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目录magrittr介绍magrittr安装magrittr包的基本使用magrittr包的扩展功能1. magrittr介绍。对于magrittr包的使用，其实就是掌握这4个操作符的用法，向右操作符%>%, 向左操作符%T>%, 解释操作符%$% 和 复合赋值操作符%<>%。现实原理如下图所示，使用%<>%把左侧的程序的数据集A传递右侧程序的B函数，B函数的结果数据集再向右侧... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 21-04-22 23:54 |
一步搞定基因定点突变引物设计，3天拿到突变体——Quickchange.该网站可以同时设计针对7个氨基酸的突变引物,接下来点击Primer Design即可得到引物序列：同时也能看到对应引物的长度及其相应的Tm值：也能看到引物与模板相互匹配的序列：接下来我们再讲如何删掉一段DNA序列，同样我们选择or下面的小圆框，选中两个氨基酸，即可设计出删掉这两个氨... 阅2976 转7 评0 公众公开 21-03-01 03:01 |
对于该基因集下的每个基因给出了详细的统计信息，RANK IN GENE LIST代表该基因在排序号的列表中的位置， RANK METRIC SCORE代表该基因排序量的值，比如foldchange值，RUNNIG ES代表累计的Enrichment score, CORE ENRICHMENT代表是否属于核心基因，即对该基因集的Enerchment score做出了主要贡献的基因。可以看到，其Enrichment score值全部为负... 阅1 转自生信修炼... 公众公开 21-02-21 23:47 |
那么上面提到的邮件分类四种情形对应一下就变成如下： 邮件为垃圾，系统正确识别为垃圾(TP正确地预测为垃圾)邮件不是垃圾，系统错误识别为垃圾(FP错误的预测为垃圾)邮件不是垃圾，系统正确识别为非垃圾(TN正确地预测为非垃圾)邮件为垃圾，系统错误识别为非垃圾(FN错误地预测为非垃圾)也就是说系数为1的时候，分类器是完美的，0的时候分类器和随... 阅448 转3 评0 公众公开 21-01-22 11:45 |
这里需要注意的是2^-△△Ct的计算，首先我们把对照里面的2^-△Ct求平均（上图中为0.000780573），然后用2^-△Ct 中的每一个数据除以这个数据，对照组也同样除。在临床上我们经常会做到比较癌和癌旁中某种基因mRNA水平的差异，这种不能用上面方法，因为个体差异非常大，每个人的癌和癌旁都不一样，不能把每个人的癌和癌旁当作是独立实验的重复（... 阅1971 转4 评0 公众公开 21-01-17 14:47 |
肿瘤体积倍增时间。将肺肿瘤倍增时间大于150d归为慢性生长肿瘤，而小于150d归为快速生长肿瘤。但是，采用CT测定的肺结节肿瘤倍增时间分布情况与胸部X线片测定结果有较大差异，改变了过去的传统观点，特别是CT首次发现而胸部X线片不易显示的肺小腺癌，其肿瘤倍增时间较长。直径小于10mm的结节为536d，直径10～15mm的结节为466d，直径16～20mm的... 阅1 转自亮亮鱼0921 公众公开 21-01-16 15:01 |
转录组的高级分析前该如何标准化数据？DESeq2为count数据提供了两类变换方法，使得不同均值的方差趋于稳定：regularized-logarithm transformation or rlog(Love, Huber, and Anders 2014)和variance stabilizing transformation(VST)(Anders and Huber 2010)用于处理含有色散平均趋势负二项数据。dim(exprSet[keepGene,])exprSet=exprSet[keep... 阅1 转自小李飞刀4... 公众公开 21-01-09 00:08 |
模块(module)：表达模式相似的基因分为一类，这样的一类基因成为模块；# Select module probesprobes = colnames(datExpr) ## 我们例子里面的probe就是基因名inModule = (moduleColors==module);modProbes = probes[inModule]; ## 也是提取指定模块的基因名# Select the corresponding Topological OverlapmodTOM = TOM[inModule, inModule];di... 阅1 转自祥强6csdm... 公众公开 21-01-07 17:56 |
TAD:拓扑关联结构域简介。本文主要介绍TAD这种结构，TAD全称如下。红色三角形区域对应TAD内部区域的互作信息，而黑色区域对应TAD之间的互作信息。A和B对应两个TAD, 在TAD之间存在了一个边界，称之为TAD doundary。在TAD边界处，DI的值突然趋近于0，因为边界处与上下游的互作频率几乎相同，根据DI的这一分布规律，再结合隐马尔可夫模型，最终在... 阅20 转0 评0 公众公开 20-12-25 01:46 |
如何预测lncRNA的结合蛋白？2. 如何寻找lncRNA的结合蛋白？2. 一篇名为《Identification of novel long non-coding RNAs in clear cell renal cell carcinoma》的文章通过lncRNA芯片（透明细胞肾细胞癌 vs 癌旁）和PCR验证筛选出11个差异倍数较高的lncRNA， 然后通过生物信息学预测lncRNA-蛋白（catRAPID omics）相互作用，并对预测出的蛋白进... 阅1 转自医学院的... 公众公开 20-12-25 00:14 |
