| 共 162 篇文章 |
|
宏基因组｜使用QUAST对组装结果评价。QUAST旨在为基因组学研究人员提供一个标准化、全面的方法来评估基因组组装的质量，特别是在完成新的基因组组装后，QUAST被广泛用于比较不同组装软件、不同组装参数或不同测序数据源生成的基因组组装结果。基因组完整性评估： QUAST可以通过与已知参考基因组进行比对，评估组装的完整性，包括计算基因组覆盖... 阅1 转0 评0 公众公开 24-05-16 11:15 |
groupSize <- as.numeric(table(cellchat@idents))par(mfrow = c(1,2), xpd=TRUE)netVisual_circle(cellchat@net$count, vertex.weight = rowSums(cellchat@net$count), weight.scale = T, label.edge= F, title.name = "Number of interactions")netVisual_circle(cellchat@net$weight, vertex.weight = rowSums(cellchat@net$we... 阅16 转0 评0 公众公开 24-04-28 08:57 |
宏基因组｜使用MEGAHIT组装简介。常规单基因组组装：尽管侧重于宏基因组，MEGAHIT 同样适用于常规单基因组组装任务，无论是小型基因组还是哺乳动物大小的大型基因组。https://www.metagenomics.wiki/tools/assembly/megahithttps://github.com/voutcn/megahithttps://github.com/voutcn/megahit/wikihttps://github.com/voutcn/megahit/wiki/As... 阅10 转0 评0 公众公开 24-04-27 09:09 |
宏基因组｜使用CheckM2评估分箱质量简介。CheckM2使用机器学习快速评估基因组bin质量。与CheckM1不同，CheckM2采用通用训练的机器学习模型，无论分类学谱系如何，均可用于预测基因组bin的完整性和污染情况。checkm2 predict \ --threads 16 \ --input ./Bin/ \ --output-directory ./Bin_quality/ \ --database_path ./checkm2/uni... 阅19 转0 评0 公众公开 24-04-22 19:15 |
100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE166193-GPL16686平台（013）写在前边。虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此... 阅6 转0 评0 公众公开 24-04-06 16:48 |
100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE23317（012）写在前边。虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个... 阅12 转0 评0 公众公开 24-04-04 18:12 |
ependymal cells 、macrophages、microglia 差异基因最多，与macrophages 、microglia 在神经神经炎症的功能一致。不区分细胞类型，类似pseudoBulk 看TBM与Control间的差异基因，有许多免疫基因，免疫因子上升，说明TBM整体免疫激活。先对比两种细胞的差异基因数量，交集差异基因数量。macrophages、microglia细胞转录因子与差异基因取交集，得... 阅5 转0 评0 公众公开 24-03-21 16:21 |
可以看到parse_use_gpu_arg函数在/Users/victor/miniforge3/envs/cell2loc_env/lib/python3.9/site-packages/scvi/model/_utils.py文件中是没有定义的，报错的原因是cell2location想要import scvi-tools包中的parse_use_gpu_arg函数，而parse_use_gpu_arg函数没有定义。 阅6 转0 评0 公众公开 24-03-18 08:42 |
构建10X单细胞转录组索引时报错Property has invalid whitespace character in GTF.这个报错说明，gtf文件是有问题的，10X官网推荐的是ensemble的gtf文件，但是客户指定用他提供的gtf文件，所以需要对gtf文件进行一些处理，使之符合10X的要求。针对此gtf文件，可以采取以下处理，gtf文件第8列只保留gene_id, transcript_ids, gene_name三个信... 阅5 转0 评0 公众公开 24-02-27 10:27 |
100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE26899（008）写在前边。common_samples <- base::intersect(colnames(fdata),pdata$Sample)fdata %<>% select(all_of(c("GeneID",common_samples)))fwrite(fdata, file = stringr::str_glue("{geo_accession}_{gpl}_fdata.csv.gz"))pdata %<>% dplyr::filter(Sam... 阅4 转0 评0 公众公开 24-01-25 10:00 |
