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NCBI查找基因实例 某个菌属下所有菌种的某个基因
Posted on 15 九月 2009 by 柳城 ，阅读 830 简洁版 关于标题的说明
某个菌属下所有菌种的某个基因，这个标题有些拗口，先来解释一下。其实应该叫做：在NCBI查找 某个“属”下所有“种”的某个基因。 比方说 稻属：光稃稻、粳稻、阔叶稻、糯稻、籼稻等。这里的实例分析是用某个菌属做为例子的。
如：Erwinia （包括有一百多个菌种，中文名：欧文菌属/欧文氏菌属）。
基因名关键词名：16s rDNA
再具体一点的题目就叫做，查找 Erwinia菌属下所有种的16s rDNA基因
这个方法扩大的“科”下的所有“种”也是同样有效的。我当然没试验，有兴趣的就去试试。
实例分析过程
第一步：进入NCBI，用Erwinia关键词搜索，数据库选择Taxonomy（见图1左）。结果显示Erwinia属下包括了好多的种（见图1右）。 图1左 图1右,双击图片放大 第二步：点击第一个链接Erwinia（图1右，红色圈住的）。进去后可以看到Erwinia的taixid是551（见图2左）。由图2右可知，Erwinia菌属下有137个的菌种，1048个核酸序列。而单独Erwinia只有2个核酸序列。
图2左,点击图片放大 图2右,点击图片放大 第三步：点击Subtree links下1048的链接，就可以显示Erwinia菌属下所有的核酸序列了，自动分配的关键词为 txid551[Organism:exp] （见图3左）。我们来看看单独用关键词 txid551 来搜索，结果显示为2个（见图3右）。
这说明：txid551关键词搜索的结果是 Erwinia的2个核酸序列。而加上 [Organism:exp] 就表示包含 Erwinia菌属 下所有种的序列。
那以后你只要记住这个关键词就行了：txid551[Organism:exp] (551换为你需要的物种txid,如小鼠的10090。可通Taxonomy数据库搜索，见第一步。后面的[Organism:exp]是可选的。)
图3左,点击图片放大 图3右,点击图片放大 第四步：锁定具体物种后，接下来就是要搜索16s rDNA基因了。
用关键词：txid551[Organism:exp] 16s rDNA (结果见图4左，结果为53个，但明显有好多并不是我们想要的结果)用关键词：txid551[Organism:exp] "16s rDNA"（加个双引号，结果见图4中，为11个。大大缩小了范围）这说明：没有用双引号时会把16s 跟 rDNA都当作关键词，就是说16s 或 rDNA 或 16s rDNA的意思。加上双引号就是表明只有16s rDNA 一种意思了。
再来个对照关键词：erwinia "16s rDNA" （结果见图4右，结果为15个。多了几个干扰的结果，如第一个FJ544326。物种名是Erwinia chrysanthemi。但不是Erwinia菌属的。只是包含有erwinia这个关键词）这说明：用关键词 txid551 跟 erwinia 是有区别的。txid551更加精确。erwinia的搜索有可能把含有erwinia这个词都会当作结果。
图4左,点击图片放大 图4中,点击图片放大 图4右,点击图片放大 结论: 用关键词：txid551[Organism:exp] "16s rDNA" 数据库：Nucleotide （要找蛋白序列就选 Protein） 说明：如果这不是最终想要的结果，再继续换其它的关键词。直到满意为止。另外，我只提供方法，结果对错自行判断。
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Lc. 回复: 九月 16th, 2009 at 09:26
我一直都在写基因的啊.不过我已经在首页和RSS排除了这类文章~~嘿 [回复]
whisperer Says: 九月 16th, 2009 at 01:55 同意1楼~~ 基因你好，基因再见~~
[回复]
Lc. 回复: 九月 16th, 2009 at 09:28
我一直都在写基因的...多来关注就知道了.最近少写而已. 不过我已经在首页和RSS排除了这些文章 :lol: [回复]
大剑 Says: 九月 16th, 2009 at 09:02 这、这是啥啊，完全看不懂 [回复]
Lc. 回复: 九月 16th, 2009 at 09:30
呵~不懂就略过..其实跟你们是一样的,我也是在介绍网站跟软件...不过这些网站跟软件对学生物的有用而已..你们介绍的就是所有的网民都会感兴趣的... [回复]
小迷糊 Says: 十月 7th, 2009 at 14:38 :qiang: :qiang: :qiang: [回复]
goupigao Says: 十月 15th, 2009 at 16:25 好东西，我刚开始做分子方面的东西，也有自己的个人博客，以后会在上面写一些生物技术方面的文章，能交换链接吗？ [回复]
everdene Says: 十月 18th, 2009 at 22:36 谢谢你的讲解~ 现在基本会了。 我还想问你一下：下载的那些基因序列如何筛选呢？ [回复]
Lc. 回复: 十月 18th, 2009 at 23:17
到最后一步就基本上已经筛选完了。 [回复]
成都论坛 Says: 六月 15th, 2010 at 14:48 基因，好高深的东西。。。 [回复]
chihaidong Says: 九月 13th, 2010 at 16:07 请教楼主，我以txid551[Organism:exp] "16s rDNA"为关键词在nucleotide数据库里查，为什么题目是rna，而点击进入后又出现dna的字样呢。谢谢http://www.ncbi.nlm./nuccore/EU490598.1 [回复]
柳城 回复: 九月 14th, 2010 at 10:14
可到yunbio.com提问。 16S ribosomal RNA gene是说16S rRNA基因，16s rRNA基因是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列。 [回复]
pankun Says: 十月 26th, 2010 at 21:28 [回复]
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