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我叫林平之，是莫愁师姐的师弟。我承认，我计算机学的不咋地，真心搞不懂GEO（Gene Expression Omnibus，NCBI的公共数据汇编，要了解这个点这里）和TCGA（The Cancer Genome Atlas，目前最大的癌症基因信息的数据库）是啥玩硬，也没时间去学R语言啥的。TCGA的数据库对我来说太阔怕了，就像尸洞水道一样，到处是尸蟞，到处是禁婆…… 师姐教的Oncomine（要看Oncomine用法就分别点这四个标题，直接点别犹豫： ①能不能少做点实验就搞高大上的科研呢？ ②简单策略：如何把别人的芯片变成我的Plos One ③给跪了！如何设计科学、可行的课题！简单粗暴！ ④还愁什么？前期工作就这么设计！）是挺好用的，但是归根结底还要注册，下载不到数据。还是没办法啊，只能再去问万能的师姐咋办。 莫愁：你这么懒，只能教你用这个了：cBioPortal 这个网页全称是cBio Cancer Genomics Portal，是一个基于TCGA数据库，进行可视化分析的网页。不比Oncomine差。 首先进入这个网页（http://），然后可以看到下面这个界面，首先选择你想要分析的数据库和具体的数据，像下面这样，当然可以多选。 接着勾选你要分析的数据到底都是啥，主要可以分析的是MUT（Mutation，突变），CNA(Copy Number Alterations,拷贝数变化），EXP（mRNA Expression，mRNA表达）和PORT/RPPA（Protein/ phosphoprotein level，蛋白表达或磷酸化变化）。但要注意的是，并不是所有数据都具备这四个选项，大多数只有MUT和CNA这两组数据，有些具有EXP数据和PORT数据。接着，要选择你要研究的基因，有一个下拉菜单可以给你参考，比如会有类似信号通路上的明星分子集合这类，你可以按照需要选择。当然，也可以自己输入基因名（Symbol，不懂啥是基因名就点这里）。 确认后就可以进入结果页面了，主要是显示样本中较为直观的变化，比如突变、缺失、RNA表达、磷酸化变化等等。 接着我们可以看下一个菜单页，Mutual Exclusivity，这个显示的是基因间的排他性，这又是啥玩硬呢？就是某个基因B和特定肿瘤相关的基因A，存在两两基因间的相互排斥，也就是说这个肿瘤可能只与基因A有关，而和B关系不辣么大。反之就是相互共生，两者都和这个肿瘤相关。 举个例子来说吧，比如研究三个特质道具（短裙水手服、胡子、白头发）和老大爷的相互关系。我们可以明显知道的是短裙水手服和胡子在老大爷身上是有排他性的，而胡子和白头发有共生性。不过也有特例，比如： 好了，接下去我们来看PLOT，这是一个可视化的离散基因分析，可以看到mRNA表达，缺失等数据。 接着是突变的数据，突变的数据可以具体看到总样本中该基因发生了那些突变，以及了解突变后的蛋白三维结构，但我没点出来过3D的，都死机了。所以，请不要在意这些细节。 接下来的是共表达，这个功能和Oncomine其实差不多。 但优点是，请注意，这个优点很重要，就是能不花钱就下载……下载到TXT格式的数据。 接着是蛋白变化，蛋白变化也是可以下载的，可以直观的看到各个样本内部，蛋白表达水平和磷酸化的变化，不过是明星分子的，数量并不是特别多。
接着是生存曲线，当然，我选的这个数据没有记录患者生存曲线。会显示成这样：
于是我找了个有生存曲线的，试了试，是这样的：
最后，是蛋白的互作网络数据，会导出一个蛋白可能的互作网络图出来，看上去还挺拉风的有么有？
当然，你要是自己也没什么好的思路的话，学这些其实也并没有什么卵用…… …华丽丽的分割线… 李莫愁博士：有很多人被TCGA折磨着呢，还有一部分是被我们之前教给大家的Oncomine折磨着，哈哈哈，这个cBioPortal相对TCGA来说更加直观，相对Oncomine而言呢，又更加简单方便，而且可以下载数据结果，光这一点我就很喜欢了，要好好利用哦！用这些功能基本可以让你的数据库分析更傻瓜，但有一点我还是要强调的，这网站经常抽风，请注意是经常抽风，有时候刷半天刷不出结果，和网络绝壁也有很大的关系，这些结果我也刷了很久才刷出来，所以，不要再来问我打不开咋办了。我只能说，要不你试试看给个打赏，刷刷人品？ 要看Oncomine用法就分别点这四个标题，直接点别犹豫：
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