KS科研分享与服务有用的原创函数合集

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一些有用的可视化函数

原创函数放在：打包代码—原创函数合集文件夹！

我们在做可视化或者分析的时候，一直想在个性化的基础上简化这个流程，虽然基本的流程大家基本都可以在网上找到，但是做起来可能比较麻烦，所以，我们有很多内容都是致力于出一个简化的函数，让这个过程不那么繁琐！函数的使用我们B站“KS科研分享与服务”有视频解说！这里我们列举部分！

1、单细胞比例函数：统计细胞比例、统计学检验以及可视化！

【点我跳转】nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数

2、堆叠小提琴函数、可做两组间基因显著性分析！

【点我跳转】ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数）

3、注释气泡图函数：可视化单细胞marker基因，bulk热图、以及富集分析结果展示！

【点我跳转】nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）

4、GSEA结果展示函数：可进行GSEA分析及可视化！

【点我跳转】复现Nature图表：GSEA分析及可视化包装函数

5、这个图片相信大家不陌生了，可视化celltype差异基因，很好的展示方式，我们包装为一个函数，可以省略繁琐过程，一键出图！

【点我跳转】单细胞转录组多组差异基因分析及可视化函数有（更新）

6、展示差异基因数目函数

【点我跳转】(原创函数：一键出图)单细胞多组差异基因展示及基因标注函数

【点我跳转】BUG更新：单细胞多组差异基因展示及基因标注函数(视频教程)

7、scRNA(基于seurat)和scATAC(基于ArchR)marker基因可视化合体函数！

【点我跳转】单细胞scRNA/scATAC之marker基因个性化展示气泡图函数（视频教程）

8、scRNA(基于seurat)和scATAC(基于ArchR)celltype比例展示函数！

【点我跳转】单细胞scRNA-scATAC细胞比例堆叠注释柱状图函数

9、可视化marker基因的通用函数！

【点我跳转】marker基因注释热图可视化函数（视频教程-通用函数）

10、单细胞SCENIC个性化分析-CSI及可视化，我们将计算和可视化都打包为一体函数，方便使用！

【点我跳转】（视频教程-打破壁垒）单细胞SCENIC个性化分析之regulon module分析（CSI计算及可视化）

【点我跳转】更新-SCENIC转录因子CSI计算及Module分析及可视化函数

11、单细胞通讯可视化函数！

【点我跳转】弦图展示单细胞互作数目及受配体对(原创函数视频教程）

12、单细胞降维UMAP/TSNE可视化函数！

【点我跳转】单细胞scRNA-scATAC降维聚类图修饰函数

13、满足ggplot2做热图的函数！

【点我跳转】ggplot绘制聚类、注释热图函数

14、适用于常见细胞通讯分析cellchat/cellphonedb工具的结果可视化！

【点我跳转】细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞互作网络图函数（视频教程）

15、这是改编函数，总之简化了流程，一键个性化可视化cellchat结果！

【点我跳转】基于cellchat互作分析：弦图展示细胞互作受配体对结果（一键函数）

16、Bulk RNA多组差异基因分析简化函数，可进行多组分析，也提供了常见的DEseq2、edgR、limma等方法供选择！

【点我跳转】Bulk RNA(普通转录组)多组差异基因分析函数（视频教程）

大概就是如此了，我们也会继续努力，提供更多有用的简化函数，方便分析及可视化，当然了，这里也并不是我们的全部，有些分析中，我们也会增加一些函数，简化您的分析，让你更加省时省力，在分析代码中注意即可，只不过这里不足以展示......

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