【原】从零学习Bulk RNA-seq | 第1期. 快2024年了，还有必要学习Bulk RNA-seq？

近年来单细胞RNA-seq和空间RNA-seq的兴起与发展，让Bulk RNA-seq的光芒大减，不禁让很多人质疑Bulk RNA-seq的价值。如今即将进入2024年了，我们医学科研人员还有必要付出时间去学习Bulk RNA-seq吗？今天我们从一线医学科研人员的角度来一起来探讨这个问题。我们将分别从Bulk RNA-seq的价值和学习成本两个角度来分享。

价值：

1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径，是学习后续进阶内容（如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq）的基础，如果没有接触过Bulk RNA-seq，一开始就去学习单细胞RNA-seq，学习难度和成本会大大增加；

2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景：十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候，简单测序和分析就可以发表一篇令人满意的文章，但随着测序门槛的减低和测序数据的堆积，简单的Bulk RNA-seq数据已经很成为一个研究中的主角（当然，这不是绝对的，即使是近几年，一个Bulk RNA-seq以及新颖的设计和确凿的湿实验验证也可以发Science，如PMID: 30733421）；更多地，Bulk RNA-seq越来越多的角色是作为一个研究中的一个工具，它的角色以后会越来越像WB, IHC, qPCR等，一个基础科研人员，现在如果不会WB，那是一个遗憾，以后如果不会Bulk RNA-seq，那也会是一个遗憾；

3.减少沟通障碍：虽然现在很多测序公司会提供数据分析服务，但是分析人员往往是非医学专业的，这就意味着他们提供的往往是广谱的结果，针对一个具体的数据，还是需要你给他们提供分析的具体需求，如果你自己没有经历过数据分析，那么很可能就会遇到“你不能理解对方的分析思路，对方觉得你的分析需求很奇怪”的情景；

4. 掌握R语言基础：R语言作为一门工具，其应用不局限于生物信息学，它也是临床科研（如临床预测模型构建）和流行病学研究（如我们前段时间推出的GBD研究）的利器。

学习成本：

笔者（定观和壮观老师）作为医学科研人员，经历了从“零基础”到“入门”到“基本精通”的过程，虽然在这个过程中也走了一些弯路，但是现在回过头看的时候，总的来说那是一段“痛并快乐着”的回忆。现在我们想做的，就是让正在读本文的你在学习Bulk RNA-seq的过程中，少一份痛，多一份快乐！我们前期在B站“开心doctor”分享了多个相关视频，也在公众号“观科研”分享了进40篇相关推文，我们后期会尽量每周在公众号总结一个有用的实战技能，也会在10月底-11月初推出Bulk RNA-seq高效学习课程，目标是“让每个医学科研人员入门生物信息学”，一起让医学科研有迹可循！

以上就是今天的分享内容，希望对医学科研人员有所帮助，大家对于推送内容有任何问题或建议可以在公众号菜单栏“更多--读者的话”栏目中提出，我们会尽快回复！

参考文献

1.Stark R, Grzelak M, Hadfield J. RNA sequencing: the teenage years.Nat Rev Genet. 2019;20(11):631-656.

2. Li X, Wang CY. From bulk, single-cell to spatial RNA sequencing. Int J Oral Sci. 2021;13(1):36.

3. Lee CK, Jeong SH, Jang C, et al. Tumor metastasis to lymph nodes requires YAP-dependent metabolic adaptation. Science. 2019;363(6427):644-649.