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JNJ-3989 是一种 siRNA，由针对 HBsAg 和 HBx 蛋白开放阅读框的 2 个触发器组成。在当前未接受治疗（ NCT）的 REEF-1 患者中，分别有 10% 和 2.4% 的患者存在与 S- 和 X 触发器 2-18 位互补的靶区基线（BL）多态性，这些多态性被认为可能与结合和活性有关，但对 JNJ-3989 诱导的 HBsAg 下降没有影响。为此，研究人员评估了REEF-1（NCT03982186）和REEF2（NCT0412954）研究中停止所有药物治疗后病毒学复发（VR；治疗后HBV DNA从<LLOQ至少短暂升高至>200 IU/ml）患者的S-/X触发靶区病毒序列变化。从HBV DNA/RNA水平足够高的治疗中和治疗后血浆样本中提取HBV DNA/RNA，并使用Illumina测序技术对HBV基因组进行测序。核苷酸（nt）变异被定义为相对于通用 HBV 参考序列的变化（序列读取频率>15%）。在 REEF-1 研究中，30/37（81%）名接受 JNJ-3989 治疗的病毒学抑制（VS）患者停止了所有药物治疗；在 REEF-2 中，54/77（70%）名接受 JNJ-3989 治疗的患者和 39/40（98%）名 NA 对照组患者分别出现了 VR。在这两项研究中，有 114/123 （93%）例病毒学抑制 VR 患者获得了治疗后的 HBV 序列数据。在接受 JNJ-3989 治疗的 VS 患者中，与接受 NA 对照组治疗的 VS VR 患者相比（分别为 56% vs 5.7%），治疗后更常观察到 X 触发靶区相关位点 ( positions of interest，POI) 的变异。在 X 触发靶区 POI 1794、1785 和 1784 处观察到的变异在停药治疗的发生率分别为 43%、18% 和 6.5%，高于在仅接受 NA 治疗的 VR 患者中观察到的这些变异在停药治疗的发生率（范围：0%-2.9%）或在 REEF-1 目前未治疗患者中基线观察到的这些变异在停药治疗的发生率（范围：0%-1.2%）。在 33% 的 JNJ-3989 VS 患者和 19% 只接受 NA 治疗的 VS 患者中停药后出现S-触发器靶区 POI 上的变异，多数有S-触发器 POI 273 上的变异，在 REEF-1 NCT 患者中也经常出现（10%）。为了评估这些在停药随访期间观察到的变异是否会在治疗中被选择出来，研究人员使用基于 HBV RNA 的测序方法对 30 名接受 JNJ-3989 治疗的 NCT 患者的 EOT 样本进行了评估，结果没有在 S 触发目标 POI 或 X 触发目标 POI 检测到新出现的变异。
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