第1步：清洗、浸泡
量取一碗黄豆，约110g，用清水洗净。（针对1L酸奶机是110g黄豆，如果是1.5L\酸奶机， 1.5碗黄豆）用3倍的水浸泡黄豆，冬天24小时左右，夏天12小时左右，浸泡后黄豆约250g。
第2步：蒸煮
把浸泡好的黄豆放入高压锅，倒入适量的清水，大火煮5分钟，开小火煮35—40分钟，关火。豆子煮熟的程度是：手轻轻一捏就瘪，但是豆子还是整颗的。趁热把豆子用漏勺捞出，倒到酸奶机内胆中。
第3步：接种
打开一粒纳豆菌胶囊（纳豆引子）用一点点温水溶开，倒入酸奶机内胆， 搅拌均匀，尽量多搅拌几下，盖上湿纱布，等内胆外壁的温度不烫时， 大概40度左右，放入酸奶机中，盖上外盖（内胆的盖子不要盖）。如果北方冬天的温度偏低，可以在酸奶机的内胆与外胆之间放入适量温水，以便增加温度。
第4步：发酵
插上酸奶机电源，开始发酵，发酵时间16—24h，由个人决定，发酵结束的依据是，把纳豆用筷子搅拌一下，能拉出很多丝来。
第5步：存储与后熟
制作好纳豆后，如果一次食用不完，可以放在冰箱里面进行冷冻保存，一般保存不要超过10天。再次食用时，把纳豆从冰箱拿到常温下的时候，纳豆会进行二次发酵，会增加纳豆的发酵程度，这个过程也叫后熟。
注：纳豆发酵的三个关键条件：
第一、温度，纳豆菌发酵的理想温度是40度左右，事实上纳豆菌有很强的耐热性，能在100℃的沸水中存活5分钟，只是超过了50度后，繁殖能力将大幅度下降，另外在下降到30度以下时，纳豆菌繁殖速度减半，降到10度以下时就停止繁殖。
第二、湿度，纳豆菌繁殖时的最适合湿度为80％以上。
第三、氧气，纳豆菌属于嗜氧菌，与氧气接触是非常重要的，但是，过强的空气流动也是不行的。
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