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01 Sangerbox：交互、友好的整合临床生信分析平台 Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform  Sangerbox (http://vip.)是基于网络的工具平台，用户可以在一个友好的交互页面中进行不同的分析。平台提供可交互的图形化分析工具，包括相关性分析工具，通路富集分析、WGCNA分析等常见的工具和功能。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.36 引用量：314 02 Majorbio Cloud：一站式多组学数据分析平台 Majorbio Cloud: A one-stop, comprehensive bioinformatic platform for multiomics analyses  Majorbio Cloud是一站式高通量组学研究平台（https:// cloud.majorbio.com/），包括云流程、云工具、云课堂3大功能模块。其中云流程涵盖了微生态、转录组、蛋白与代谢及基因组等多组学，通过强大、快捷的分析流程，助力用户自主完成数据分析和挖掘。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.12 引用量：214 03 ComplexHeatmap: 复杂热图可视化 Complex heatmap visualization  该研究系统性地介绍了 ComplexHeatmap 的现状，包括其模块化设计、丰富的功能和广泛的应用。作者还将文档重新编写为一本综合性书籍 (https://jokergoo./ComplexHeatmap-reference/book/)。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.43 引用量：196 04 imageGP: 高颜值高被引绘图网站 ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers  ImageGP (http://www./ImageGP/)可以在线生成常见的线图、柱状图、散点图、箱线图、集合图、热图和直方图等。用户只要粘贴进去数据矩阵，就可以快速出图。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.5 引用量：189 05 iNAP：针对微生物组学研究的集成网络分析平台 iNAP: An integrated network analysis pipeline for microbiome studies  该文章发表了一个可用于微生物组学研究、生成和分析生态网络的在线分析平台iNAP，提供多种网络分析方法和工具，可以帮助研究人员更好地了解微生物群落构建机制。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.13 引用量：108 06 干旱生态系统中土壤真菌与细菌群落构建的关系 Linking soil fungi to bacterial community assembly in arid ecosystems  本研究将跨生物群落的观测研究与微宇宙实验相结合，研究西北旱区复杂陆地生态系统中生物因素(如土壤真菌和跨界物种的相关关系)对土壤细菌生物地理和群落构建的影响。结果表明，土壤中真菌丰富度调节了细菌群落构建过程的平衡，随机过程随着真菌丰富度的增加而减少。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.2 引用量：63 07 MetOrigin：代谢物溯源推动肠道微生物和代谢整合分析 MetOrigin: Discriminating the origins of microbial metabolites for integrative analysis of the gut microbiome and metabolome 该文章开发了一个交互式分析软件MetOrigin，能够对代谢产物进行溯源分析。不仅可以快速识别微生物来源代谢物及其代谢功能，还有助于发现与其密切相关的关键微生物。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.10 引用量：58 08 ggClusterNet：包含多种基于模块可视化布局算法的微生物网络挖掘R包 ggClusterNet: An R package for microbiome network analysis and modularity-based multiple network layouts  该文章开发了名为ggClusterNet的R包，展示微生物网络模块化信息，用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘。目前，ggClusterNet在github（https://github.com/taowenmicro/ggClusterNet/），Gitee（https:///wentaomicro/ggClusterNet）上开放使用。完整的说明和示例在wiki页面可以阅读。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.32 引用量：58 09 解译恢复草地土壤微生物生活史策略及其影响因素 Deciphering factors driving soil microbial life-history strategies in restored grasslands  本研究构建了一个框架，以突出草地恢复过程中植物和土壤特性在驱动微生物生活史特征方面的重要性，表明微生物生活史特征支持rRNA操纵子拷贝数能够反映土壤微生物资源有效性这一观点。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.66 引用量：52 10 Ggtree：用于系统发育树及相关数据存储与可视化的数据结构 Ggtree: a serialized data object for visualization of a phylogenetic tree and annotation data  该文章设计了ggtree对象用于存储系统发育树，相关数据以及可视化指令，提高了系统发育数据的可重复性与可重用性。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.56 引用量：49 11 使用fastp进行超快的FASTQ数据预处理、质量控制和去重 Ultrafast one-pass FASTQ data preprocessing, quality control, and deduplication using fastp  本研究表明fastp已经得到了许多生物信息学用户的认可，并且一直在持续维护和更新，根据Google Scholar的数据，fastp论文目前已经被引7000多次。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.107 引用量：43 12 使用PhyloSuite进行分子系统发育及系统发育树的统计分析 Using PhyloSuite for molecular phylogeny and tree-based analyses 本文主要介绍并演示使用 PhyloSuite 进行分子系统发育树重建的所有步骤以及最新开发的11种基于树文件的统计分析功能，包括介绍每一个步骤的背景信息（what）、执行该步骤的原因（why）和具体操作流程（how）。旨在帮助初学者快速入门（多基因联合）系统发育分析，同时提升使用者的分析效率。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.87 引用量：33 13 土壤与根系微生物群落组装过程与共发生网络沿环境梯度的差异性响应机制 Differential microbial assembly processes and co-occurrence networks in the soil-root continuum along an environmental gradient 该研究表明微生物生态位依然是区域尺度上影响细菌多样性和群落组成的最重要因素，土壤-根系连续体中的细菌群落沿着环境梯度表现出不同的敏感性和组装机制，这受到了根系生态位与环境因子的共同影响。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.18 引用量：31 14 OmicStudio: 可组合的高品质生物信息学云平台 OmicStudio: A composable bioinformatics cloud platform with real-time feedback that can generate high-quality graphs for publicatio 本研究提供了一个基于云技术的生物信息学平台：OmicStudio。该云平台能够快速获取生信分析的图表结果，生成高质量的图表供发表，并自动与下游分析模块连接。此外，不受开发者审美的限制，用户可以自定义定制更优雅的图形。模块化设计，让用户在不同的应用场景下获得最舒适的体验。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.85 引用量：31 15 植物向微生物群“呼救”策略的遗传基础 Toward understanding the genetic bases underlying plants mediated 'cry for help’ to the microbiota 该文章系统地回顾了宿主主动重塑有益微生物组，从而增强生物和非生物胁迫耐受性的遗传基础，总结了确立微生物组变化与植物功能性状联系的实用研究手段。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.8 引用量：30 16 定制Circos图：使用TBtools，从数据准备到可视化 A painless way to customize Circos plot: From data preparation to visualization using TBtools 在该文章中，作者在TBtools中开发了“Advanced Circos”功能，提供构造Circos图的简单方法。“Advanced Circos”功能提供了一个用户友好界面，用于定制参数设置，并可用于可视化各种基因组水平数据，如基因组关联信息、比对数据、基因密度和QTL位置。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.35 引用量：29 17 易扩增子(EasyAmplicon)：微生物组研究中易用的扩增子分析流程 EasyAmplicon: An easy-to-use, open-source, reproducible, and community-based pipeline for amplicon data analysis in microbiome research 本研究提供了一个跨平台、开源和社区支持的分析流程——易扩增子（EasyAmplicon）。易扩增子包括30多个跨平台模块和该领域常用的R包。流程由文章作者和“宏基因组”公众号编辑团队维护和更新，定期发布最新的中英文教程，阅读用户的反馈，并在微信公众号和GitHub中为用户提供帮助。该流程可在GitHub（https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon） 和Gitee（https:///YongxinLiu/EasyAmplicon）上获得。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.83 引用量：25 18 DeepKla：基于注意力机制的蛋白质赖氨酸乳酸化位点预测工具 DeepKla: An attention mechanism-based deep neural network for protein lysine lactylation site prediction 该研究提出第一个用于识别蛋白质赖氨酸乳酸化位点的计算工具DeepKla，实验结果证明 DeepKla 具有出色的预测能力和鲁棒性。并搭建了一个在线服务器，基于所提出的模型建立了一个名为DeepKla 的在线服务。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.11 引用量：21 19 Parallel-Meta Suite：跨平台可交互的微生物组快速分析套件 Parallel-Meta Suite: Interactive and rapid microbiome data analysis on multiple platforms 本研究开发了Parallel-Meta Suite(PMS)，一个用于快速和全面的微生物组数据分析、可视化和注释的可交互软件套件。PMS采用了最先进的算法，涵盖序列微生物组数据物种与功能解析、统计分析、可视化等一系列流程，并具有友好的图形界面，可以满足各种用户的分析需求。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.1 引用量：20 20 hLchsp：毛螺菌科菌株资源库 Metabolite profiling of human-originated Lachnospiraceae at the strain level 本文构建了人源毛螺菌株资源库，包含148株来自33个属77个物种，对代表性毛螺菌科菌株进行体外挥发代谢谱表征，共检测到17类、242种在传统肠道代谢组学研究中鲜少关注的挥发性代谢产物。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.58 引用量：19 21 通过深度学习从物种组合中预测微生物组成 Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform 本文开发了一个深度学习框架来预测物种组合的群落组成，该框架不需要了解任何微生物动力学，各种数据的验证显示了准确的预测。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.3 引用量：18 22 真菌稳定高寒林线生态系统中的多界生物群 Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform 该文章发现了多界网络的构建提高了微生物组网络的复杂性和负连接比例，真菌的存在加固了多界网络拓扑结构的稳定性，在群落水平，真菌架起了连通地上和地下生物区系的桥梁。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.49 引用量：16 23 人体肺部微生物组 —— 微生物与人类健康和疾病之间的隐秘关联 The human lung microbiome—A hidden link between microbes and human health and diseases 该文章对肺部微生物组研究的原理与方法进行概述，回顾了现阶段已知的肺部微生物组在人类疾病中所扮演的角色，并分享了作者对未来研究的思路。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.33 引用量：15 24 泛癌分析揭示铜死亡调节子的临床和分子特征 Pan-cancer analyses reveal molecular and clinical characteristics of cuproptosis regulators 本研究开发了一个可以反映整体铜死亡水平的铜死亡活性评分模型，鉴定了各肿瘤类型中与铜死亡相关的miRNAs、lncRNAs以及转录因子，可为今后的铜死亡相关研究提供资源和参考。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.68 引用量：15 25 家庭中宠物犬与宠物犬主人耐药基因的共存研究 The co-occurrence of antibiotic resistance genes between dogs and their owners in families 该研究主要对宠物犬与宠物犬主人的亲密关系对他们的肠道菌群和耐药基因进行分析，研究家庭中宠物犬与其主人在抗生素耐药性方面的相关性。指出伴侣动物存在抗生素耐药性并威胁公共健康的风险，因此应警惕在伴侣动物中抗生素的使用。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.21 引用量：13 26 盐度胁迫下失稳的微生物生态网络：丰富与稀有物种在维持生态网络中的差异化表现 Destabilized microbial networks with distinct performances of abundant and rare biospheres in maintaining networks under increasing salinity stress 本研究通过深入挖掘环境胁迫下的微生物生态模式，强调了在环境压力不断增加的人类世下平衡对丰富物种和稀有物种的保护策略以维持生态系统功能和服务的重要性。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.79 引用量：13 27 TCM2COVID：抗COVID-19的中医药及其机制与疗效数据库 TCM2COVID: A resource of anti‐COVID‐19 traditional Chinese medicine with effects and mechanisms 该研究系统收集抗COVID-19中医药方、草药、天然产物数据，开发了TCM2COVID数据库，为收录、查询和浏览抗 COVID-19中医药治疗方案提供了一个友好且实用的平台，并将有助于阐明新的抗COVID-19中医药疗法的作用机制，助力抗击新冠疫情。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.42 引用量：12 28 IPGA: 原核微生物泛基因组与基因组分析平台 IPGA: A handy integrated prokaryotes genome and pan-genome analysis web service 本研究提供了一个可以对较大规模微生物基因组进行比较分析的平台IPGA，平台提供了基于基因组注释与泛基因组注释的包括进系统发育分析、基因组共线性分析和核心基因差异分析等后续分析在内的整合流程，并提供了免费、简单的页面操作环境。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.55 引用量：12 29 iMeta: 整合宏组学重新认识生命和环境科学 iMeta: Integrated meta-omics for biology and environments iMeta (ISSN: 2770-5986, eISSN:2770-596X) 是 2022 年与 Wiley 合作出版的开放获取期刊。该期刊旨在发表原创研究、可重复的方法或实验方案以及系统性综述，以促进宏基因组学和生物信息学的发展。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.15 引用量：11 30 口腔微生物组研究的取样策略 The sampling strategy of oral microbiome 该文章介绍了口腔微生物组研究中各部位的取样策略，包括取样、运输、处理和储存。本文所涉及的材料和设备都是临床实践或实验室中常用的。本文所述取样方法的可行性和可靠性已经过多项研究的验证。 原文链接： https://onlinelibrary./doi/10.1002/imt2.23 引用量：11 ►►► 更多推荐 （▼ 点击跳转） 高引文章 iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法 iMeta | 引用7000 ，海普洛斯陈实富发布新版fastp，更快更好地处理FASTQ数据 iMeta：刘永鑫/陈同-高颜值绘图网站imageGP 视频教程合集 1卷1期 1卷2期 1卷3期 1卷4期 2卷1期 2卷2期 2卷3期 2卷4期 期刊简介 “iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF > 15)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！ iMeta相关资讯 iMeta主页：http://www.ience 出版社：https://onlinelibrary./journal/2770596x |
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