1553年3月21日致仕
潘潢 南京吏部尚书1553年6月2日 至 1553年11月29日致仕
张经 南京户部尚书1553年11月29日 至 1554年11月8日南京兵部右侍郎
周延 南京吏部尚书1554年11月8日 至 1555年2月15日都察院左都御史
张时彻 兵部左侍郎1555年2月20日 至 1555年9月27日致仕
张鏊 刑部左侍郎1555年9月28日 至 1560年4月26日致仕
江东 户部尚书1560年4月28日 至 1561年6月9日解职回乡
李遂 兵部左侍郎1561年6月11日 至 1566年1月4日 致仕
胡松 吏部左侍郎1566年1月16日 至 1566年4月24日吏部尚书
郭干 都察院右都御史1566年5月4日 至 1567年5月23日兵部尚书
赵大佑 南京刑部尚书1567年6月2日 至 1567年9月6日 致仕
郭宗皋 南京都察院右都御史1567年 至 1567年致仕
刘采 南京吏部尚书 1567年11月14日 至 1570年9月25日致仕
吴岳 南京吏部尚书1570年10月3日 至 1570年10月致仕
刘自强 南京户部尚书1570年11月7日 至 1570年12月26日刑部尚书
王之诰 兵部左侍郎 1570年12月30日 至 1572年8月25日刑部尚书
刘体干 户部尚书1572年8月31日 至 1574年7月9日 致仕
戴才 南京刑部尚书1574年7月13日 至 1576年
刘光济 南京吏部尚书1576年3月15日 至 1577年11月30日致仕
翁大立 南京礼部尚书1577年12月8日 至 1578年8月21日致仕
杨兆 南京刑部尚书1578年8月27日 至 1579年5月1日 兵部尚书
凌云翼 南京工部尚书1579年4月6日 至 1580年8月3日 兵部尚书
潘季驯 工部尚书1580年8月3日 至 1583年1月28日刑部尚书
王遴 南京工部尚书1583年2月15日 至 1583年9月6日 户部尚书
刘尧诲 南京户部尚书1583年9月10日 至 1584年2月4日 致仕
郭应聘 南京都察院右都御史1584年2月18日 至 1586年6月10日革职
傅希挚 南京户部尚书1586年6月20日 至 1587年6月13日兵部协理京营戎政
李世达 南京吏部尚书1587年6月16日 至 1587年7月13日刑部尚书
阴武卿 南京工部尚书1587年7月16日 至 1588年 死
吴文华 南京工部尚书1588年10月17日 至 1589年5月23日南京工部尚书
杨成 南京吏部尚书1589年7月10日 至 1591年3月8日 致仕
舒应龙 南京户部尚书1591年3月13日 至 1592年3月30日工部尚书 孙砻 南京吏部尚书1592年4月22日 至 1592年5月9日 吏部尚书
衷贞吉 南京工部尚书1592年5月18日 至 1593年10月16日工部尚书
周世选 南京户部尚书1593年10月30日 至 1598年1月8日病休 1598年7月28日 至 1599年4月17日致仕
郝杰 南京工部尚书1599年7月1日 至 1601年3月6日
邢玠 兵部尚书1601年3月7日 至 1602年6月21日/1610年1月4日 至 1611年6月19日致仕
孙矿 南京都察院右都御史1605年12月25日 至 1609年10月26日致仕
黄克缵 都察院右都御史1612年3月27日 至 1619年8月7日 兵部协理戎政
卫一凤 南京刑部尚书1620年9月16日 至 1622年1月24日致仕
魏养蒙 南京户部尚书1622年3月10日 至 1622年9月15日 因病未到任
王在晋 兵部尚书1622年9月22日 至 1622年10月31日南京吏部尚书
陈道亨 都察院右佥都御史1622年11月14日 至 1625年3月7日 致仕
王永光 南京都察院右都御史1625年4月12日 至 1625年11月15日兵部尚书
许弘纲 刑部 署部事1625年11月22日 至 1626年12月28日致仕
刘廷元 都察院左副都御史1627年1月8日 至 1628年2月29日工部尚书
商周祚 南京工部尚书1628年4月4日 至 1628年7月18日都察院左都御史
胡应台 都察院右佥都御史1628年7月21日 至 1630年4月22日刑部尚书
傅振商 南京兵部右侍郎1630年4月30日 至 1633年致仕
吕维祺 南京户部右侍郎1634年2月15日 至 1635年3月19日致仕
范景文 南京都察院右都御史1635年 至 1639年2月26日刑部尚书
李邦华 兵部协理戎政1639年4月6日 至 1640年 都察院 左都御史
仇维桢 南京户部尚书1641年1月6日 至 1641年
余瑊 兵部左侍郎1641年12月4日 至 1642年5月19日
熊明遇 兵部尚书1642年 至 1643年9月2日
史可法 户部右侍郎1643年9月2日 至 1644年6月9日 礼部尚书
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