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今天是第2826期日报。 该篇日报由R·AI辅助创作生成，人工审核校对。 - 王良静+陈淑洁Cell：肠菌代谢物调节T细胞干性，增强癌症免疫治疗
- Science：非抗生素药物的独特抗菌机制，及其与抗生素耐药的关系
- Siolta Therapeutics获得1200万美元C轮融资
王良静+陈淑洁Cell：肠菌代谢物调节T细胞干性，增强癌症免疫治疗Cell[IF:64.5] ① 浙江大学王良静、陈淑洁与团队发表最新研究，揭示了肠菌代谢产物通过调节T细胞干性来增强癌症免疫治疗的机制，为基于微生物的辅助治疗方法提供了新证据；② 小鼠中，肠道菌群中的约氏乳杆菌丰度与抗PD-1免疫检查点阻断治疗应答正相关；③ 补充约氏乳杆菌或色氨酸衍生代谢产物吲哚-3-丙酸（IPA），可增强CD8+ T细胞介导的抗PD-1疗效；④ IPA通过增加Tcf7基因超级增强子上的H3K27乙酰化修饰，调节CD8+ T细胞干性，增加肿瘤内的前体耗竭CD8+ T细胞（Tpex，响应抗PD-1治疗的重要T细胞亚群）并促进其分化为效应T细胞；⑤ 约氏乳杆菌与生孢梭菌共同生成IPA，前者生成吲哚-3-乳酸，再被后者转化为IPA；⑥ 在小鼠和患者衍生类器官模型中，IPA在包括黑色素瘤、乳腺癌和结直肠癌在内的泛癌症层面上，改善了抗PD-1治疗的反应性。 Microbial metabolite enhances immunotherapy efficacy by modulating T cell stemness in pan-cancer
03-14 , doi: 10.1016/j.cell.2024.02.022 Science：降解纤维素的人类肠菌Science[IF:56.9] ① 肠道菌群可以消化纤维素（植物纤维的主要成分），但目前对分解纤维素的人类肠菌所知有限，这项研究对此进行了深入探索；② 鉴定出3种瘤胃球菌属的降解纤维素的人类肠菌，R. primaciens（Rp）、R. hominiciens（Rh）、R. ruminiciens（Rr），都含有功能性的、能降解结晶纤维素的多酶纤维素体系统；③ 这些菌在类人猿和其他非人灵长类动物（NHP）、古人类、狩猎采集者和农村人群中广泛存在，但在工业化人群中很少见，且有不同的宿主偏好，其中Rh主要与人类和类人猿相关，Rp主要与NHP和古人类相关，Rr比较罕见；④ 系统发育分析显示，人类的Rp和Rr可能分别源自NHP和反刍动物，或许是处于过渡适应阶段的菌株，而Rh可能来自反刍动物肠道，在动物被驯化的过程中转移给人类并持续演化出多个菌株；⑤ 这些菌通过从其他肠道微生物获取基因来适应宿主肠道和饮食，人类相关菌株能降解人类饮食中的主要植物纤维，而NHP相关菌株则显示出降解昆虫外骨骼中几丁质的潜力。 Cryptic diversity of cellulose-degrading gut bacteria in industrialized humans
03-15 , doi: 10.1126/science.adj9223 Science：非抗生素药物的独特抗菌机制，及其与抗生素耐药的关系Science[IF:56.9] ① 许多非抗生素药物具有很强的抗菌活性，可对人体微生物组产生不利影响，但其毒性机理很大程度上仍然未知；② 该研究对大肠杆菌基因敲除突变体进行高通量筛选，研究了186种药物的抗菌活性，分析了200万个基因-药物相互作用，揭示药物特异性毒性的机制；③ 非抗生素药物的抗菌机制与常规抗生素有很大不同，网络分析显示，抗生素按其已知类别的作用模式聚集成模块，而大多数非抗生素不与这些模块相连，半数非抗生素聚集成独立模块，揭示了潜在的新抗菌靶点，如细菌翻译起始因子IF2；④ 细菌的外排系统对抗生素和非抗生素都有影响，敲除相关基因可增加细菌对大多数药物的敏感性；⑤ 对3种非抗生素药物的实验室演化实验表明，细菌对非抗生素演化出的耐药性（如改变药物外排）可最终导致广泛的抗生素交叉耐药性。 Antibacterial activity of nonantibiotics is orthogonal to standard antibiotics
03-14 , doi: 10.1126/science.adk7368 Science呼吁：微生物组检测行业需要更多监管Science[IF:56.9] ① 本文对直接面向消费者（DTC）的微生物组检测服务产业现状进行了深入分析，指出目前存在的不足，并提出一系列监管建议；② DTC微生物组检测服务在全球范围内兴起，提供服务的公司通常采用类似DTC基因检测公司的商业模式，宣称能检测消费者微生物组的“失调”状态，并据此提出健康建议；③ 然而，这些DTC微生物组检测在分析有效性方面存在严重不足，导致结果的不一致性，而且基于测试结果推荐的饮食和补充剂调整建议也大多缺乏临床证据；④ 监管机构应制定规范和标准，要求这些公司证明其检测方法和宣称的一致性和有效性，并明确这类检测的监管类型（医疗器械或保健产品），以保护消费者免受可能的财务和健康风险。 The DTC microbiome testing industry needs more regulation
03-14 , doi: 10.1126/science.adk4271 Lancet子刊：临床试验揭示抗生素对肠道菌群的影响Lancet Microbe[IF:38.2] ① 碳青霉烯类药物可以用于治疗多重耐药感染，但通常通过静脉注射而非口服，Lancet Microbe发表的这篇文章对其口服效果进行了研究；② 研究比较了口服一种新型碳青霉烯类抗生素tebipenem pivoxil hydrobromide和一种广泛使用的β-内酰胺-β-内酰胺酶抑制剂组合amoxicillin–clavulanic acid对瑞典健康成人肠道菌群的影响；③ 两组药物对肠道菌群影响类似，均显著降低了菌群的丰富度和均匀度。特别是tebipenem pivoxil hydrobromide组造成Enterobacterales、Enterococcus spp、Bifidobacterium spp和Bacteroides spp的显著减少；④ 与基线相比，两组的β多样性没有显著变化，表明两种抗生素都不具有长期的破坏效应。 Effect of tebipenem pivoxil hydrobromide on the normal gut microbiota of a healthy adult population in Sweden: a randomised controlled trial
02-29 , doi: 10.1016/S2666-5247(23)00360-9 β-内酰胺类抗生素暴露后肠道菌群的扰动和恢复Microbiome[IF:15.5] ① 本研究通过对健康志愿者使用β-内酰胺类抗生素3天并观察其90天内的肠道菌群扰动与恢复情况，发现内源性产β-内酰胺酶菌在保护肠道菌群功能中发挥重要作用；② 肠道中抗生素被大量降解，静脉注射β-内酰胺可显著干扰细菌和噬菌体菌群及代谢组组成，但基本不影响真菌菌群；③ 监测期结束时，大部分肠道系统组成部分恢复至初始状态，尽管细菌菌群结构发生变化，不同组成部分随时间的动态变化很少相关；④ 抗生素抗性基因的丰富度在30天内显著降低，而β-内酰胺酶编码基因的相对丰度在10天内显著增加，与此同时，肠道菌群的β-内酰胺酶活性也相应增加；⑤ 基线时肠道菌群的β-内酰胺酶活性与代谢组成分的恢复力呈正相关。 Perturbation and resilience of the gut microbiome up to 3 months after β-lactams exposure in healthy volunteers suggest an important role of microbial β-lactamases
03-12 , doi: 10.1186/s40168-023-01746-0 抗生素耗竭肠道菌群，减缓急性肾损伤向慢性肾病转变Kidney International[IF:19.6] ① 本研究揭示了抗生素诱导的肠道菌群耗竭通过抑制NADPH氧化酶2（NOX2）和三甲胺-N-氧化物（TMAO）减缓急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变；② AKI患者血浆中TMAO水平的升高与AKI转变为CKD的风险显著增加相关；③ AKI转变为CKD的小鼠模型中，抗生素诱导的肠道菌群耗竭抑制单侧缺血再灌注损伤引起的TMAO增加，减少细胞凋亡、炎症和纤维化，而抑制NOX2可改善病情并伴随氧化应激的减少，但不影响TMAO水平；④ 在体外，TMAO诱导NOX2激活和氧化应激导致的纤维化，而抑制NOX2可减轻细胞凋亡、炎症和纤维化。 Antibiotic-induced intestinal microbiota depletion can attenuate the acute kidney injury to chronic kidney disease transition via NADPH oxidase 2 and trimethylamine-N-oxide inhibition
02-29 , doi: 10.1016/j.kint.2024.01.040 曾芳芳/陈裕明/郑钜圣：肠道菌群及其代谢物与非酒精性脂肪肝病的关系BMC Medicine[IF:9.3] ① 暨南大学曾芳芳、中山大学陈裕明、西湖大学郑钜圣与团队，通过机器学习模型分析了广州中老年社区居民非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与肠道菌群及其代谢物的关系，揭示了肠道菌群组成变化与NAFLD发展的生物学相关性；② 使用性能最优的lightGBM算法从12种与NAFLD相关的肠道菌群特征中构建了个体微生物风险评分（MRS），发现MRS的增加与NAFLD的风险呈正相关，MRS每增加1个单位，优势比为1.86；③ 粪便菌群韦荣氏菌科丰度升高与NAFLD风险增加相关，而理研菌科、巴恩斯氏菌科和青春双歧杆菌的丰度降低与NAFLD风险减少相关；④ 较高水平的特定肠道菌群衍生的胆汁酸代谢物（牛磺胆酸）可能与较高的MRS和NAFLD风险呈正相关，高MRS与NAFLD发展之间存在因果关系。 Gut microbiome features and metabolites in non-alcoholic fatty liver disease among community-dwelling middle-aged and older adults
03-07 , doi: 10.1186/s12916-024-03317-y 揭示全球肠球菌多样性：发现18个新菌种PNAS[IF:11.1] ① 肠球菌是陆生动物肠道中最常见的微生物之一。目前已知60多个菌种，其中Enterococcus faecalis粪肠球菌和E. faecium屎肠球菌可引起多重耐药感染；② 为了厘清肠球菌种与宿主关联的特征，PNAS发表的研究性论文从不同的动物、生态和地理位置收集了886株肠球菌菌株，发现了18个以前未知的菌种，将该属的多样性扩展了超过25%；③ 这些新发现的种类具有多样的基因，包括毒素、解毒系统和资源获取系统，揭示了肠球菌种类的适应性和多样性；④ 其中粪肠球菌和屎肠球菌属于通才型细菌，其它菌株与宿主多为专一关联性；⑤ 该研究以前所未有的分辨率探究肠球菌属的系统发育，识别出区分其四个深层支系的特征，并将与范围扩展相关的基因（如B族维生素合成和鞭毛运动）映射到系统发育中。 Global diversity of enterococci and description of 18 previously unknown species
02-28 , doi: 10.1073/pnas.2310852121 人类肠道微生物组中细菌重组动态过程PLoS Biology[IF:9.8] ① 本研究通过揭示人类肠道微生物组中细菌重组的动态过程，表明自然选择会促进遗传变异在不同菌株背景中的传播，对肠道微生物群落的适应性产生重要影响；② 通过分析29种人类肠道细菌的核心基因组中的近期重组事件，发现在转移片段的速率和长度上存在广泛的异质性；③ 这些异质性很难通过现有的生态隔离或同源性依赖的重组率模型来解释；④ 自然选择在个体宿主内部及更广泛的人群中有助于促进遗传变异在菌株背景中的传播。 Dynamics of bacterial recombination in the human gut microbiome
02-08 , doi: 10.1371/journal.pbio.3002472 Siolta Therapeutics获得1200万美元C轮融资① 近日，Siolta Therapeutics公司宣布完成了1200万美元（约合人民8631万元）的C轮融资，SymBiosis和Khosla Ventures共同完成领投；② 融资将支持其活菌药在研管线STMC-103H的2期临床开发；③ 在研管线STMC-103H是一种配方菌类型的活菌药，旨在用于治疗多种过敏性疾病，包括特异性皮炎、哮喘和食物过敏等；④ 此外，Siolta Therapeutics公司近期还获得了美国国立卫生研究院的资助，用于推进其STMC-106治疗坏死性小肠结肠炎的临床前项目开发。 Siolta Therapeutics Raises $12 Million in Series C Financing for Clinical Development
03-12 , businesswire 婴幼儿辅食品牌Serenity Kids完成5200万美元融资① 近日，婴幼儿辅食品牌Serenity Kids宣布完成5200万美元（约合人民币3.73亿元）融资；② 本轮融资由Stride Consumer Partners独家投资；③ 融资资金将用于推动该品牌在人才、运营和技术等多个方面的进步；④ Serenity Kids成立于2018年，致力于研发低糖且含有均衡营养素的婴幼儿食品，旨在为婴幼儿提供成分优质且营养丰富的健康选择。 婴幼儿辅食品牌Serenity Kids完成5200万美元融资
03-13 , foodaily 克罗恩病和溃疡性结肠炎基金会资助三家IBD药物开发公司① 近日，美国克罗恩与结肠炎基金会宣布投资三家生物技术公司，以加速针对炎症性肠病（IBD）新型疗法的开发；② 这三家公司分别为Seres Therapeutics、Allonix Therapeutics和Exeliom Biosciences；③ Seres Therapeutics公司计划利用该笔资金推进活菌药SER-301治疗溃疡性结肠炎的2期临床试验；④ Allonix Therapeutics公司在研的口服药能够加快IBD患者结肠粘膜愈合，其计划利用该笔资金报批临床；⑤ Exeliom Biosciences公司正在开发EXL01活菌药产品，计划利用该笔资金开展EXL01的首个临床研究。 Crohn’s and Colitis Foundation Invests in Three Companies Developing Investigational Therapies for IBD
03-13 , managed healthcare executive 人造脂肪公司「Cultivated Biosciences」获500万美元融资① 近日，瑞士初创公司Cultivated Biosciences完成500万美元（约合人民币3596万元）的种子轮融资，Navus Ventures领衔了此次投资，其总融资额达到650万美元；② Cultivated Biosciences公司利用发酵技术从含油酵母中开发脂肪成分，用于改善非乳制品的口感和质感；③ Cultivated Biosciences公司的酵母发酵脂肪质地和颜色类似奶油，已在咖啡奶精、牛奶和冰淇淋等产品中得到了验证；④ Cultivated Biosciences公司计划今年向FDA和欧洲食品安全局提交监管批准文件，以实现明年在美国和欧洲推出产品。 融资500万美元，瑞士初创利用酵母生产脂肪成分等，已在多款产品中验证应用
03-07 , 生辉SynBio Fractyl Health更新减重减糖疗法RJVA-001临床前积极结果① 3月12日，Fractyl Health公司对外更新了RJVA-001在糖尿病和肥胖db/db小鼠模型中的最新研究结果；② RJVA-001在单次给药后四周内，能使小鼠血糖降低高达50%，体重减轻11%，而司美格鲁肽组血糖降低32%，体重减轻2%，RJVA-001减重降糖效果优于司美格鲁肽；③ RJVA-001是一款采用腺病毒递送的胰腺基因靶向疗法，携带GLP-1表达基因，旨在恢复胰腺功能；④ Fractyl Health公司计划在2024年完成RJVA-001的毒理研究，并于2025年上半年开启首个临床研究。 UPDATE -- Fractyl Health Announces New Results From Its Rejuva® Platform Demonstrating Potent and Durable Effects of a Single Dose of a Human GLP-1 Pancreatic Gene Therapy Transgene Compared to Semaglutide in the db/db Mouse Model of Diabetes and Obesity
03-13 , globenewswire 感谢本期日报的审核者：mildbreeze，好雨，圆圈儿，RZN，九卿臣，Richard，lxx
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