摘要:好像说了些什么,又好想没说啥 小鼠结核性脑膜炎模型及单细胞转录组测序TBM:结核性脑膜炎 TBM组:肺结核减毒活疫苗注射到大脑 Control组:PBS注射到大脑 测序组织:whole-brain tissue 结核感染激活免疫反应
ependymal cells 、macrophages、microglia 差异基因最多,与macrophages 、microglia 在神经神经炎症的功能一致。
不区分细胞类型,类似pseudoBulk 看TBM与Control间的差异基因,有许多免疫基因,免疫因子上升,说明TBM整体免疫激活。
chemokines and receptors在choroid plexus epithelia cells、microglia中差异表达
外部GEO数据,验证大部分单细胞中差异的免疫基因在TBM组上升 macrophages 、microglia中Stat1、IRF1升高介导免疫反应因为macrophages 、microglia 在神经神经炎症中有重要作用所以研究他们。
先对比两种细胞的差异基因数量,交集差异基因数量 对比两种细胞差异基因富集通路数量差异
macrophages、microglia细胞转录因子与差异基因取交集,得到Stat1、IRF1两个共有的差异转录因子,而且这两个转录因子共有的靶基因参与免疫反应。 代谢异常GSEA和GSVA富集代谢基因集,发现TBM组中大部分细胞类型代谢下降,尤其是神经细胞中氧化磷酸化水平被抑制。 神经细胞特异的差异基因富集到代谢改变的通路印证了以上结果。 SCENIC转录因子分析得到7个转录因子,2个网络,第一个网络包括免疫反应基因,第二个网络包括氧化磷酸化相关神经退行性变相关基因。 室管膜细胞ependymal cells:室管膜细胞属于纤毛上皮神经胶质细胞ciliated-epithelial glial cells,功能包括维持脑脊液稳态、大脑代谢、细胞运输、炎症反应、金属离子调节。
ependymal cells中TBM与对照组间大脑代谢、细胞运输、炎症反应、金属离子调节等功能相关基因表达差异。 ependymal cells中TBM 与对照差异基因富集到金属离子调节、细胞运输 等通路
SCENIC转录因子分析,构建了蛋白运输、金属离子调节两个网络 |
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