【原】韦恩图进阶！upset plot 01

前面用2篇文章介绍了韦恩图的多种画法！

简单的韦恩图画法

ggplot2版本的韦恩图画法

普通的韦恩图显示2-4个集合效果比较好，但是如果有很多个集合，韦恩图就不太美观了，即使是支持最多7个集合的ggvenndiagram，因为彼此交叉太多，已经不利于呈现数据细节了。

• upsetR

• 基础使用

• 个性化特定列（选择指定列）

library(ggVennDiagram)
library(ggplot2)

sets <- list(
  a = sample(1:500,300),
  b = sample(1:500,350),
  c = sample(1:500,420),
  d = sample(1:500,300),
  e = sample(1:500,400),
  f = sample(1:500,380),
  g = sample(1:500,400)
)

ggVennDiagram(sets,
              category.names = c("set 1","set 2","set 3","set 4","set 5","set6","set7"), 
              set_size = 6,
              label = "none", 
              edge_lty = "solid", 
              edge_size = 1.2 
              ) +
  scale_fill_gradient(low = "grey90",high = "grey60")

plot of chunk unnamed-chunk-1

这时候使用upset plot可能是更加合适的选择。

在R里面有很多包可以画upset plot，我们主要学习UpSetR和complexheatmap。

upsetR

基础使用

这个包的基础使用方法其实很简单，对于上面的数据集，直接使用就行。

library(UpSetR)

upset(fromList(sets),nsets = 7) # 也可以从矩阵或者数据框读取

plot of chunk unnamed-chunk-2

这个图细节很多，但是不难理解，主体就是3各部分组成的。

“

左边条形显示每个集合元素数量，上面条形图展示每个交集内元素数量，下面的点（矩阵）表示所有出现的交集。

很多细节都是可以调整的，大家可以通过?upset查看所有支持的参数，下面介绍一些常用的。

upset(fromList(sets),
      order.by = "freq", # 排序方式
      nsets = 5, # 展示几个集合，按照数量从大到小排列，或者使用sets参数指定集合名字
      mb.ratio = c(0.55,0.45), # 条形图和矩阵的相对比例
      number.angles = 30, # 条形图上面数字角度
      point.size = 3, # 点的大小
      line.size = 1.2, # 线条粗细
      mainbar.y.label = "size of intersection", # 上面条形图的标题
      sets.x.label = "the number of each sets", # 坐标条形图的标题
      text.scale = c(1.3, 1.3, 1, 1, 2, 1.2) # 元素大小
      )

text.scale控制7个元素的大小，要么提供1个数，要么提供7个数，每个数对应的元素种类如下：intersection size title, intersection size tick labels, set size title, set size tick labels, set names, numbers above bars

个性化特定列（选择指定列）

可以通过一些简单的参数直接改变一些元素的颜色。

upset(fromList(sets),order.by = "freq",
      matrix.color = "firebrick",
      main.bar.color = "steelblue",
      sets.bar.color = "grey70"
      )

plot of chunk unnamed-chunk-4

如果要指定某一个交集，改变外观，就需要queries参数。

upset(fromList(sets),order.by = "freq",
      main.bar.color = "steelblue",
      sets.bar.color = "grey70",
      
      # 选择指定交集，突出显示
      queries = list(
        list(query = intersects, params  = list("b","f","e"),color = "orange",active = T), # 选择b,f,e的交集
        list(query = intersects, params  = list("g","f","e"),color = "red",active = T) # 选择e,f,g的交集 
      )
      )

plot of chunk unnamed-chunk-5

顾名思义，这个queries参数其实就是一个查询，把符合查询条件的交集找出来，然后赋予特定的颜色标记等，达到突出显示某些结果的作用。

关于这个queries还有很多其他用法，不过需要的数据格式也是要提供更多的信息，大家有需要的可以至官网^[1]查看更多内容。

或者等我更新

后面会继续介绍这个upsetr包，十分强大，可以自定义的细节太多了~

参考资料

[1]

upsetr: https://cran./web/packages/UpSetR/vignettes/queries.html

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