Cell：哺乳动物microRNA表达图谱- 生物研究- 生物谷

    生物谷报道：在6月29日著名国际杂志 Cell上 发表的一篇文章中，发布了一张microRNA表达图谱，该结果显示，哺乳动物为数众多的microRNA只是起源于少数几个microRNA基因，而且组织或细胞特异的microRNA很少。

    该图谱对来自人类和啮齿类的26种正常、肿瘤组织的细胞的microRNA表达进行了定量测定。“他们掌握了一种极为有用的资源，”Dartmouth医 学院Victor  Ambros说（未参与实验），他们在研究中收集的组织种类非常多，并对这些组织中的microRNA的特征进行了系统性分析。   新绘制的microRNA表达图谱含有许多关于microRNA结构、序列、表达方式和进化的有用信息。Ambros认为这是一个基本数据库，为研究发育 和疾病有关的microRNA世界提供了重要线索。

    microRNA是动物、植物和病毒中普遍存在的非编码小RNA，通过干扰mRNA的功能调节基因表达。科研人员已经鉴定出多种哺乳动物microRNA，但对这些microRNA中大多数的表达水平和特征都是未知的。 

    洛克菲勒大学Pablo  Landgraf率领的研究小组克隆并测序了256个哺乳动物小RNA数据库中的30多万个序列，找到了大约400个在任何组 织都表达的microRNA——比之前预期的要少。约翰霍普金斯大学Joshua  Mendell说，这个结果提示在其它研究中找到的几个百 microRNA是未知的。

    Landgraf等还发现他们测序的microRNA克隆中，97％的来自不到300个microRNA。文章共同作者、瑞士Basel大学 Mihaela  Zavolan认为许多microRNA在各种组织间是低背景水平表达的（low  background  level），现在不能 确定这些“痕量”microRNA的功能，但很有可能大多数microRNA的功能是不相关的。他们还发现这些稀少的microRNA在物种间的保守性很 差。

    研究人员发现组织或者细胞特异的microRNA种类很少，相反，细胞系和组织之间的差异经常局限在一小部分普遍存在的microRNA的表达水平的变 化。Mendell说缺乏细胞、组织特异的microRNA并不意味着microRNA没有区分肿瘤起源、组织或细胞的作用。真正重要的是一个给定样本表 达的所有microRNA。

    此次研究只鉴别出33种新的哺乳动物microRNA。“这真是一件重量级研究，”Ambros说，意味着我们渐渐补全了哺乳动物microRNA的目 录，至少是丰富了主要器官和组织的microRNA，还有可能某些功能重要的microRNA只在个别种类细胞中表达，所以没有被检测到。 

Table 1 . miRNAs Identified in This Study and Not Listed in miRBase (Release 9.1)

Table 1. miRNAs Identified in This Study and Not Listed in miRBase (Release 9.1)

Human miRNA Sequence Clone # Mouse miRNA Sequence Clone # Rat miRNA Sequence Clone # miR-872__FM AAGGUUACUUGUUAGUUCAGG 11 miR-872 AAGGUUACUUGUUAGUUCAGG 394 miR-872 AAGGUUACUUGUUAGUUCAGG 373 miR-879 AGAGGCUUAUAGCUCUAAGCC 33 miR-879 AGAGGCUUAUAGCUCUAAGCC 5 miR-8822 AGGAGAGAGUUAGCGCAUUAGU 1 miR-882a6 AUGGGAAUGUUAGAGCAUUAGC 0 miR-882b AUGGCAAUGUUAGAGCAUUAGC 0 miR-874 CUGCCCUGGCCCGAGGGACCGA 17 miR-874 CUGCCCUGGCCCGAGGGACCGA 2 miR-874 CUGCCCUGGCCCGAGGGACCGA 0 miR-877 GUAGAGGAGAUGGCGCAGGG 40 miR-877 GUAGAGGAGAUGGCGCAGGG 6 miR-877 GUAGAGGAGAUGGCGCAGGG 2 miR-297c3 AUGUAUGUGUGCAUGUACAUGU 16 | miR-743b4 GAAAGACAUCAUGCUGAAUAGA 8 | miR-743b7 GAAAGACACCAUACUGAAUAGA 0 | miR-883a UAACUGCAACAGCUCUCAGUAU 6 | miR-883b UAACUGCAACAUCUCUCAGUAU 1 | miR-883 UAACUGCAACAUCUCUCAGUAU 0 | miR-880 UACUCCAUCCUCUCUGAGUAGA 119 | miR-880 UACUCCAUUCAUUCUGAGUAGA 3 | miR-878 GCAUGACACCACACUGGGUAGA 22 | miR-878 GCAUGACACCAUACUGGGUAGA 1 | miR-874 AACUGUGUCUUUUCUGAAUAGA 60 | miR-881 AACUGUGGCAUUUCUGAAUAGA 0 miR-871__FM UAUUCAGAUUAGUGCCAGUCAUG 2 | miR-871 UAUUCAGAUUAGUGCCAGUCAUG 11 | miR-871 UAUUCAGAUUGGUGCCGGUCACA 0 | miR-8901 UACUUGGAAAGGCAUCAGUUG 10 | miR-888 UACUCAAAAAGCUGUCAGUCA 16 | miR-465d UAUUUAGAAUGGUACUGAUGUG 0 | miR-892b CACUGGCUCCUUUCUGGGUAGA 14 | miR-465c UAUUUAGAAUGGCGCUGAUCUG 42 | miR-891b UGCAACUUACCUGAGUCAUUGA 4 | miR-891a UGCAACGAACCUGAGCCACUGA 24 | miR-466f5 UACGUGUGUGUGCAUGUGCAUG 7 | miR-466e GAUGUGUGUGUACAUGUACAUA 1.5 | miR-466b GAUGUGUGUGUACAUGUACAUG 7 | miR-466b8 UAUGUGUGUGUGUAUGUCCAUG 1 | miR-466c GAUGUGUGUGUGCAUGUACAUA 11 | miR-466c UGUGAUGUGUGCAUGUACAUG 2 | miR-467e AUAAGUGUGAGCAUGUAUAUGU 125 | miR-466d UGUGUGUGCGUACAUGUACAUG 4 | miR-466g AUACAGACACAUGCACACACA 2 | miR-466h UGUGUGCAUGUGCUUGUGUGUA 4 miR-885 UCCAUUACACUACCCUGCCUCU 5 miR-887 GUGAACGGGCGCCAUCCCGAGG 3 miR-886 CGCGGGUGCUUACUGACCCUU 16

The predominantly cloned sequence and orthologs are indicated. Bars beside the name indicate clustered miRNAs.

[1] Part of the cluster-hsa-mir-888(6), epididymis-specific expression.

[2] Part of the cluster-mmu-mir-134(33), enriched in embryonic tissue.

[3] Part of the cluster-mmu-mir-297a-1(46).

[4] Part of the cluster-mmu-mir-463(19), epididymis (testis) enriched expression.

[5] Part of the cluster-mmu-mir-297a-3(43).

[6] Part of the cluster-rno-mir-134(41).

[7] Part of the cluster-rno-mir-463(12).

[8] Part of the cluster-rno-mir-297c(4); Abbreviations are as follows: FM: “from mouse”; the same miRNA sequence as in mouse was cloned but could not be found in the current human assembly.

原始出处:

Cell , Vol 129, 1401-1414, 29 June 2007