根据国家、省、市颁布的年度项目规划指南，每年上半年，区农业资源开发局、财政局结合本区农业开发总体规划和农业产业化发展战略，及时认真地编制好本区下一年度农业综合开发立项指南，通过新闻媒体或召开专题信息发布会等形式适时向社会公开宣传农业开发政策，项目申报指导思想、投资方向、重点投资区域和行业领域，重点建设内容及其它相关要求，以利有关乡镇和单位超前做好项目规划，有针对性地组织申报入库项目。
二、项目入库管理制度
拟申报农业综合开发项目的乡镇和有关单位，根据农业综合开发项目立项要求，结合实际，科学制定开发规划，提出项目建议书，经区农业资源开发局、区财政局审核合格后，存入区农业综合开发项目库，待投资可能时，根据上级开发主管部门的要求，从中择优推荐立项。未入库项目不得列入年度计划。土地治理项目以项目申报乡镇干群开发积极性的高低，能否按时完成土方工程作为立项的首要条件；产业化经营项目申报以能有效带动农民增收为前提，以实施者的诚信为基础，资产规模为保证。申报的项目规划要确保达到“三个符合”：符合项目区实际，符合广大农民意愿，符合本地产业发展规划要求。
三、项目规划踏勘制度
项目规划过程中，项目管理人员要按照农业综合开发项目规划建设程序，深入项目区及相关单位现场踏勘，实地调研，掌握真实可靠的第一手资料，然后按照有关设计规程和技术标准进行规划设计，确保项目规划的科学性、合理性和可操作性。
四、项目设计专家参与制度
坚持以大专院校和科研院所为技术依托单位，聘请有关专家、教授为全区农业综合开发常年技术顾问，参与开发项目的规划设计，负责开发项目可行性报告、初步设计的技术审查，重点骨干工程设计，关键技术指导和开展技术培训等，以保证本区农业综合开发科技含量的逐步提升，项目规划设计层次、建设水平和建设质量的不断提高。
五、项目内容公示制度
按照《江苏省农业综合开发项目公示暂行办法》要求，土地治理项目乡镇要将农业综合开发项目通过乡镇政务公开栏、村务公开栏、设立公示牌等形式及时予以公示。具体做好“三个公示”：一是项目申报公示。拟申报项目的乡镇须提前向当地群众公示拟建项目的建设地点、规划方案、农民筹资投劳方案等；二是项目建设公示。项目获准建设后，各乡镇要向项目区农民公示项目建设投资、内容、建设工期和施工单位、监理单位以及主要工程数量、位置、规格、造价等情况；三是项目竣工公示。项目竣工后，及时公示项目投资完成情况，建设内容、主要工程数量、项目预期效益、运行管护制度等。
六、项目工程招投标制度
严格执行《国家农业综合开发项目招标投标管理暂行办法》，项目土建工程一律实行招投标制，按照“公平、公正、公开”的原则，严格操作，规范运行。招标小组由区农业资源开发局、财政局有关人员和有资格的技术专家共同组成，并邀请纪检、监察、审计等部门对招标工作进行全程监督。具体工作中，重点抓好招标文件编制、投标单位资质审查、开标及评定标四个环节，确保招标工作的公平、公正。
七、项目建设监管制度
为切实加强项目管理，确保项目工程质量，在项目建设过程中，坚持采取三项措施：一是委托有资质的监理单位对本区农业综合开发土建工程建设进行全过程监理；二是聘请项目区基层干部、群众代表全程跟踪监督；三是组织局机关人员包干蹲点全程监管。发现问题及时纠正，确保工程建设的进度、标准、质量。
八、项目资金区级报帐制度
严格按照《江苏省农业综合开发资金县级报帐操作流程》和《淮阴区区级农业综合开发资金报帐拨款实施细则》要求，切实规范报帐、拨款手续。项目施工单位的拨款申请、报帐票据一律由所在乡镇财政所长、政府分管领导签字，由开发主管部门分工责任人严格把关，经区农业资源开发局主要负责人和财政局负责人审核同意后，财政部门方予拨款或报帐。坚决执行“三不报帐”，即工程不完成不报帐、质量不达标不报帐、手续不齐全不报帐，做到竣工一批，验收一批，达标一批，拨付一批，保证项目资金专款专用，充分发挥财政监管调控功能。
九、项目管理责任制度
项目所在乡镇人民政府、产业化经营项目承担单位分别为农业开发土地治理项目和产业化经营项目的实施主体，对项目建设质量、进度及资金使用安全负责。区农业资源开发局、财政局负责对全区农业综合开发项目的实施进行全程监控，局业务人员分工到具体项目单位，包干负责，对项目建设的内容、标准、质量、工程进度及资金拨付和报帐进行监督和审查。着力加强项目建设的检查、督查力度，严格把好“五关”：一是把好开工关；二是把好施工过程标准质量关；三是把好项目区整体形象关；四是把好档案建设关；五是把好资金拨付、报账关。
十、项目工程验收制度
项目验收分土方工程验收（或设备安装调试验收）、主要单项工程验收和竣工整体验收三个阶段进行。土地治理项目坚持土方先行原则，项目区土方工程完成并经区农业资源开发局验收达标，方可开始土建工程施工。主要单项工程关键工序完成后，必须通过验收合格才能进入下阶段工作。项目整体竣工后，各项目单位在自验合格的基础上，向区开发局、财政局申请区级验收，验收合格的，颁发区级验收合格证书；验收不合格的，限期整改，对整改不力或推诿应付，复验仍然不合格的，予以通报批评，并调减直至取消项目投资，情节严重的，将追究相关责任人责任。
