哈啰,各位,云平台又推出新工具啦,这次隆重登场的小工具是UpSet韦恩图。韦恩图在高通量测序中常被用来展示不同样本间共有的或特有的基因,常见的韦恩图一般用于处理5个以下的分组,结果的可视化程度也比较好(基迪奥云平台很早之前已推出过)。
一旦分组过多,虽然也可绘制出其他形式的韦恩图,但结果可读性并不好,让人看得头晕眼花。
UpSet韦恩图就是一个可以解决以上烦恼的神奇小工具,它和常见的韦恩图不太一样,主要是利用连线的形式结合柱形图,来展示不同分组形式的共有和特有元素信息,结果清晰易理解,对于分组较多的情况特别适用。用基迪奥云平台画出来的UpSet韦恩图如下所示: 左边水平柱状图表示各分组的元素统计数值,中间矩阵中的单个点表示某个分组特有的元素,点和点之间的连线表示不同分组特有的交集,竖直柱状图中则分别表示对应的交集元素数值。
下面详细介绍如何通过UpSet韦恩图小工具得到上面的靓图。 首先,登录OmicShare Tools云平台:http://www./tools/ 左边导航栏“我的软件”→“所有软件”→“基础绘图”→“UpSet韦恩图”,进入工具页面: 工具界面左边是输入文件区域,右边是说明和例子,如果有不明白的可以阅读“说明”里的讲解。 输入文件 需要输入的文件必须为txt格式,可以选择在excel中将数据打开,然后另存为'文本文件(制表符分隔)(*.txt)'。 以随机生成数值的六个样本为例,可以选择去除各样本中重复的元素,点击“提交”,跳转到“我的任务”,点击“结果预览”可查看图片,图形是可交互式的,可以进行修改。 |
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