袁黄在任宝坻知县期间，为解决粮食生产严重不足的问题，决心从南方引种水稻。为了指导生产，他亲自编写了一部农业生产专著《劝农书》，介绍新的作物品种、耕作技术及开垦荒地等方面的经验。并亲手绘制了翻车、木筒、架槽等插图。该书经过推广后，“随地教民，积年荒地皆开成美田”。当时，翰林杨起元在见到《劝农书》时很是高兴，认为：“非宝坻兴而谁与？”并称将携此书归江南，劝说家乡推广实行，以兴当地。此书一直为农史学者所重视，王毓瑚《中国农学书录》、日本天野元之助《中国古农书考》均有著录。
他还对京津地区的各水系等情况进行了实地调研，并写成了一部极为重要的专著《皇都水利考》。全书记录了诸水系追根溯源的查考，还有相关流域的土地使用、农田灌溉和粮食产量等情况的调查记录，为水利建设及土地利用提供了依据；并在此基础上实施了一系列有针对性的措施，为农业生产打下了坚实的基础。有专家称，《皇都水利考》对当今京津地区的生态保护和水利建设,仍具有较为重要的参考价值。
万历二十一年（1593），袁黄从朝鲜战场上被罢官回乡。由于嘉靖年间嘉善深受倭寇之害，“方策旧章、遗编故牒，悉付之灰烬……致使考核无凭”，风气民情为之大变。嘉善知县章士雅正为编修县志发愁。袁黄知道后，即拿出自己家藏资料，说县志的十分之六七已经具备了。章士雅“遽然色喜”，邀请袁黄担任主笔。万历二十四年（1596），由章士雅主持重修、袁黄担任主笔的《嘉善县志》十二卷刊印。全志资料翔实，内容丰富，创绘全县二十区详图，为现存嘉善县志之佳作。
袁黄是历史上有名的《嘉兴藏》刊刻的发起人。《嘉兴藏》又名《径山藏》《方册藏》，是汉文大藏经诸多版本中内容最为丰富的一部。又是我国第一部方册本大藏经，标志着经本形式的改革，是佛经向现代化过渡的呈现。此藏经由袁黄发起，在紫柏禅师的协助下，由幻余禅师负责，道开法师等人一起进行。自明末至清初，由几代僧人，前后历经二百年才刊刻完成。
