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五脏六腑相互对应，心与小肠相呼应，心与小肠相表里，这最早出自《黄帝内经》，是中医藏象理论和中医辨证施治的重要理论和依据。 
从经络方便讲，心属与手少阴经，小肠属手太阳经，心与小肠通过所属经络的循行形成表里相合关系。心经与小肠经之循行最早见于《灵枢·经脉》：“心手少阴之脉，起于心中，出属心系；下膈，络小肠”；“小肠手太阳之脉，起于小指之端，循手外侧……入缺盆，络心……抵胃，属小肠。”除了正经的属络关系外，尚有手太阳、手少阴之经别从腋部走出，入于心与小肠，上出目内眦，合并于手太阳小肠经。如 《灵枢·经别》 所记载：“手太阳之正……入腋走心，系小肠也”；“手少阴之正，别入于渊腋两筋之间，属于心……合目内眦。”此外，手少阴心经之别络从通里穴分出，走向手太阳小肠经；手太阳小肠经之别络从支正穴分出，走向手少阴心经。由于经别、别络的作用，加强了两经之间的联系，相互沟通了经气。手少阴心经走行于肢体内侧，属心系，下络小肠，属里；手太阳小肠经走行于肢体外侧，属小肠，络心，属表。
在生理功能上，心与小肠所属经脉相连，气血相通，因此在脏腑生理功能上相互联系、相辅相成。如《素问·痿论》记载：“心主身之血脉。”心主血脉，五行属火，心火下降于小肠，在心阳之温煦、心血之濡养下，保证小肠化物。小肠生理功能如《素问·灵兰秘典论》所言：“小肠者，受盛之官，变化出焉”。小肠在心之温煦濡养下，受盛化物，泌清别浊，推动糟粕和水液至大肠和膀胱，维持饮食物的消化、吸收和水液的正常代谢，同时清者经脾上输心肺，赤化为血，使心血充足，以养心脉，正如 《素问·经脉别论》 所言：“浊气归心，淫精于脉”。《本草述钩元》将二者生理联系总结为：“阳得阴以行其化，小肠为心主行其气化者也”；“心为火之主，气者火之灵，而小肠与之合，心不司气化，而小肠为心司气化之权，心生血，小肠即为血化之府。”
现代医学诸多研究成果为“心与小肠相表里”理论提供了有力依据。如针刺心经、小肠经腧穴以治疗心脏疾病等经络相关研究 ；温灸小肠之募穴“关元穴”能辅助改善肺心病心衰患者的症状 ，以及改善老年心血管疾病患者的全血比黏度、血浆比黏度、红细胞聚集指数等指标。
在现代肠道菌群的研究中，发现心血管系统与肠道微生态密切相关，肠道微生态平衡有利于心血管系统的健康。反之，肠道微生态失衡会对心血管系统产生病理影响。这从侧面论证了中医“心与小肠相表里”理论的科学性。
基于“心与小肠相表里”理论，心与小肠经气相通，气血互化，病气相互影响，因此治疗心系疾病可在内科整体辨证论治的基础之上，根据证候表现、病性之虚实，辅以补泻小肠腑气之中药，从而扶助心之脏气或祛除心之邪气，达到祛邪扶正的目的。如炙甘草汤中运用了一味火麻仁以滑利小肠、疏通小肠经气，从而改善心经气血之运行，使全方共奏益气滋阴、通阳复脉的功效；抑或在辨证论治基础之上加用上述调节肠道生态的中药以纠正肠道微生态失衡。
所以，对于心系疾病的治疗，在中医整体辨证选方基础之上，可辅以具有补肠、清肠、润肠等功效的药物，或者结合现代药理学研究成果选取具备调节肠道微生态作用的中药以增加疗效。
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