1、肠杆菌科细菌：两药是产ESBLs 肠杆菌科细菌治疗的主要药物，临床上可用于产ESBLs 肠杆菌科细菌所致的轻中度感染（包括尿路感染、肝脓肿、胆道感染、腹膜炎、HAP等）。在没有继发脓毒症时，可结合药敏结果选择其一。
2、鲍曼不动杆菌：两药对不动杆菌均有活性，但舒巴坦抗菌活性更强，临床上头孢哌酮舒巴坦可用于多重耐药、广泛耐药及全耐药不动杆菌细菌感染的治疗。治疗不动杆菌细菌感染时应使用足够剂量的舒巴坦，我国药典规定每天不超过4g，国外推荐对多重耐药株可加量至6-8g，甚至更高剂量[1]。
3、铜绿假单胞菌：两药对铜绿假单胞菌具有良好的抗菌活性，活性相当，对于非多重耐药铜绿假单胞菌感染可单用两药，对多重耐药铜绿假单胞菌感染或重症患者需联合氨基糖苷类或者氟喹诺酮抗生素。
4、嗜麦芽窄食单胞菌：哌拉西林他唑巴坦无活性，头孢哌酮舒巴坦有较强活性。病情较重患者常需联合治疗，通常以SMZ-TMP为基础联合β-内酰胺抑制剂复合制剂如头孢哌酮舒巴坦；亦可选用喹诺酮类或替加环素联合β-内酰胺抑制剂复合制剂[1]。
5、肠球菌：因肠球菌对β-内酰胺类抗生素耐药的主要机制不是产生β-内酰胺酶，酶抑制剂复合制剂抗菌活性与母体抗菌活性相当。哌拉西林他唑巴坦有活性，头孢哌酮舒巴坦则无活性。
6、厌氧菌：《国家抗微生物治疗指南》提出[2]，哌拉西林他唑巴坦对大部分厌氧菌有效，而头孢哌酮舒巴坦除了对产黑素普雷奥菌有效外，对其他的疗效均无资料，而说明书却提示其对脆弱拟杆菌等拟杆菌属、梭杆菌属、消化球菌、消化链球菌、梭状芽孢菌属、真杆菌、乳杆菌等是敏感的。
7、胆道感染：头孢哌酮舒巴坦：约84%的舒巴坦和25%的头孢哌酮经肾脏排泄，其余的头孢哌酮大部分经胆汁排泄[4]。因此，对于胆道感染，头孢哌酮舒巴坦更有优势。
