80年代后，世界各国开始研发出大量的反应器堆肥系统。美国把有反应器堆肥系统叫做“容器”系统，许多早期的文献把它称为“消化器”和“发酵器”。
反应器堆肥将原料由容器内向外，由下向上堆放，器壁可以是简单的木板墙（有顶或无顶），也可能是一个谷仓或贮藏建筑物。建筑物或堆肥仓允许堆放更高的原料，比无支撑堆体能更好地利用地面空间。堆肥仓还能消除天气和臭气问题，也能提供更好的温度控制。
反应器堆肥方法的操作类似于静态堆肥方法，如它们都采用强制通风、很少或无须翻堆等。对原料的重新混合有时可促进堆肥过程。
如果使用若干个堆肥反应器，堆肥原料可以连续地、定期地从一个反应器输送到另一个反应器。好氧堆肥的大部分原则和指导建议也可应用于反应器堆肥，但是较高的堆肥反应器例外，因为更深的原料增加了对气流的阻力（压力损失）。和好氧静态堆肥相比，反应器堆肥一般需要较强或更高压力的鼓风机。
按物料的流向可将反应器堆肥系统分为：水平流向反应器和竖直流向反应器。水平流向反应器包括：旋转仓式，搅动仓式；竖直流向反应器包括：搅动固定床式、包裹仓式。美国国家环保局把反应器堆肥系统分为：推流式和动态混和式。推流式系统中入口进料，出口出料，物料在堆肥发酵仓的停留时间相同。在动态混和式系统中，用机械不停地搅动混匀物料。根据不同的发酵仓的形状，推流式系统分为：圆筒形反应器，长方形反应器，沟槽式反应器；动态混和式分为：长方形发酵塔，环形发酵塔。
下面介绍几种常见的反应器堆肥类型：
1. 筒仓式堆肥系统
该反应器堆肥技术类似于一种从底部卸出堆肥的筒仓。每天都由一台旋转钻在筒仓的上部混合堆肥原料、从底部取出堆肥。通风系统使空气从筒仓的底部通过堆料，在筒仓的上部收集和处理废气。这种堆肥方式典型的堆肥周期为14天。每天取出堆肥的体积或重新装入原料的体积是筒仓体积的1/14。从筒仓中取出的堆肥经常堆放在第二个通气筒仓。由于原料在筒仓中垂直堆放，因而这种系统使堆肥的占地面积很小。尽管如此，这种堆肥方式仍需要克服物料压实、温度控制和通气等问题，因为原料在仓内得不到充分混合，必须在进入筒仓之前就混合均匀。图4-4是典型的筒仓式堆肥工艺。
图4-4 典型的筒仓式堆肥系统
2. 塔式堆肥反应器
图4-5是典型的的塔式发酵工艺。堆肥物料被连续地或间歇地输入这些系统，通常允许物料从反应器的底部向顶部周期性地运输。在输送期间物料发生了搅动，但当单次原料通过槽体时，原料保持静止，直到它们再一次从底部向上运输时，原料才发生搅动。
图4-5 典型的的塔式发酵工艺
3. 滚筒式堆肥反应器
滚筒式堆肥反应器是一个使用水平滚筒来混合、通风以及排出堆肥的堆肥系统。滚筒架在大的支座上，并且通过一个机械传动装置来翻动。在滚筒中堆肥过程很快开始，易降解物质很快被好氧降解。但是堆肥必须被进一步降解，通常采用条垛或静态好氧堆肥来完成堆肥过程的第二阶段。在一些商业堆肥系统中堆料在滚筒中停留不到1天，滚筒基本上作为一种混合设备。图4-6是一个典型的滚筒式堆肥系统简图。
图4-6 滚筒式堆肥系统简图
由滚筒的排放端提供空气，原料在滚筒中翻动时与空气混合在一起。空气的流动方向和原料运动方向相反。靠近滚筒的排放端，堆肥由新鲜空气冷却；在滚筒的中部，气流温度升高且堆肥速率加快；在滚筒的入口处，添加新的堆料，气流温度最高，堆肥过程开始。
滚筒可为合体式滚筒或分体式滚筒。合体式滚筒使所有堆料按照其装入滚筒时的次序运动，滚筒旋转的速度和旋转时滚筒中轴线的倾斜度决定了堆肥的停留时间。一个分体式滚筒的管理要比合体式滚筒方便。分体式滚筒分为两或三个仓，每个仓包括一个装有一个移动门的移动箱。每天堆肥结束后，滚筒排放端的移动门被打开，隔仓并被清空，其他隔仓随后开放并相继移动，一批新堆料被装入第一个隔仓。每个移动门都有一个基座以成功实现批次接种微生物。堆肥产品可由排放端直接输送到分选机，分选机去除大颗粒物质，大颗粒物质被送回到滚筒中进一步堆肥处理。
对于小型滚筒式堆肥系统而言，滚筒可由旧设备（如混凝土搅拌机、饲料混合机以及旧的水泥窑）等改造而成，尽管没有商业设备那么高级，但是其功能（混合、通风以及使堆肥过程迅速开始）仍然相同。
4. 搅动箱堆肥反应器
是一种水平流动的、通风固体搅拌箱式反应器，它采用强制通风和机械搅动，可以使操作更加灵活。反应器通常不封顶，而且是安装在建筑物内，为的是能够全天操作和控制杂质。许多反应器一天只进行一次原料循环。一般分圆形和矩形反应器两种。
在圆形反应器系统里，许多旋转钻顺次安装在移动的桥上，从反应器的中心旋转，很像一个圆形的清理器装置，一般完成一次旋转需要两个小时。当桥旋转的时候，原料沿外围给入。钻头在反应器里面搅动原料，而且将新的原料与旧的堆肥物质混合。原料逐渐地输送到反应器的中心，在那里经过一个可以调节的溢流口下落到一个出口传送带上，这个出口传送带位于反应器下面的廊道上。
矩形搅动反应器系统的搅动装置安装在箱壁顶端的横竿上运转，像圆形箱一样，原料从箱子的一端进入然后靠搅动装置沿箱子移动，最后从箱子的另一端出来。
箱式系统的长宽可调节，有较小的箱子，宽2m，长2m，较大的箱子宽可达6m，高3m，长220m。较大的箱子通过把基质沿着箱子的长度放在指定的格子内操作。原料在一个星期后翻转，而且一直保存在指定的格子内，直到可以移出。如果用小箱子，原料可以每天搅动。
上述堆肥类型目前在世界各地均有应用，每一种系统都有各自的优缺点，重要的是取决于特定的条件。也就是说，一种适宜的堆肥系统的选择永远是一个基于因地制宜的决策，没有一个系统适合于所有的环境条件，市场上保持多样化的堆肥设施是一种合理健康的表现。堆肥厂可以根据自己的物料、场地、生产规模、当地气候、环保政策、投资、产品质量等来选择最切合实际的堆肥类型。
