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Upset plot展示韦恩图

 茶与生信 2021-01-27

前文写道:对于集合的可视化,大多数使用的是韦恩图。一般集合不超过5个的时候,韦恩图可视化效果往往还是很不错的(无论是视觉效果,还是理解数据)。对于多余5个集合的数据,建议使用集合可视化神包:UpSetR

install.packages("UpSetR")library(UpSetR)
a <- list(A=-10:5,B=2:8,C=3:11,D=4:20,E=5:30)upset(fromList(a))
upset(fromList(a), sets.bar.color = c("red","blue","black","yellow"), nsets = 4, nintersects = 7, mb.ratio = c(0.7, 0.3), order.by = c("freq", "degree"), decreasing = c(TRUE,FALSE))
#sets.bar.color: 设定集合的颜色#nsets: 最多展示多少个集合数据。默认全显示。#nintersects: 展示多少交集。#mb.ratio:条形图和点点图的比例。#order.by:交集如何排序。这里先根据freq,然后根据degree#decreasing:变量如何排序。这里表示freq降序,degree升序#例子中的后面这两个参数设置和默认时的设置是一样的。

上面只介绍了一种数据类型:fromList,

当然还有table,fromExpression。我个人认为hai时是frmList最好用。

其中table格式需要你自己整理好每个元素属于哪个类别(set),属于就为1,不属于,就为0.这里不再展示。fromExpression格式要求统计好每个交集中的元素个数。

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