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相信大家对Y叔的clusterprofiler这个R包并不陌生，一般做基因富集分析的时候都会用到这个R包。这个包非常实用，并且画出来的图也很不错。
其实小编前面已经花了不少篇幅给大家介绍过如何使用这个R包做GO富集分析和结果可视化，以及如何将富集结果中的gene ID转成基因名字 ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图
☞GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol
还有计算富集倍数的三种方法
☞GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算 对于没有太多基础的小伙伴，小编还特地录制了视频进行了详细的讲解 ☞GO简介及GO富集结果解读
☞四种GO富集柱形图、气泡图解读
当然使用clusterprofiler这个R包也可以进行KEGG富集分析 ☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图
当然小编也将以上所有内容整理成了一个系统的线上课程
☞ 【推文汇总】GO和KEGG富集分析及可视化
我们知道一般做富集分析，都需要有一个注释数据库。里面存放了对每个基因的注释信息，告诉我们这个基因属于那一条KEGG通过，参与到那些生物学过程（BP），有那些生物学功能（MF）以及属于哪一种细胞成分（CC）。一般我们对人这个物种中的基因做富集分析的时候，都会用到org.Hs.eg.db这个注释数据库，Hs代表的是human。小编也讨论过如何安装这个注释数据库。 下面列举了19个OrgDB，物种对应的全基因组注释R包，方便根据EntreZ进行基因的注释分析和富集分析等等 | 物种 | OrgDB |
| 按蚊（Anopheles） | org.Ag.eg.db |
| 拟南芥（Arabidopsis） | org.At.tair.db |
| 牛（Brovine) | org.Bt.eg.db |
| 蠕虫（Worm） | org.Ce.eg.db |
| 犬（Canine） | org.Cf.eg.db |
| 苍蝇（Fly) | org.Dm.eg.db |
| 斑马鱼（Zebrafish） | org.Dr.eg.db |
| 大肠杆菌 strain K12（E coli strain K12） | org.EcK12.eg.db |
| 大肠杆菌strain Sakai(E coli strain Sakai) | org.EcSakai.eg.db |
| 鸡（Chicken） | org.Gg.eg.db |
| 人（Humanm) | org.Hs.eg.db |
| 小鼠（Mouse） | org.Mm.eg.db |
| 恒河猴（Rhesus） | org.Mmu.eg.db |
| 疟原虫（Malaria） | org.Pf.plasmo.db |
| 黑猩猩（Chimp） | org.Pt.eg.db |
| 大鼠，褐家鼠（Rat) | org.Rn.eg.db |
| 酵母（Yeast) | org.Sc.sgd.db |
| 猪（Pig) | org.Ss.eg.db |
| 爪蟾(Xenopus) | org.Xl.eg.db |
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