乳腺癌筛选t细胞接近百分百首先看2018的cell杂志的文章:《Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment》 有两个流式细胞筛选操作,所以有两个单细胞转录组数据集:
其中10x技术的单细胞转录组是专门针对t细胞的,数据集是:https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE114724
下载页面的表达量矩阵后进行降维聚类分群可以看到基本上就全部都是t细胞本身,没有其它混杂。 乳腺癌是发生在乳腺组织的恶性肿瘤,它是全球女性中最常见的癌症之一。乳腺癌的发展涉及乳腺细胞的基因突变和癌变,这些癌变的细胞可以不受控制地增殖,形成肿瘤。乳腺癌的类型多种多样,主要根据肿瘤细胞的形态和它们产生的特定蛋白质来分类。一些常见的乳腺癌类型包括:
乳腺癌的肿瘤微环境(Tumor Microenvironment, TME)是指肿瘤细胞周围的环境,它对肿瘤的生长、侵袭和转移具有重要影响。肿瘤微环境包括:
乳腺癌的肿瘤微环境在癌症的进展中扮演着复杂的角色。它不仅可以支持肿瘤细胞的生长,还可以通过促进血管生成、免疫逃逸和细胞外基质重塑来帮助肿瘤的侵袭和转移。了解肿瘤微环境的组成和功能对于开发新的治疗策略至关重要。 SLE病人筛选b细胞接近90%是2020的文章:《CD52 Is Elevated on B cells of SLE Patients and Regulates B Cell Function》,配套数据集是:GSE163121,实验设计很简单的,就是 Single-cell RNA sequencing of HC (n=2) and SLE (n=3), 但是我看了看文章里面并没有提到是如何人为的筛选b细胞的,两分组就是简简单单的差异分析就好了:
我们可以下载它的表达量矩阵走下游单细胞转录组的降维聚类分群哈,如下所示: 可以看到,里面的b细胞其实是占比超过了90%。 系统性红斑狼疮(Systemic Lupus Erythematosus,简称SLE)是一种慢性自身免疫性疾病,其特点是体内产生多种自身抗体,导致多系统、多器官的炎症性损伤。SLE的病因复杂,涉及遗传、环境、激素和免疫因素。临床表现多样,包括关节炎、皮疹(尤其是面部蝶形红斑)、肾炎、血液系统异常、浆膜炎、神经系统症状等。SLE好发于育龄期女性,且在不同种族和地区之间存在发病率和临床表现的差异。近年来,单细胞测序技术(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)在SLE研究中取得了重要进展。这项技术能够揭示SLE患者体内细胞的异质性,识别特定细胞亚群的分子特征,从而为理解SLE的复杂病理过程提供了新的视角。以下是一些关于SLE病人的单细胞研究的关键发现:
综上所述,单细胞测序技术在SLE研究中的应用前景广阔,它不仅增进了我们对SLE病理机制的理解,还为临床诊断、治疗和新药开发提供了重要信息。随着技术的不断进步和应用的深入,未来有望为SLE患者提供更精准的诊断和个性化治疗方案。 胃癌病人筛选treg细胞不到70%是2021的文章:《The effects of TNF-α/TNFR2 in regulatory T cells on the microenvironment and progression of gastric cancer》,对应的数据集是GSE172131,关键的流式细胞筛选标准是:CD4 CD25highCD127 Tregs were sorted by FACS (BD FACS Aria III). 我们可以下载它的表达量矩阵走下游单细胞转录组的降维聚类分群哈,如下所示: 统计里面的不同单细胞亚群的数量,可以看到筛选treg细胞不到70%。 胃癌(Gastric Cancer)是发生在胃部的恶性肿瘤,它是全球最常见的癌症之一。胃癌的发展通常涉及胃部细胞的基因突变和癌变,这些癌变的细胞可以不受控制地增殖,形成肿瘤。胃癌的病因可能包括多种因素,如:
SLE病人筛选b细胞不到50%是2022的文章:《IL-4-Induced Quiescence of Resting Naive B Cells Is Disrupted in Systemic Lupus Erythematosus》,也是写的很清楚做了b细胞的流式细胞筛选哦,数据集是GSE136035,如下所示: 但是如果你下载它的表达量矩阵走下游单细胞转录组的降维聚类分群哈,如下所示: 可以看到里面仍然是有大量的其它单细胞亚群,这个比例的分布情况给人的感觉就是普普通通的pbmc了,并没有经过任何的流式细胞筛选操作,或者筛选失败了。 是否可能更低呢虽然我做了两千多个单细胞转录组项目,里面确实是很多研究都选择了流式细胞进行明白单细胞亚群的纯化,但是我还没有看到过筛选到目标单细胞亚群占比低于50%的。可能是因为如果真的是低于50%, 可以干脆说没有经过流式细胞操作吧。流式细胞术(Flow Cytometry)是一种用于检测和测量细胞特性的技术,它能够对单细胞进行快速、高精度的分析和分类。在使用流式细胞术筛选目标单细胞亚群时,可能会得到不同的纯度结果,这可能由以下几个因素导致:
为了提高流式细胞术筛选目标单细胞亚群的纯度,需要仔细控制实验条件,使用高质量的试剂和抗体,以及进行精确的仪器校准和数据分析。 |
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