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挖坟神器：TCGA的影分身。就是某个基因B和特定肿瘤相关的基因A，存在两两基因间的相互排斥，也就是说这个肿瘤可能只与基因A有关，而和B关系不辣么大。李莫愁博士：有很多人被TCGA折磨着呢，还有一部分是被我们之前教给大家的Oncomine折磨着，哈哈哈，这个cBioPortal相对TCGA来说更加直观，相对Oncomine而言呢，又更加简单方便，而且可以下载数... 阅133 转8 评0 公众公开 18-04-16 13:37 |
去TCGA看表型，来CistromeCancer挖机制 | RNA-seq和ChIP-seq的完美结...最直接，最有效，与RNA-seq整合分析更准确。CistromeCancer，http://cistrome.org/CistromeCancer/，整合了Cistrome Data Browser的23000套ChIP-seq和DNase/ATAC-seq，以及TCGA 33个癌症类型10000个肿瘤患者的RNA-seq、WGS、WES、DNA甲基化和生存数据，把转录因子在各种癌... 阅1401 转18 评0 公众公开 18-04-16 13:25 |
TCGA，她已经用了七年 | 资深用户深度点评。先科普TCGA大致的数据结构：特色：mRNA, miRNA, or lncRNA的生存分析。Here you can link TCGA survival data to mRNA, miRNA, or lncRNA expression levels.To get started simply input either a Tier 3 TCGA mRNA, miRNA, or MiTranscriptome beta lncRNA.特色：TCGA官网上是这么介绍的：这是一个... 阅122 转0 评0 公众公开 18-04-16 13:24 |
生信入门路 | 生物/医学人的生信启蒙。（这家伙不是生物\医学背景）不信CNS：我是分子生物学硕士转行学习生物信息的，我觉得生物信息或者大数据是要回答生物学问题，这个是生物信息的道，具体某个软件、某个参数只是术。小小秋：生物信息方法说到底是解决生物问题的方法之一，主要通过整合统计、计算机等方法来解决生物问题。Rita：本科是生物... 阅721 转1 评0 公众公开 18-04-16 13:23 |
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 傻傻分不清楚？在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。Sample1 Counts.Sample2 Counts.大家可以清楚地看到，样本3的4个基因read counts数目明显多于其他两个样本，说明其测序... 阅326 转6 评0 公众公开 18-03-03 18:51 |
TCGA数据库的数据怎么查？下面我们主要查一下STAT家族几个分子在TCGA肝癌数据中的情况，主要是STAT1，STAT2，STAT3，STAT4，STAT5A，STAT5B和STAT6这7个分子。接下来我们可以选择数据集合，我们默认全选，然后是下面红框里面需要输入基因名，我们输入STAT1，STAT2，STAT3，STAT4，STAT5A，STAT5B和STAT6（分子之间用tab键做区分，或者直接从exc... 阅101 转2 评0 公众公开 17-09-09 18:14 |
文章主要通过cBioportal对TCGA数据中肝癌的数据进行挖掘，结果找到了一条lncRNA SNHG6作为肝癌的分子标志物。首先通过R语言分析TCGA数据库中的差异表达lncRNA，并用火山图展示:好了，这篇OT的文章就算说完了，其中还有7个表我们没有没有放上来，不过总体来说，这篇OT用到了TCGA数据，GEO以及自己验证的12对肺鳞癌样本，用到了R语言的DESeq包和W... 阅52 转1 评0 公众公开 17-09-09 18:14 |
一份不容错过的Excel数据可视化宝典~作者:杜雨，EasyCharts团队成员，R语言中文社区专栏作者，兴趣方向为：Excel商务图表，R语言数据可视化，地理信息数据可视化。粗略的将剩余内容分成数据可视化基础（版式设计、字体基础、配色基础）、文档管理、Excel工具配置及插件、Excel函数及数据分析、Excel图表可视化、商务智能工具。可视化基础。Exce... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 17-08-21 08:48 |
UCSC的使用方法（一）UCSC是生物领域里常用的数据库之一，由University of California Santa Cruz (UCSC)创立和维护，主要包含了人类、小鼠、果蝇等多种常见动物的基因组信息。本文主要以人的基因组信息为例讲述如何在UCSC上下载想要的数据库和交叉数据库。UCSC除了可以提供种类繁多的单一数据库下载外，还可以下载交叉数据库。 阅1 转自微笑如酒 公众公开 17-08-20 23:06 |
