“混元三教九流图”与《“混元三教九流图”赞》均出自明朱载堉之手，集中反映了少林寺深厚的文化底蕴与融通三教、合会百家的博大襟怀。
朱载堉(1536—1611)，字伯勤，号句曲山人，自称“三教中人”。明乐律学家、历算家，明宗室郑恭王朱厚烷之子，朱元璋九世孙。《河南通志》说他“儿时即悟先学。稍长，无师授，辄能累黍定黄钟，演为象法、算经、审律、制器、音协节和，妙有神解”。“少嗜音律，长而益得其趣，是以乐学之说颇异于众”。20岁时，读《性理大全》、《洪范》、《皇极内篇》等哲理著作，并精研《律吕新书》(宋蔡元定著)等数理著作，颇得要旨。嘉靖二十九年(1550)，朱厚烷被嘉靖皇帝削去爵位，禁锢于祖籍安徽凤阳。朱载堉此时年仅15岁，他“痛父非罪见系，筑土室宫门外，席藁独处者十九年，厚烷还邸，始入宫。”阅历世态炎凉，饱尝人情冷暖。但他并未因此颓废萎靡，一蹶不振，而是潜心攻读，发愤著述。嘉靖三十九年(1560)，他完成第一部音乐学著述《瑟谱》。在《瑟谱小序》中，他自称“狂生”，署名“山阳酒狂仙客”。嘉靖死后，穆宗为朱厚烷平反，恢复其郑恭王爵位。隆庆二年(1568)，朱载堉搬出“土室”，结束独居生活，这一年他已33岁。万历十九年(1591)，朱厚烷病逝。朱载堉拒绝继承其父爵位，迁居怀庆府城外，自称“道人”，撰述不辍。万历三十九年(1611)逝世，享年76岁，谥号“端清”。朱载堉勤于著述，尤善音律、历法，“志之所好、乐而忘倦”，先后撰写《律学新说》、《律吕精义》、《乐学新说》、《圣寿万年历》、《万年历备考》、《律历融通》等著作。但《韵学新说》、《“先天图”正误》等湮灭无闻，或已散佚。朱载堉是中国乐律学史上的集大成者，也是世界上第一位创立“十二平均律”数理和音准的科学家，在国际音乐学界享有盛誉。他又擅长数学与天文学，在美术、哲学、文学方面造诣很深，被西方学界誉为“东方百科艺术全书式的人物”。
“混元三教九流图”为线刻画，整个画面由三个同心圆构成，线条流畅，富有韵律，而寓意深刻，令人称奇。中国传统文化中，“圆”占有特殊地位，古人认为，“圆”意味着圆融、圆满、和谐、完美、自(富)足、淳朴。而从宇宙论角度说，“圆”又被视作宇宙的起始状态，是万“有”本根，孕化万象的“太一”，生命灵气与活力的来源。儒释道三教合一运动自南北朝时就有人鼓唱，宋明后尤得士人青睐。明代中后期，心学旁摄释道，纠合百家，三教合一再掀狂潮。朱载堉虽精于乐理，但兴趣广泛，涉猎百家，对三家思想均有研究，他曾作《“先天图”正误》一书，但此书久佚，如何“正误”，不得而知。“混元三教九流图”中“混元”一词来自道教。唐青溪道士孟安排编集的《道教义枢》卷七《“混元”义》云：“形质已具，号曰太极，一曰太有，一曰太神，一曰太气，又曰太玄，又曰太上，又曰太一，其形赤黄，质定白素”。“元气始萌，号曰太初，一曰太虚，其精青，其形未有”。“混元”即万物起始时混然一体的状态。北宋时，真宗赵恒(968—1022)崇道，封老子为“混元上德皇帝”。所以南宋谢守灏编《太上老君混元皇帝实录》，又称《混元圣纪》。
“混元三教九流图”中，最外围的“大圆”包裹内部“三教”(中圆)与“九流”(小圆)，用意明显。准确地说，大圆应称作“混元图”，表示一种终极性或本根性的旨归。从宇宙论上说，“大圆”寓意宇宙大化原始返终，周流六虚，而三教九流，诸子百家均为此大化中之“沧海一粟”，同源异流。
三教九流从特定角度、层面展示了这一流转过程，而其本源则浑然一体，圆融无二。中间的圆圈应称作“三教混元图”，其外围巧妙地与一位憨态可掬、慈眉善目的长者融为一体，造化天成。从正面看，长者秃顶、须髯，是佛祖类人物，代表释家。若稍换角度，遮住画像右面，则左面就是头挽高髻的老子侧面像，代表道教(家)；遮住左面，右面则是头戴儒巾的孔子侧面像，代表儒教(家)。三教圣人的区分仅以简单的“头饰物”(准确地说，佛教人物并无“头饰物”)，而其余部分珠联璧合，天衣无缝，准确表达了三教一体(源)的深刻含义。
中间最小的圆圈应称作“九流混元图”，置于长者手中的画轴中间。此图由九片轮状型叶片(或花瓣)绕圆心组成，呈逆时针旋转。“九流”即儒家、道家、阴阳家、法家、名家、墨家、纵横家、杂家、农家，为先秦学术派系，后泛指各种学说与思潮，九片叶轮(或花瓣)或有代表“九流”之意。九轮转动不停，寓指“九流”圆融无碍，或借花瓣长开不谢，寓指“百家”恒久流传。整幅图以“九流混元图”为核心，向外辐射，富有动感；除儒道人物头饰有异外，以佛教人物鼻尖与“九流混元图”中心连成中轴线，两边保持严格的对称关系。人物衣袖宽大舒展，有道教“阴阳鱼”圆润笔法的特征。
“混元三教九流图”上方就是《“混元三教九流图”赞》，“赞”集中阐述三教合一的宗旨，批判“曲士偏执，党同排异”的狭隘心态。文短意丰，不妨俱引：
佛教见性，道教保命，儒教明伦，纲常是正。
农流务本，墨流备世，名流责实，法流辅制，
纵横应对，小说咨询，阴阳顺天，医流原人，
杂流兼通，述而不作。博者难精，精者未博。
日月三光，金玉五谷，心身皮肤，鼻口耳目。
为善殊途，咸归于治。曲士偏执，党同排异。
毋患多歧，各有所施。要在圆融，一以贯之。
三教一体，九流一源，百家一理，万法一门。
