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图解一图 | 第3期.科研小白也能丝滑看文献(二)

 新用户4064dVjo 2023-10-16 发布于北京
上一期的推送中我们一起学习了2023年发表于immunity 上的Mural cell-derived chemokines provide a protective niche to safeguard vascular macrophages and limit chronic inflammation,其中讲到学习第三步是找到文章中的对应结果叙述段,看文章作者是如何阐述自己的研究结果,但没有细致讲如何进行学习作者的结果描述,本期就来图解如何从文献中学习研究结果的描述,真正做到对一幅图、一段话的学习与升华。

此时就可以结合我们上一期初步对图的理解。

首先,我们主要看图对应的语句。
注:[mural cells (MCs)/macrophage]
(图ABy tracing dynamic changes in MΦ positioning, morphology, and calcium-activity simultaneously in vivo, we observed that vascular MΦs respond to sterile microinjuries, reaching necrotic foci within minutes (Figure 1A; Video S1). 通过在体内同时追踪定位、形态和钙活性的动态变化,我们观察到血管对无菌微损伤有反应,在几分钟内到达坏死灶。(目的+结果描述)
(图BMΦs engaged in tight and frequent contacts with MCs in microvascular beds of different organs and in the atherosclerotic macrovasculature (Figure 1B). MΦs在不同器官的微血管床和动脉粥样硬化的大血管系统中与MCs紧密而频繁地接触。(结果描述)
(图CMCs highly express Ccl2 and Mif. We therefore investigated whether MC-derived CCL2 might actively preserve this pro-homeostatic role of MΦs in vivo. Indeed, disruption of CCL2 signaling in Cx3cr1-MΦGFP-rep mice impaired the ability of perivascular MΦs to reach microinjuries (Figure 1C; Figure S1D). MCs高度表达Ccl2Mif。因此,我们研究了MCs衍生的Ccl2是否可以在体内积极地保持MΦs的这种促体内平衡作用。事实上,Cx3cr1-MΦGFP-rep小鼠中CCL2信号的破坏会损害血管周围MΦs到达微损伤的能力。
从研究对象MCs本身的特点(高度表达的CCL2Mif)出发,提出一个有依可循的猜想,分泌的CCL2会对MΦs功能(树突形成时间/到达微损伤的时间)产生影响,并用一句话描述结果。
(图DTo augment our understanding of the broad cytokine and chemokine repertoire expressed by MCs, we reanalyzed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data from human coronary vessels, particularly rich in a broad set of MC subsets, acquired by Wirka et al.32 (Figure 1D). 为了增强我们对MCs表达的广泛的细胞因子和趋化因子库的理解,我们重新分析了来自人冠状血管的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,特别是由Wirka等人获得的广泛的MC亚群。(目的+实验步骤:重新分析人冠状血管的单细胞RNA测序)
(图ECCL2 and MIF showed robust expression across MC clusters (Figure 1E) CCL2MIFMC集群中表现出稳健的表达。(结果描述)
(图FBased on this MΦ-MC colocalization and high MC-derived expression of distinct MΦ active chemokines such as CCL2 and MIF, we hypothesized that these MΦ chemotactic proteins might act as niche-maintaining signals for vessel-associated MΦs. We found that addition of CCL2 to MΦs enhanced MΦ survival in vitro (Figure 1F).基于这种MΦ- MC共定位和MC衍生的不同活性趋化因子(CCL2MIF)的高表达,我们假设这些趋化蛋白可能作为血管相关niche-maintaining signals。我们发现,将CCL2添加到中可提高的体外存活(1F)
从研究结果(MΦ- MC共定位和MC衍生的不同活性趋化因子(CCL2MIF)的高表达),提出一个有依可循的猜想,这些趋化蛋白可能作为血管相关niche-maintaining signals,并用一句话验证结果:CCL2添加到中可提高的体外存活
(图G/JBecause the kidney and lung have dense microvascular beds rich in MCs, we focused on these tissues. In the kidney microvasculature of Ccl2MC-/- mice, perivascular MΦ coverage was reduced compared with controls (Figures 1G and 1J). 由于肾脏和肺部有密集的微血管床,富含MCs,我们将重点放在这些组织上。在Ccl2 MC-/-小鼠的肾脏微血管中,与对照组相比,血管周围覆盖减少(1G1J)
微血管床最多的器官来观察MCs特异性敲除CCL2后的微血管周围覆盖减少,即凸显改变。(此点也可以举一反三,用在自己的研究中)
(图H-JThis finding was not explained by changes in proliferation or blood monocyte counts (Figures 1H–1J and S1G) 这一发现不能用增殖或血液单核细胞计数的变化来解释。(必要的排除实验凸显本研究的研究对象的作用的重要性,即MCs中的CCL2才是导致微血管周围覆盖减少
通过这样的学习,我们再回过头来看看原文的Figure1,以及思考为什么作者要这些实验来验证自己的结果,此时我们需要思考的是,这些实验是否能说明研究结论,这些实验是否为关键且最为合适的实验?是否还有可以改进的地方?更为进阶版的学习则是,在已知的研究背景下,尝试自己设计Figure1所包含的实验,在多次的思考与原文的比对学习过程中,提升科研思维与基础研究的逻辑能力。

以上就是今天的分享内容,希望对医学科研人员有所帮助,大家对于推送内容有任何问题或建议可以在公众号菜单栏“更多--读者的话”栏目中提出,我们会尽快回复!

参考文献

Pekayvaz, Gold, Hoseinpour et al. Mural cell-derived chemokines provide a protective niche to safeguard vascular macrophages and limit chronic inflammation.immunity 2023; 56, 1–17


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