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基因敲低 vs 基因敲除,你知道多少?一文教你二者的区别以及常见的构建方法

 小波H 2023-11-13 发布于云南
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但凡做过基础实验的小伙伴们都知道,基因敲低(gene knockdown)和敲除(gene knockout)都是常用的基因功能研究方法,然而它们的实现方式和效果略有不同。下面小薇就跟大家科普下两种方式的区别和应用吧!

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概念及应用

基因敲低是指在细胞或生物体中通过RNA干扰(RNAi)等方法降低目标基因表达水平,使其功能受到抑制。RNAi通常通过合成人工转录后小干扰RNA(siRNA)或利用稳定的反义RNA(shRNA)介导靶向降解mRNA来实现。由于RNAi的效果通常是部分抑制目标基因的表达,因此被称为基因敲低。基因敲低可以帮助研究者探究特定基因的生物学功能、代谢途径等,是一种常用的基因功能研究方法。

基因敲除则是通过基因组编辑技术等手段,将目标基因的DNA序列从细胞或生物体中彻底删除或失活,阻断其转录和翻译过程,使目标基因完全失去功能,同时还可获得与基因敲低不同的表型。常见的基因敲除技术包括CRISPR/Cas9系统、转录激活样效应核酸酶(TALEN)技术、锌指核酸酶(Zinc finger nuclease)技术等。基因敲除技术通常能够取得更明显的表型,对于探究基因作用、疾病机制、药物靶点等方面具有更高的研究效度。

总之,基因敲低和敲除是两种常见的基因功能研究方法,前者主要通过RNAi等方法降低目标基因表达水平,后者则通过基因组编辑技术等手段将目标基因完全失活。掌握这些技术的优缺点及适用范围,将有助于更加准确的研究相关生物学问题。

基因敲低或敲除载体

基因敲低载体:

(1)siRNA载体:短小的干扰RNA序列,通过RNAi途径靶向RNA降解或保护mRNA免受翻译;

(2)shRNA载体:较长的干扰RNA序列,可以形成稳定的hairpin结构,通过RNAi途径实现靶向RNA降解或保护mRNA免受翻译,有效性比siRNA更高;

(3)CRISPRi载体:包含CRISPRi靶向序列和转录抑制子,通过抑制靶向基因的转录水平实现基因敲低效果。

基因敲除载体:

(1)CRISPR/Cas9载体:包含Cas9核酸酶和sgRNA靶向序列,通过精确定位靶向基因DNA序列并引入双链断裂点,从而实现靶向基因的突变和敲除;

(2)转录激活样效应核酸酶(TALENs)载体:与CRISPR/Cas9类似,包含特异性核酸酶和nuclease binding domain,通过切割靶向基因DNA序列实现敲除和编辑;

(3)锌指核酸酶(ZFNs)载体:包含具有特异性的锌指结构域和核酸酶,通过切割靶向基因DNA序列实现敲除和编辑。

需要注意的是,以上载体都具有其特定的优点和适用范围。在选择基因敲低载体和基因敲除载体时,需要根据实验需求、细胞类型、基因结构等因素进行综合考虑。

基因敲低或敲除载体的构建方法

基因敲低载体的构建方法

(1)设计目标基因的干扰序列,通常采用在线设计工具或经验公式来计算;

(2)合成干扰序列的DNA或RNA片段,克隆到转录载体中,生成siRNA或shRNA表达载体;

(3)将siRNA或shRNA表达载体转化至大肠杆菌中,进行筛选鉴定;

(4)提取筛选出的重组质粒,通过腺病毒、腺相关病毒等途径将其导入到目标细胞中。

基因敲除载体的构建方法: 

(1)设计基因敲除的靶点以及合成序列,选择CRISPR/Cas9等酶切工具对目标基因进行精确编辑,实现敲除;

(2)将编辑过的靶点序列插入到特定的载体中;

(3)转化编制好的敲除载体至大肠杆菌中,进行筛选鉴定,验证敲除效果;

(4)最终通过病毒载体、电穿孔等方法将敲除载体导入到目标细胞中。

需要的是,不同的基因敲低和敲除方法、载体类型、组织细胞类型等都会对构建流程产生影响。同时,在实际操作过程中,也要根据实验需求和经验进行不断优化,并结合各种技术手段进行验证,确保敲除或者敲低效率和精度的准确性。

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以上就是今天分享主要内容了,小伙伴们如果在基础实验中遇到任何问题,都可以私信小薇哦!

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