对于实行查账征收的个体工商户，其生产、经营所得是以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用以及损失后的余额。计算公式为：
应纳税所得=收入总额-（成本+费用+损失准予扣除的税金）
上式中，收入总额是指个体户从事生产、经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括主营业务收入、其他业务收入、投资收益和营业外收入。个体户取得的各项收入应按权责发生制原则确定。
允许扣除的成本、费用、损失和税金应严格按照《个体工商户个人所得税计税办法（试行）》的规定，确定业户的税前的扣除标准。个体工商户的会计核算应按照《个体工商户会计制度（试行）》的规定进行。我国将《个体工商户会计制度（试行）》与《个体工商户个人所得税计税办法（试行）》合二为一，并将企业会计制度通过"本年利润"账户统一用"本年应税所得"账户替代。对于不得有税前扣除项目和金额，在会计核算时就规定不得记入成本、费用和损失。因此，检查人员在进行个体工商户应纳个人所得税检查时，主要检查纳税人是否按照《个体工商户会计制度（试行）》的规定进行核算，并结合《个体工商户个人所得税计税办法（试行）》有关税前扣除的规定，对有关项目进行纳税调整即可。
（一）税前扣除项目检查的要点
根据日常税务管理的实践，对已经建账建制的个体工商户的税前扣除项目的检查，主要应注意把握如下几个方面：
（1）个体户在生产经营过程中的借款利息支出，超过中国人民银行规定的同类、同期贷款利率计算的数额部分，不得扣除；对与生产经营有关财产保险、运输保险以及从业人员的养老、医疗保险及其他保险费用支出，按国家有关规定的标准计算扣除。
（2）个体户以经营租赁方式租入固定资产的租赁费，可据实扣除；对以融资租赁方式租入固定资产的租赁费不得直接扣除，但可按规定提取折旧。在生产经营过程中发生的固定资产和流动资产盘亏，由个体工商户提供清查盘存资料、经主管税务机关审核后，可以在当期扣除。
（3）个体户发生的与生产经营有关的修理费用，可以据实扣除；对修理费用发生不均衡或数额较大的，应分期扣除。
（4）个体户研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的开发费用，以及研究开发新产品、新技术而购置的单台价值在5万元以下的测试仪器和试验性装置的购置费用准予扣除。超过上述标准和范围的，按固定资产管理，不得在当期扣除。
（5）个体户实际发生的与生产经营有关的业务招待费，在其收入总额的0.5%以内据实扣除。发生的坏账损失，符合规定的，提供有效证明报经主管税务机关审核后，按实际发生数扣除。
（6）个体户发生的公益救济性捐赠在应纳税所得额30%以内的部分据实扣除，超过部分不得扣除，但对青少年活动场所以及中国红十字会的公益性捐赠允许全额扣除。个体户直接给受益人的捐赠不得扣除。
（7）个体户在生产经营过程中发生的家庭生活费用不允许在税前扣除，当发生费用混用，由主管税务机关核定分摊比例，据此计算确定的属于生产经营过程中发生的费用，允许扣除。
（8）个体工商户的年度经营亏损，经申报主管税务机关审核后，允许用下一年度的经营所得弥补。下一年度不足弥补的，允许逐年延续弥补，但最长不得超过5年。
（9）资本性支出、被没收财务、支付的罚款、税收滞纳金和罚款、各种赞助支出、分配给投资者的股利不得在税前扣除。
（10）个体户业主的工资支出不得扣除，但可扣除投资者法定费用。
（二）应纳税额检查要点
对个体工商户应纳税额的检查，应该对其形成计税所得额的每个环节都要按照税法的标准进行逐项检查，由于检查的方法与原理比较简单，故不再细说，这里提醒检查人员注意的是：
（1）企业在年度中间开业，或者由于合并、关闭等原因，使该纳税年度的实际经营期不足12个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。
在计算所得税额时应当注意：由于生产经营所得适用5%-35%的超额累进税率，因此应换算成全年应纳税所得额进行计算；企业按月预缴个人所得税时，也应将当月应纳税所得额换算成全年应纳税所得额，计算当月应年纳所得税额。
(2)投资者来源与境外的经营所得，已在境外缴纳个人所得税的，可以按照个人所得税法的有关规定计算扣除已在境外缴纳的所得税。由于生产经营所得适用5%-35%的超额累进税率，因此在依照我国税法规定计算应纳的个人所得税额时，应将其分得的所得(净所得+境外实缴税款)与企业的生产经营所得合并确定其适用税率，再按境外所得占全部所得的比例计算境外所得按我国税法规定应缴纳的个人所得税额,作为境外所得的抵免限额。
（3）个人投资两个或两个以上独资、合伙企业
这是个体工商业户检查的重点。个人投资两个或两个以上独资、合伙企业的，投资者个人应分别向企业实际经营管理所在地税务部门预缴个人所得税，年度终了后办理汇算清缴。主要有两种情况：
一是投资者兴办的企业全部是个人独资企业的，分别向各企业实际经营管理所在地税务部门办理年度纳税申报，并依其投资的全部个人独资企业的经营所得确定适用税率，以本企业实际生产经营所得为基础，计算应缴税款，办理汇算清缴。计算公式为：
应纳个人所得税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数
应纳税所得额＝各个独资企业应纳税所得额的合计数
本企业投资者应纳税额=应纳个人所得税税额×本企业应纳税所得额÷各个独资企业应纳税所得额的合计数
本企业投资者应补缴的个人所得税额=本企业投资者应纳个人所得税额-本企业投资者预缴个人所得税额
二是投资者兴办企业中有合伙企业的，将投资者在合伙企业中应分配的应纳税所得额与其投资于独资企业的应纳税所得额合并，确定应纳个人所得税税额。投资者应向经常居住地税务部门申报纳税，办理汇算清缴；对于经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致的，应选定其参与兴办的某一合伙企业经营管理所在地办理汇算清缴，并且在5年内不得变更。
