准备蛋白质鉴定膜
干燥
转移完成以后，在继续染色或免疫检测程序之前应将PVDF膜完全干燥。干燥可提高蛋白吸附到PVDF聚合物上的能力，有助于降低随后分析过程中的解吸。印迹膜干燥后就变得不透明了，这种光学变化是一种表面现象，可以掩盖截留在深部孔中的水分，应按照推荐时间干燥印迹膜，以确保所有液体从膜的孔结构中蒸发出来。蛋白转移后干燥的PVDF膜可长时间保存，这对膜没有不利影响（4℃可保存2周，-20℃可保存2个月，-70℃可保存更长时间）。然而，在非控制条件下长期保存可能使有些蛋白对化学变化（如氧化、脱酰胺、水解）敏感。推荐在低温下长期保存。一旦干燥后，在进行任何分析之前，应将膜在100%甲醇中浸泡润湿。
蛋白质显像
染色
染色是显示印迹膜上蛋白质的一种简单方法。染色可用于：
验证蛋白质已经转移到膜上
确定各泳道加样量是否相等
评价整体转移效率，尤其是使用新缓冲液系统或蛋白样品时。
有多种染料可以使用，如有机染料（丽春红、酰胺黑、坚牢绿、考马斯亮蓝），荧光染料（荧光胺、香豆素）和胶体微粒（金、银、铜、铁或印度黑墨汁）。这些染料可分为可逆和不可逆染料。通常不可逆染料的灵敏度最佳，但它干扰或无法对蛋白进行进一步分析。不可逆染料的实例有酰胺黑和考马斯亮蓝。可逆染料尽管灵敏度较低，但它允许评估印迹膜后从膜上将其洗除。最常用的可逆蛋白染料是立春红。如果靶蛋白丰度太低，则无法用染色法检测到，但对于较高丰度蛋白，染色法通常可以体现蛋白的转移情况。
用于印迹膜的新荧光染料高度灵敏且可与下游免疫检测、Edman测序和质谱相容。在用显色、荧光或化学发光法进行免疫检测之前，可使用Sypro Ruby和Sypro Rose蛋白印迹染料(分子探针)，它们的灵敏度可达约12ng/带。
下表列出检测Western印迹膜上蛋白时最常用的染料：
透视
透视是一种专用于PVDF膜的显像方法，它首先应用于Immobilon-P转印膜。该方法基于一种假设，即转移蛋白覆盖的PVDF膜部分能在20%甲醇中润湿，而周围未结合蛋白的PVDF膜区域则不能。PVDF膜润湿的部分变得可透光，可用背光显示蛋白带并拍照存档。
