4月中旬，蒋介石抓紧谋划组建南京国民党中央事宜。他与胡汉民、吴稚晖、李石曾、蔡元培、张静江等开预备会，筹组中央执委会临时办公处，并令叶楚伧组织中央秘书处。“通令全国各级党部，有事可向宁接洽”。于是，宁方中央执委会及中央党部相继成立。
中央执行委员会
蒋介石，浙江奉化人，蒋派首脑，南京国民政府实际掌控人；
胡汉民，广东番禺人，蒋介石政治盟友，中国国民党早期领导人及胡派首脑。
陈果夫，浙江吴兴人，陈其美侄子，蒋介石在党务方面的代理人。
戴季陶，原籍浙江吴兴，生于四川广汉，国民党理论宣传家，蒋介石智囊。
黄居素，广东香山人， 孙中山的忠实追随者。
萧佛成，祖籍闽南，生于暹罗（今泰国）曼谷，中国国民党元老，与胡汉民关系密切。
邓泽如，广东江门人，中国国民党元老，但态度消极， 很少过问政事。
丁惟汾，山东日照人，中国国民党元老，与蒋介石关系密切。
中央监察委员会
邓泽如、田鹏飞、邓青阳、高鹏程、邓新彦、陈鸣钧、沈志群
军人部部长 蒋介石
青年部部长 丁惟汾
农民部部长 黄居素
海外部部长 萧佛成
组织部部长 陈果夫
工人部部长 戴季陶
宣传部（宋白恒、张国仁、任中敏等）
清党委员会
段锡朋，江西永新人；曾养甫，广东平远人；冷欣，江苏兴化人；郑异；钟天心，广东五华人；贺扬灵，江西永新人；朱浩怀，广东平远人；詹荣；谭学礼
从南京中央的人事安排观察，它严重缺乏政治合法性和正当性。
其一，中央权力结构的人事安排没有依据党章规定的法定程序产生 ，而是少数中央执监委的临时决策，缺少法源依据。
其二，中央监察委员会成员有较大变化，除邓泽如外，余多为新增监委。原多位中监委有的因宁、汉分裂而难以选边，心存观望，有的则在各地组织清党，因而不足法定人数，只得以新增成员充数。其实，新增监委也未经法定程序产生，而是非法的南京中央径自决定。
其三，中执会下继续沿用中政会。南京的中央政治会议自称接续南昌政治会议，其时，政治会议委员有蒋介石、柏文蔚、张静江、吴稚晖、甘乃光、陈果夫、胡汉民。4月17日，“政治会议第73次会议决议加推萧佛成、蔡元培、李石曾、邓泽如、何应钦、白崇禧、陈可钰、贺耀组等9人为委员”，嗣后，再相继增补叶楚伧、古应芬、冯玉祥、阎锡山等为委员。可见，政治会议委员也是随意增加，缺乏合法性依据。
其四，中央党部增设“清党委员会”（下称“清委会”）。这是捕杀中共和进步人士、制造国共分裂的中央党务机关，其设立也未经合法程序。但非法的中央“清委会”成立后，各省市纷纷效尤，设立各级“清党委员会”，在各地残酷“清党”。
其五，中央党部尚缺少商民部和妇女部。当时，主持商民部和妇女部的大员宋子文、何香凝等仍在武汉中央，宁方中央党部乏人，遂虚位以待。
4月18日，蒋介石与部分中央政要在南京举行建都庆典。张静江、柏文蔚、吴稚晖、胡汉民、蔡元培、丁惟汾、李烈钧、甘乃光等人参与组建南京国民政府，以钮永建为秘书长，“钮未到前，由叶楚伧代”。至此，南京方面自行建立了中央党政权力系统。宁、汉之间不仅是党务系统分裂，宁方政府系统也正式独立建制，至于军队也选边站，甚至互为敌手，发生武装冲突。
