文章概述文章标题:《Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma》 发表日期和杂志:2020年发表在Nature Communications上 在线阅读链接:https:///10.1038/s41467-020-18916-5 实验设计通过对8个膀胱癌肿瘤样本和3个肿瘤旁样本进行单细胞RNA测序,对来自膀胱尿路上皮癌或癌旁粘膜样品的52721个单细胞的转录组进行了分析,并制作了膀胱癌症组织内整个TME的图谱。 单细胞转录组数据情况数据链接是:https://www.ncbi.nlm./bioproject/?term=PRJNA662018 文章给的单细胞RNA测序数据可在GSA Human中获得,登录代码为HRA00212,在BioProject PRJNA662018下的SRA数据集中获得。一共是11个数据集,需要下载下来整理归纳为标准的10X单细胞数据格式进行读取。 ![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2023/10/3120/274671960_1_20231031080038523_wm.png) 具体单细胞上游处理过程可以参考——小鼠的5个样品的10x技术单细胞转录组上游定量 将数据整理成标准格式之后,导入到Rstudio里面进行后续的单细胞数据分析流程: ###### step1:导入数据 ###### rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) samples=list.files('matrix/') samples sceList = lapply(samples,function(pro){ #pro=samples[1] folder=file.path('matrix',pro) print(pro) print(folder) print(list.files(folder)) sce=CreateSeuratObject(counts = Read10X(folder), project = pro ) return(sce) }) names(sceList) samples names(sceList) = samples sceList sce.all <- merge(sceList[[1]], y= sceList[ -1 ] , add.cell.ids=samples)
as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10, 1:2]) head(sce.all@meta.data, 10) table(sce.all@meta.data$orig.ident)
后面就是标准分析啦,对读取进来的数据进行质控、harmony整合以及细分亚群等。 第一层次降维聚类分群文章中综合数据的tSNE聚类分析,展示了所有scRNA-seq数据的聚类分群情况。 ![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2023/10/3120/274671960_2_20231031080038929_wm.png) - epithelial (EPCAM+) cells
- endothelial (CD31+) cells
- (COL1A1+)—iCAFs (PDGFRA+)
通过BioinfoArk提供的中国区chatGPT查询到各个细分亚群的解释: - 上皮细胞 (EPCAM+):EPCAM是一种细胞表面蛋白,主要在上皮细胞中表达,这些细胞主要存在于体内的各种表皮和腺体中。
- 内皮细胞 (CD31+):CD31是一种细胞表面蛋白,主要在内皮细胞中表达,这些细胞主要构成血管和淋巴管的内层。
- 炎症性癌相关成纤维细胞 (COL1A1+/PDGFRA+):COL1A1和PDGFRA是两种基因,它们在炎症性癌相关成纤维细胞中有高表达,这些细胞在肿瘤微环境中起到促进肿瘤生长的作用。
- 肌动蛋白阳性癌相关成纤维细胞 (RGS5+):RGS5是一种基因,主要在肌动蛋白阳性癌相关成纤维细胞中表达,这些细胞在肿瘤微环境中起到促进肿瘤生长的作用。
- B细胞 (CD79A+):CD79A是一种细胞表面蛋白,主要在B细胞中表达,这些细胞是免疫系统的重要组成部分,负责产生抗体。
- 髓样细胞 (LYZ+):LYZ是一种基因,主要在髓样细胞中表达,这些细胞是白细胞的一种,参与免疫反应。
- T细胞 (CD3D+):CD3D是一种细胞表面蛋白,主要在T细胞中表达,这些细胞是免疫系统的重要组成部分,负责识别和杀死感染细胞和癌细胞。
- 肥大细胞 (TPSAB1+):TPSAB1是一种基因,主要在肥大细胞中表达,这些细胞在免疫反应和过敏反应中起重要作用。
对髓系细胞重聚鉴定出7种细胞类型: - 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs, MRC1+ c1 - high)
- CD1C+树突状细胞(CD1C+ dc, CD1C+ cle10a +)
- LAMP3+ DCs (LAMP3+CCR7+)。
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2023/10/3120/274671960_3_20231031080039226_wm.png) 发现单核细胞主要来源于正常粘膜组织,而TAM在膀胱癌组织中富集。 其它加分项文章对对单核细胞和TAMs进行了轨迹分析和RNA速度分析 ![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2023/10/3120/274671960_4_20231031080039493_wm.png) 该文章研究发现在膀胱癌微环境中鉴定了19种不同的细胞类型,表明肿瘤内的高度异质性。确定了膀胱尿路上皮癌中细胞亚群的表达谱,并证实了这些肿瘤相关亚群的特征。 文章中还发现肿瘤细胞下调MHC-II分子,表明癌细胞免疫原性下调可能有助于形成免疫抑制微环境。以及单核细胞在肿瘤区域发生M2极化并分化,LAMP3 + DC亚群可能能够募集调节性T细胞,可能参与免疫抑制性TME的形成。通过使用包含3000多个BC样本的公共数据集进行相关分析,确定了炎症性癌症相关成纤维细胞(iCAFs)在肿瘤进展中的作用,这与不良预后显著相关。
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