| 共 20 篇文章 |
|
质谱检测中常见的质量重复单元。这些化合物，有些可能是样本信号，有的则可能来源于样本之外的其他物质，如样品污染或仪器污染等。现将常见的质量重复单元总结如下，方便大家查阅：Automated data massaging, interpretation, and e-mailing modules for high throughput open access mass spectrometry.Journal of the American Society for M... 阅379 转3 评0 公众公开 18-10-06 11:51 |
统计分析（Statistical analysis）是代谢组学数据处理过程中的核心环节，通过不同的分析方法和手段可对不同组别样本中检测到的代谢物进行代谢轮廓分析，进而采用相关统计软件（XploreMET\SIMCA等）或R语言进行单维（Univariate statistical analysis）或多维（Multivariate statistical analysis）统计分析以寻找差异代谢物并对其可视化，以便... 阅22952 转177 评0 公众公开 18-09-29 13:01 |
[重磅]2018代谢组年会 WORKSHOP精彩内容播报。Slides link: https://github.com/jotsetung/metabolomics2018/blob/master/xcms-preprocessing-ioslides.pdf.Github scripts link: https://github.com/jotsetung/metabolomics2018.(3) Application of XCMS in Metabolomics Galaxy Workflow Environments.· Dev: github.com/workfl... 阅460 转5 评0 公众公开 18-09-24 20:06 |
分分钟做出高大上玫瑰图展示Fold Change.派友们，组学paper中fold change不可少，一般你见到的fold change都是长酱婶儿的1↓最近看到Scripps研究所的Luke L Lairson大大3在2017年发的文章中看到的Fold change图，让派派又找到了心动的感觉↓点击环形图，就可以看到让你魂牵梦萦的南丁格尔玫瑰图了。具体使用的时候，将B2至I2列数据改成自己实验... 阅3836 转6 评0 公众公开 18-09-24 17:10 |
脂质组学经典综述分享。作者：omicsPie管理员 涂嘉（对话框输入名字获取联系方式）最近好几个同学看过我们以前介绍脂质组学的介绍文章之后（文章请猛戳下面链接），问我们能否推荐几篇有关脂质组学的文献，因此，涂嘉博士特意寻找了3篇经典的脂质组学综述文献推荐给大家，如果有问题直接问我们管理员，请直接在对话框中输入管理员名字即可获得... 阅312 转2 评0 公众公开 18-09-24 17:08 |
基于质谱技术的非靶向代谢组学数据处理基础之谱图获取-数据依赖型采集谱图的获取(1)由于在DDA采集过程中，可能会出现同一碎片被多次打碎的情况，所以MGF记录中会出现在相近时间内母离子m/z相同或非常接近，对于这种来自于同一母离子的谱图，大家可以采用几种不同的方式得到一张唯一的谱图作为该母离子打碎后得到的最终谱图：利用xcms3进行二级... 阅1999 转14 评0 公众公开 18-09-24 17:08 |
细胞的代谢网络可以分不同层次来讨论：基因组（DNA层次）、代谢途径及生化反应网络（蛋白质层次）、代谢流（物流层次）、代谢生理（微生物细胞层次）等等。而在代谢组学研究中的所提到的代谢网络，连接线则可以表示酶促反应关系、化合物相似度关系、质谱图相似度关系等，结点则可以表示代谢物。停止生长的状态下的代谢途径（如次生代谢的途径）... 阅1646 转13 评0 公众公开 18-09-24 17:07 |
如果想要得到人类所有KEGG pahtway的信息，则可以使用下列代码得到，以为该函数每次最多只接受10个pathway的下载请求（推测是为了防止KEGG的下载崩溃），因此更为便捷的办法是，循环获得所有的pathway信息：hsa.pathway.database <- vector(mode = ''''''''list'''''''', ... 阅4077 转83 评0 公众公开 18-09-24 17:07 |
在组学数据的研究过程中，由于统计分析的变量维度较高，往往会进行指数级的假设检验比较，假阳性的结果则更加常见。同理B、C两组间的差异也没有统计学意义。所以从统计学的角度，派派更倾向于在研究设计之前就确认好研究的主要目标，围绕主要目标进行的合理严谨的科研设计才是提高结果可靠度的最佳途径，而在研究过程中意外发现的阳性结果，只... 阅9031 转25 评0 公众公开 18-09-24 17:07 |
