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跟专门做研究的科研人员相比，医生有天然的弱势——没有时间。科研思维的锻炼又必须踏踏实实、认认真真地阅读文献，归纳出其中的内在逻辑。关于纯生信论文分析套路，芒果已推出生信论文百篇和生信技能系列。但是，仅仅是纯生信分析甚至包括R语言等还不足以支撑我们认识疾病的本质，我们还需要掌握实验技能，阅读最前沿的文献，以获得概念性的知识，提升个人认知。 为此，芒果精挑细选一系列文献，每篇文献都会按照其逻辑详细解读，并以概念性知识的方式呈现。当然，在这个过程中，芒果还会结合生信分析尽可能挖掘出潜在的课题。由于时间问题，每篇文献将分成多个小主题进行分享。  芒果文献的首篇文献是路德维希肿瘤研究中心George Coukos团队在Cancer Cell发表的题为“Cooperation between Constitutive and Inducible Chemokines Enables T Cell Engraftment and Immune Attack in Solid Tumors”的文章。  主流观点认为肿瘤组织驻留的免疫细胞往往已被驯化，发挥抑制免疫的作用；在肿瘤微环境中，外周迁移的抗原呈递细胞和CD8 T细胞，CD4 T细胞是抗肿瘤免疫的主力军。免疫细胞迁移到肿瘤中是一个精心调控的过程，包括与内皮细胞的粘附、跨内皮迁移、通过细胞外基质和基质的浸润，以及最终植入。肿瘤血管系统在 T 细胞归巢到肿瘤中起着关键作用。其中，趋化因子决定白细胞的迁移行为，但它们如何在稳定状态下调节肿瘤免疫反应尚不清楚。  根据其表达，趋化因子被认为是组成型（稳态）或诱导型（炎症）。组成型趋化因子通过次级淋巴器官和组织调节免疫细胞的生理运输。诱导型趋化因子在炎症部位上调，并在免疫刺激下将激活的效应白细胞募集到组织中。趋化因子调节肿瘤中的免疫细胞运输，并与肿瘤的发展、进展和血管生成有关。  大多数肿瘤形成局部趋化因子网络，通过募集基质细胞（如肿瘤相关巨噬细胞，髓源性抑制细胞和调节性 T 细胞）来促进其生长。髓源性抑制细胞和调节性 T 细胞 与患者预后不良有关。最近研究发现，趋化因子在 T 细胞募集到肿瘤中的作用。例如，CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CXCL9 和 CXCL10 的表达与黑色素瘤中肿瘤浸润淋巴细胞的存在相关。此外，干扰素-γ诱导的趋化因子 CXCL9、CXCL10 和 CXCL11与肿瘤微环境内 Th1 细胞激活以及对黑色素瘤化疗和免疫治疗的有利反应有关。CCL4 是一种关键的趋化因子，可招募表达BATF3的树突状细胞，这是黑色素瘤中 T 细胞炎症和免疫治疗反应的重要决定因素。卵巢癌等肿瘤表达多种趋化因子。肿瘤细胞中 Th1 型趋化因子 CXCL9 和 CXCL10 的表观遗传沉默已被确定为卵巢癌免疫逃逸的可逆机制。总的来说，趋化因子是肿瘤中 T 细胞归巢的关键，但趋化因子在肿瘤微环境中调节的具体机制尚不清楚。这就是作者对科学问题的凝练！然后展开科研探索。 那么，两个问题，①人体有多少种趋化因子；②如何筛选其中最关键的因子呢？第一个问题，目前已经确定的趋化因子列表如下（来自医学免疫学教材），总共40种！正如表中所列，这些趋化因子主要由免疫细胞分泌产生。那么，肿瘤细胞是否可以产生呢？答案是肯定的！而且极有可能每种类型肿瘤分泌的趋化因子类型也不同。   第二个问题，如何筛选发挥关键作用的趋化因子？免疫组化+qRT-PCR+测序+生信。 |
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